바이오 연구 데이터 표준 등록 양식

2020. 12.

	과학기술정보통신부		농림축산식품부		산업통상자원부		보건복지부		환 경 부
	해양수산부		식품의약품안전처		농촌진흥청		질병관리청		산 림 청

목  차

Part I. 서론

1. 데이터 표준화 개요	6

Part II. 전 분야 공통

2. BioProject 정보	8

Part III. 다수 분야 공통

3. BioSample 정보	13

4. Omics(오믹스) 데이터	25

4.1. NGS(차세대시퀀싱) 데이터	25

4.2. Microarray(마이크로어레이) 데이터	32

4.3. Nucleotide sequence(염기서열) 데이터	38

4.4. Metabolomics(대사체) 데이터	50

4.5. Proteomics(단백체) 데이터	61

Part IV. 레드 바이오 분야

5. 뇌과학 연구 분야	70

5.1. 뇌 영상 데이터(매크로 이미징)	70

5.1.1. 뇌 MRI/fMRI 데이터	70

5.1.2. 뇌 PET 데이터	77

5.1.3. 뇌 EEG 데이터	84

5.1.4. 뇌 iEEG 데이터	88

5.1.5. 뇌 MEG 데이터	92

5.2. 뇌 영상 데이터(마이크로 이미징)	96

5.2.1. 뇌 광학현미경 데이터	96

5.2.2. 뇌 전자현미경 데이터	100

5.3. 기타 뇌과학 데이터	103

5.3.1. 동물 생체신호 데이터	103

6. 의료기기 연구 분야	106

6.1. 의료기기 연구 기본정보	106

6.2. 체외진단기기 연구 데이터	113

6.3. 의료영상 데이터	119

6.3.1. MRI 데이터	119

6.3.2. PET 데이터	121

6.3.3. CT 데이터	122

6.3.4. 초음파 데이터	123

6.4. 의료기기 생체재료 정보	124

6.5. 생체신호 측정장치	127

7. 보건(질병 예방) 연구 분야	130

7.1. 보건 연구 과제 정보	130

7.2. 보건 데이터 정보	135

8. 신약 연구 분야	141

8.1. 독성 시험 데이터	141

8.2. 항암 약물의 임상 효능 데이터	143

8.3. 화합물 관련 데이터	145

8.3.1. 화합물 구조 정보 데이터	145

8.3.2. 화합물 약효 평가 데이터	147

8.3.3. 화합물 profiling 데이터	149

8.3.4. 화합물 활성(bioassay) 데이터	151

8.4. 기허가약제 repositioning 연구 정보	157

8.5. IND(investigational New Drug) 데이터	158

8.6. 바이오마커 데이터	160

Part V. 그린 바이오 분야

9. 종자·가축 연구 분야	161

9.1. 가축 특성정보	162

9.1.1. 가축(한우) 특성정보	162

9.1.2. 가축(젖소) 특성정보	163

9.1.3. 가축(돼지) 특성정보	164

9.1.4. 가축(닭) 특성정보	165

9.2. 수산 특성정보	166

9.2.1. 수산(식물) 특성정보	166

9.2.2. 수산(동물) 특성정보	167

9.2.3. 수산(유전자가위) 특성정보	168

9.3. 작물 특성정보	169

9.3.1. 작물(유전집단) 특성정보	169

9.3.2. 작물(돌연변이) 특성정보	169

9.3.3. 작물(품종) 특성정보	170

9.3.4. 작물(자원) 특성정보	171

9.3.5. 작물(GMO) 특성정보	171

9.3.6. 작물(Genome Editing) 특성정보	172

9.4. 수목(야생식물) 특성정보	173

9.4.1. 야생식물(자원) 특성정보	173

9.4.2. 야생식물(유전집단) 특성정보	173

10. 수산 연구 분야	174

10.1. 수산양식 데이터	174

10.2. 수산질병 데이터	175

10.3. 수산먹이생물 특성정보	176

10.4. 수산사료 특성정보	177

11. 동식물 치료제 연구 분야	178

11.1. 동물줄기세포주 특성정보	178

11.2. 농약 정보	179

11.2.1. 화학농약 정보	179

11.2.2. 생물농약 정보	185

12. 지능형농업 분야	186

12.1. 지능형 시설원예 분야	188

12.1.1. 시설원예 환경데이터	188

12.1.2. 작목별 데이터	193

12.2. 지능형 축산 분야	199

12.2.1. 돼지(모돈) 데이터	199

12.2.2. 젖소 데이터	201

13. 식품 연구 분야	204

13.1. 식품 샘플 정보	204

13.2. 식품 성분 데이터	205

13.3. 식품 기능성 데이터	206

13.4. 식품 가공 데이터	208

Part VI. 화이트 바이오 분야

14. 환경바이오 연구 분야	210

14.1. 곤충 분포 데이터	210

14.2. DNA PCR 증폭용 프라이머 염기서열 데이터	213

Part I. 서론

1	데이터 표준화 개요

□ 바이오 연구 데이터 개념 및 형태

ㅇ (개념) 실험, 관찰, 조사, 분석 등 바이오 연구를 통해 생산되어 성과 도출에 활용되는 객관적 사실 데이터*

* 대사물질 종류정보, 단백질 구조정보, 유전체 염기정보, 화합물 반응 정보 등

ㅇ (형태) 데이터는 실험기기에서 생산되는 ‘실데이터*’와 실데이터를 설명하기 위해 연구자들이 입력하는 정보인 ‘메타데이터**’로 구분

* 이미지, DNA 서열정보, 단백질 구조 등

** 연구 소재 종‧부위명, 배양 조건 정보, 실험기기 정보 등

구분	실데이터	메타데이터
개념	실험(계산)에서 생산되는 데이터	실테이터를 설명하기 위한 데이터
형태
정보생산	연구자			연구관리전문기관
예시	이미지, DNA서열, 단백질 구조 등	실험 제목, 실험기기명 등	종명, 속성, 분류, 수집위치, 제공기관 등	과제명, 연구자명, 연구분야 등

□ 데이터 표준화 개념 및 방향

ㅇ (개념) 수집된 다양한 데이터를 통합 활용할 수 있도록 실데이터를 설명하는 항목(메타 데이터)들의 입력 양식(규칙)을 정하는 것

ㅇ (방향) 데이터 호환성을 고려하여 국제적으로 통용되고 있는 등록 양식 준용

- 국내 데이터 활용 수요를 반영하기 위해 민간 중심(산‧학‧연)으로 추진

- 신기술‧장비 개발, 신 데이터 수요 발굴 등에 맞추어 데이터 등록 양식을 지속 업데이트

《 1차 표준화 작업 경과 》

① 국제적으로 통용되는 데이터 양식 사전 조사(’20.5~8월)

- 국가생명연구자원정보센터 등에서 유전체, 단백체, 대사체 등 9개 데이터 양식 정리

② 분야별 실무작업반 구성ㆍ운영(’20.8~10월)

- 신약, 지능형 농업, 에너지 등 분야별로 전문가* 그룹을 구성(총 115명)하여 해당 분야에 공유가 필요한 데이터 종류를 선별하고 메타 데이터 표준화 작업

* 해당 분야 대형 사업단 단장, 관계 학회ㆍ협회 등의 추천을 받은 7∼10인(관계 부처가 실무작업반 공동 운영)

실무작업반별 관계 부처
RED	신약		바이오제제
	의료기기		혁신형 융복합
	뇌과학		보건
GREEN	종자/가축		식품
	지능형 농업		동식물 치료제
	해양수산
WHITE	바이오화학/에너지		바이오소재
	공정(제조 프로세스)		환경바이오

③ 종합 조정회의 실시(’20.10~11월)

- 실무작업반 대표 각 2인 및 표준 전문가가 참여하여 실무작업반 작업 결과 간 상충 여부 확인 및 통일성 확보

	사전 조사 양식	신규 양식
조정 전	9 개	54 개
조정 후	7 개	44 개
조정 이유	2차 가공 DB 데이터 등록양식 제외	작업반 간 중복양식 조정

- 온라인(KOBIC 웹사이트, ’20.10~11)을 통해 수렴한 총 123건(110명) 의견의 양식 반영 여부 검토

반영 여부	건수	비고
반영 완료	27건	- 양식에 반영
미반영	96건	2단계 표준화에서 논의: 61건 일반적 코멘트 등: 35건

⇨ RED, GREEN, WHITE 공통 양식 7개 및 분야별 양식 44건 마련

2	BioProject 정보

□ (작성자) KOBIC 작성 후 다수 전문가 자문 의견 반영

□ 설명: 본 양식은 바이오 연구 데이터를 등록 시, 연구 프로젝트에 대한 개괄적인 정보를 등록할 때 쓰이며, 이 매뉴얼에 수록되어 있는 모든 각 데이터별 양식을 작성하기 전 첫 번째로 작성해야 하는 양식임.

□ (양식 출처) NCBI BioProject(https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/)의 양식을 기반으로 작성되었음

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. Submitter information (등록자 인적사항)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

비고
□ Submitter는 등록시스템 상 데이터 수정권한의 명확화를 위하여 원칙적으로 PI(Principal Investigator; 연구책임자)이어야 함 □ PI가 아닌 사람(예: 연구실 소속 학생)이 submit을 하는 경우는 <표 1-1>에 PI의 인적사항을 입력한 후, PI의 계정을 사용하여 submit할 수 있음

M: Mandatory

O: Optional

<표 2-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Name of submitter (등록자의 영문 이름)	M	설명(영문): Name of the submitter 설명(국문): 등록자의 영문 이름 포맷(영문): Last name, First name, Middle name, where middle name is optional 포맷(국문): 성, 이름의 순서로 입력 예시: Smith, John, F., or Hong, Gil Dong
2	Name of submitter in Korean (등록자의 국문 이름)	M*	설명(국문): 등록자의 국문 이름 예시(국문): 홍길동 * 국내용 사이트에서만 해당
3	Primary e-mail of submitter (등록자의 주 이메일 주소)	M	설명(영문): Submitter’s primarily e-mail of the submitter 설명(국문): 등록자가 주로 사용하는 이메일 주소
4	Secondary e-mail of submitter (등록자의 부 이메일 주소)	O	설명(영문): Submitter’s secondary e-mail of the submitter 설명(국문): 등록자가 보조로 사용하는 이메일 주소
5	Name of submitter’s organization (등록자 소속 기관의 영문명)	M	설명(영문): Name of organization of the submitter 설명(국문): 등록자 소속 기관의 영문명 예시: Seoul National University
6	Name of submitter’s organization in Korean (등록자 소속 기관의 국문명)	M*	예시(국문): 서울대학교 * 국내용 사이트에서만 해당
7	Department of submitter (등록자 소속 학과/부서의 영문명)	M	설명(영문): Name of department of the submitter 설명(국문): 등록자 소속 학과/부서의 영문명 예시: Department of Chemical Engineering
8	Department of submitter in Korean (등록자 소속 학과/부서의 국문명)	M*	예시(국문): 화학공학과 * 국내용 사이트에서만 해당
9	Phone number of submitter (등록자의 전화번호)	O	포맷: +82-2-1111-2222
10	Address of submitter (등록자의 영문 주소)	M	예시: 125, Gwahak-ro, Yuseong-gu, Daejeon, 34141
11	Address of submitter in Korean (등록자의 국문 주소)	M*	예시(국문): 34141 대전광역시 유성구 과학로 125 * 국내용 사이트에서만 해당
12	Country of submitter (등록자의 국가)	M	예시: Republic of Korea
13	Researcher ID of submitter (등록자의 연구자 고유번호)	O*	설명(국문): 등록자의 연구자 고유번호 예시(국문): 10155792 비고(국문): 연구자 고유번호는 다음 사이트에서 발급 가능(두 사이트 모두 동일 번호 부여) - KRI(한국연구자정보; https://www.kri.go.kr/) - NTIS(국가과학기술지식정보서비스; https://www.ntis.go.kr/) * 국내용 사이트에서만 해당

파트 2. Date (날짜)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 2-2>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Submission date

(제출 날짜)

M

설명(영문): Submission date in the form of YYYY-MM-DD

설명(국문): 제출 날짜를 YYYY-MM-DD 형태로 입력

2

Release date

(공개 날짜)

M

설명(영문): Specify the release date

설명(국문): 공개 날짜 지정

가능한 값(영문): Select one from the following

No	Possible values
1	Release immediately following processing
2	Release on specified date. Following the selection of this option, enter the release date in the form of YYYY-MM-DD.

가능한 값(국문): 다음 중 택일

No	가능한 값
1	즉시 공개
2	공개 날짜 지정. 이 옵션 선택 시 날짜를 YYYY-MM-DD 형태로 입력.

파트 3. Title and description of the project (프로젝트의 제목 및 설명)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 2-3>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Project title

(프로젝트의 영문 제목)

M

설명(영문): A brief title of the project (This is different from the title of the grant that funded the project.)

설명(국문): 프로젝트의 간략한 영문 제목 (본 프로젝트를 연구비 지원한 과제(grant)의 제목이 아니라 프로젝트 자체의 제목임)

예시

Examples

Chromosome Y sequencing

Opportunistic pathogen that causes important food-bourne disease

Global studies of microbial diversity on human skin

2

Project title in Korean

(프로젝트의 국문 제목)

M*

설명(국문): 프로젝트의 간략한 국문 제목 (본 프로젝트를 연구비 지원한 과제(grant)의 제목이 아니라 프로젝트 자체의 제목임)

예시(국문)

예시

Y 염색체 시퀀싱

주요 식품매개질환을 일으키는 기회감염병원체

인간 피부에서의 미생물 다양성에 대한 포괄적 연구

* 국내용 사이트에서만 해당

3

Project description

(프로젝트의 영문 설명)

M

설명(영문): A description of the project, about a paragraph long.

설명(국문): 한 문단 정도 분량으로 프로젝트의 설명을 영문으로 기술

4

Project description in Korean

(프로젝트의 국문 설명)

M*

설명(국문): 한 문단 정도 분량으로 프로젝트의 설명을 국문으로 기술

* 국내용 사이트에서만 해당

파트 4. Grant information (연구 과제 정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 2-4>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Grant ID (연구과제 번호)	M*	설명(영문): ID of the grant that funded this project 설명(국문): 이 프로젝트를 연구비 지원한 연구과제의 번호 예시(국문): 2014M3C9A3064681 * 국내용 사이트에서만 해당
2	Grant NTIS ID (연구과제의 NTIS 번호)	M*	설명(영문): NTIS ID of the grant that funded this project 설명(국문): 이 프로젝트를 연구비 지원한 연구과제의 NTIS 번호 예시(국문): 1711043540 * 국내용 사이트에서만 해당
3	Grant title (연구과제의 영문 제목)	M*	설명(영문): Title of the grant that funded this project 설명(국문): 이 프로젝트를 연구비 지원한 연구과제의 영문 제목 예시: Next-generation Genome-InfraNET for the advancement of genome research and service * 국내용 사이트에서만 해당
4	Grant title in Korean (연구과제의 국문 제목)	M*	설명(국문): 이 프로젝트를 연구비 지원한 연구과제의 국문 제목 예시(국문): 유전체 연구기반 고도화 및 활용 서비스를 위한 차세대 게놈 인프라넷 구축 * 국내용 사이트에서만 해당
5	Funding agency (연구비 지원 기관)	M*	설명(국문): 이 프로젝트를 연구비 지원한 연구관리전문기관 이름 예시(국문): 한국연구재단, 보건산업진흥원 * 국내용 사이트에서만 해당

파트 5. Publication and patent information (논문 및 특허 성과 정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 2-5>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	PubMed ID of publication (논문의 PubMed ID)	O	설명(영문): PubMed ID of the publication from this project. Multiple publications can be entered. 설명(국문): 이 프로젝트 수행의 결과로 산출된 논문의 PubMed ID. 다수 입력 가능. 예시: 31974418, 29321500
2	DOI of publication (논문의 DOI)	O	설명(영문): DOI(Digital Object Identifier) of the publication from this project, if PubMed ID is unavailable. Multiple publications can be entered. 설명(국문): 이 프로젝트 수행의 결과로 산출된 논문의 PubMed ID가 없을 경우 DOI(Digital Object Identifier)를 대신 입력. 다수 입력 가능. 예시: 10.1038/s41598-020-57919-6, 10.1038/s41598-017-16535-7
3	Patent information (특허정보)	O	설명(영문): Patent information from this project. 설명(국문): 이 프로젝트 수행의 결과로 산출된 특허의 정보

Part III. 다수 분야 공통

3	BioSample 정보

□ (작성자) KOBIC 작성 후 다수 전문가 자문 의견 반영

□ 설명: 본 양식은 바이오 연구 데이터를 등록 시, 생물 유래 시료를 대상으로 실험을 했을 경우 그 시료에 대한 개괄적인 정보를 등록할 때 쓰이며, 이 문서의 제4장부터 수록되어 있는 다수*의 각 데이터별 양식을 작성하기 전 필수로 작성해야 하는 양식임

* 즉, 모든 데이터에 적용되는 것은 아니며, 적용되는 데이터는 각 섹션에 별도 표시

□ (양식 출처) NCBI BioSample(https://ncbi.nlm.nih.gov/biosample/)의 양식을 기반으로 작성되었음

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. Sample type (샘플 종류)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 3-1>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Sample type

(샘플 종류)

M

설명(영문): The organism group that best describes your sample

설명(국문): 등록하려는 샘플에 가장 적절한 생물군

가능한 값(영문): Select one from the following

No	Possible values	Description
1	Human	Human sample or cell line
2	Model organism or animal	Multicellular sample or cell line derived from common laboratory model organisms, e.g., mouse, rat, Drosophila, worm, fish, frog, or large mammals including zoo and farm animals.
3	Invertebrate	Invertebrate sample
4	Plant	Plant sample or cell line
5	Microbe	Use for Bacteria or other unicellular microbes. Select Microbe when it is not appropriate or advantageous to select Virus or Pathogen.
6	Virus	Use for all virus samples not directly associated with disease. Viral pathogens should be submitted using the Pathogen: Clinical or host-associated pathogen package..
7	Clinical or host-associated pathogen	Clinical or host-associated pathogen
8	Environmental, food, or other pathogen	Environmental, food, or other pathogen
9	Metagenome or environmental	Metagenome or environmental sample

가능한 값(국문): 다음 중 택일

No	가능한 값	설명
1	Human	인체 유래 샘플 또는 세포주
2	Model organism or animal	동물원/축산 동물, 혹은 일반적인 실험 모델 다세포 동물(mouse, rat, Drosophila, worm, fish, frog등) 유래 샘플 또는 세포주
3	Invertebrate	무척추동물 샘플
4	Plant	식물 유래 샘플 또는 세포주
5	Microbe	박테리아 또는 기타 단세포 미생물 샘플. 아래의 Virus 혹은 Pathogen 생물군으로 지정하면 적절하지 않거나 이점이 없을 경우 Microbe로 지정할 것.
6	Virus	질병과 직접 관련성이 없는 바이러스 샘플. 병원체 바이러스는 아래의 Clinical or host-associated pathogen을 지정할 것.
7	Clinical or host-associated pathogen	질병성 혹은 숙주 연관성 병원체
8	Environmental, food, or other pathogen	환경, 식품 및 기타 병원체
9	Metagenome or environmental	메타게놈 또는 환경 샘플

파트 2. Sample attribute (샘플 특성)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

비고
□ <표 3-2>의 각 항목의 필수(M)/선택(O) 값은 <표 3-1>에서 등록자가 지정하는 Sample type에 따라 <표 3-3>에 의하여 결정됨 □ <표 3-2>의 항목 총 73개(#1~73)는 NCBI BioSample의 항목들이며, 항목 총 5개(#74~78)는 염기서열(nucleotide sequence) 데이터 등록 양식에 필요하여 추가된 항목들임. 또한 optional 항목인 등록자 정의 항목(#79~)도 NCBI BioSample의 항목임.

<표 3-2>

No

항목

도움말

1

age

(나이)

설명(영문): Age at the time of sampling; relevant scale depends on species and study, e.g., could be seconds for amoebae or centuries for trees

설명(국문): 샘플링 시점의 나이. 생물종 및 연구에 따라 적절한 단위로 작성함(예: 아메바인 경우는 초, 나무인 경우는 세기)

2

altitude

(고도)

설명(영문): The altitude of the sample is the vertical distance between Earth's surface above sea level and the sampled position in the air.

설명(국문): 샘플의 고도(해수면 위 땅의 표면과 샘플링된 위치 사이의 수직거리)

3

biomaterial provider

(생물질 제공자)

설명(영문): Name and address of the lab or PI, or a culture collection identifier

설명(국문): 실험실 또는 PI의 이름과 주소 또는 소재은행의 식별자

4

birth date

(출생일자)

설명(영문): Birth date of the subject

설명(국문): 실험 대상의 출생일자

5

birth location

(출생장소)

설명(영문): Birth location of the subject

설명(국문): 실험 대상의 출생장소

6

breed

(품종명)

설명(영문): Breed name - chiefly used in domesticated animals or plants

설명(국문): 품종명 - 주로 가축이나 식물에 사용됨

7

breeding history

(품종개량 이력)

설명(영문): Breeding history

설명(국문): 품종개량 이력

8

breeding method

(품종개량 방법)

설명(영문): Breeding method

설명(국문): 품종개량 방법

9

broad-scale environmental context

(주요 환경 유형)

설명(영문): Add terms that identify the major environment type(s) where your sample was collected. Recommend subclasses of biome [ENVO:00000428]. Multiple terms can be separated by one or more pipes e.g.:  mangrove biome [ENVO:01000181]|estuarine biome [ENVO:01000020]

설명(국문): 샘플이 수집된 주요 환경 유형. Environment Ontology(ENVO)에서 biome(생물군계)의 하위 클래스에 있는 용어 및 그 용어의 ID를 사용하는 것을 권함. biome의 하위 클래스에 있는 용어들은 http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_00000428에서 열람할 수 있음.

포맷(국문): 용어 [용어의id]. 만약 여러 용어를 사용해야 한다면 파이프(|) 기호로 용어들을 구분할 것.

예시: mangrove biome [ENVO:01000181]|estuarine biome [ENVO:01000020]

10

cell line

(세포주명)

설명(영문): Name of the cell line

설명(국문): 세포주의 이름

11

cell subtype

(세포 서브타입)

설명(영문): Subtype of a cell

설명(국문): 세포의 아형(subtype)

12

cell type

(세포 타입)

설명(영문): Type of cell of the sample or from which the sample was obtained.

설명(국문): 샘플의 세포형(cell type) 혹은 샘플이 얻어진 세포의 type

13

collected by

(수집자)

설명(영문): Name of persons or institute who collected the sample

설명(국문): 샘플을 수집한 사람 또는 기관의 이름

14

collection date

(수집 일자)

설명(영문): The date (or date and time) on which the sample was collected

설명(국문): 샘플을 수집한 날짜 혹은 날짜 및 시간

포맷(영문): Use ISO 8601 standard on date and time. For date, use the formats “YYYY”, “YYYY-MM”, “YYYY-MM-DD”. For date and time, use the format "YYYY-mm-ddThh:mm:ssZ". In this format, time is in Coordinated Universal Time (UTC), otherwise known as Zulu time, the letter “T” is added between date and time, and the letter “Z” (indicating Zulu) is added after time. For a range of two date and time values, use the forward-slash character “/” as the delimiter.

포맷(영문): 날짜와 시간 표기의 ISO 8601 국제 표준 규격 사용. 날짜 포맷은 “YYYY”, “YYYY-MM”, “YYYY-MM-DD”임. 날짜 및 시간 포맷은 "YYYY-mm-ddThh:mm:ss"인데, 시간 값은 Zulu 시간이라고도 불리는 협정세계시(UTC)를 사용하고, 날짜와 시간 간 알파벳 “T”를 붙이며, 시간 값의 뒤에는 알파벳 “Z”를 붙임. 두 개의 날짜 및 시간의 범위를 입력하려면 각 날짜 및 시간 값 간 “/”(슬래시)를 넣음.

예시: 1990-10-30, 1990-10, 1990, 1952-10-21/1953-02-15, 2015-10-11T17:53:03Z

15

cultivar

(재배품종명)

설명(영문): Cultivar name - cultivated variety of plant

설명(국문): 식물의 재배품종명

16

culture collection

(배양 콜렉션)

설명(영문): Name of source institute and unique culture identifier

설명(국문): 샘플의 원 보유 기관 이름 및 고유 배양 ID

포맷(영문): See http://www.insdc.org/controlled-vocabulary-culturecollection-qualifier for the description for the proper format and list of allowed institutes.

포맷(국문): 적절한 포맷 및 입력 허용되는 원기관 리스트는 다음 링크 참고: http://www.insdc.org/controlled-vocabulary-culturecollection-qualifier

17

death date

(사망일자)

설명(영문): Death date of the subject

설명(국문): 실험 대상의 사망일자

18

depth

(깊이)

설명(영문): Depth is defined as the vertical distance below surface, e.g. for sediment or soil samples depth is measured from sediment or soil surface, respectively. Depth can be reported as an interval for subsurface samples.

설명(국문): 깊이는 표면 아래의 수직 거리로 정의됨.

19

description

(샘플 설명)

설명(영문): Description of the sample

설명(국문): 샘플의 설명

20

development stage

(발생 상태)

설명(영문): Developmental stage at the time of sampling.

설명(국문): 샘플링 당시의 샘플 발생 상태

21

disease

(질병)

설명(영문): List of diseases diagnosed

설명(국문): 진단된 질병 목록

포맷(영문): Can include multiple diagnoses. The value of the field depends on host; for humans the terms should be chosen from DO (Disease Ontology), free text for non-human. For DO terms in humans, see https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/doid

포맷(국문): 여러 진단을 포함 할 수 있음. 필드의 값은 호스트에 따라 다름. 인간의 경우 DO (Disease Ontology)에서 값을 선택하는데 https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/doid에서 검색/열람할 수 있음. 인간이 아닌 경우 자유롭게 기재.

22

disease stage

(질병단계)

설명(영문): Stage of disease at the time of sampling.

설명(국문): 샘플링 당시의 질병 단계

23

ecotype

(생태형)

설명(영문): A population within a given species displaying genetically based, phenotypic traits that reflect adaptation to a local habitat.

설명(국문): 생태형. 지역 서식지에 대한 적응을 반영하는 유전적 기반의 표현형 특성을 나타내는 특정 종 내의 개체군

예시: Columbia

24

ethnicity

(민족)

설명(영문): Ethnicity of the subject

설명(국문): 연구 대상의 민족성(ethnicity)

25

genotype

(유전형)

설명(영문): Observed genotype

설명(국문): 관찰된 유전형

26

geographic location

(지리적 장소)

설명(영문): Geographical origin of the sample

설명(국문): 샘플의 지리적 출처

설명(영문): Use the appropriate name from the list shown in  http://www.insdc.org/documents/country-qualifier-vocabulary. Use a colon to separate the country or ocean from more detailed information about the location.

설명(국문): 사용 적절한 이름(국가, 해양 등)은 다음 리스트에 나와 있음: http://www.insdc.org/documents/country-qualifier-vocabulary. 국가/해양 등의 이름 보다 더 자세한 지리적 위치는 국가/해양 등의 이름 다음에 콜론(:)을 붙인 후 입력함.

예시: "Canada: Vancouver" or "Germany: halfway down Zugspitze, Alps“

27

growth protocol

(배양 프로토콜)

설명(영문): Protocol for growth

설명(국문): 배양 프로토콜

28

health state

(건강 상태)

설명(영문): Health or disease status of sample at time of collection

설명(국문): 수집 당시 샘플의 건강 혹은 질병 상태

29

height or length

(높이 또는 깊이)

설명(영문): Measurement of height or length

설명(국문): 높이 또는 길이 측정값

30

host

(숙주)

설명(영문): The natural (as opposed to laboratory) host to the organism from which the sample was obtained. Use the full taxonomic name.

설명(국문): 샘플을 얻은 생명체의 자연감염 숙주(실험실에서의 숙주가 아니라)의 이름을 완전한 분류명으로 입력

예시: Homo sapiens

31

host age

(숙주 나이)

설명(영문): Age of host at the time of sampling

설명(국문): 샘플링 당시 숙주의 나이

32

host description

(숙주 추가 정보)

설명(영문): Additional information not included in other defined vocabulary fields

설명(국문): 호스트에 대한 설명 중, 다른 항목에는 없는 추가 정보 입력

33

host disease

(숙주 질병)

설명(영문): Name of relevant disease

설명(국문): 감염으로 인해 호스트에 생기는 질병의 이름

포맷(영문): Controlled vocabulary from http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1009 or http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh

포맷(국문): 다음 두 종류의 controlled vocabulary 중 하나를 사용: (1) Human Disease Ontology (http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1009) (2) MeSH (Medical Subject Headings) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh)

예시: Salmonella gastroenteritis

34

host disease outcome

(숙주 질병 결과)

설명(영문): Final outcome of disease

설명(국문): 호스트에 생긴 질병의 최종 결과

예시: death, chronic disease, recovery

35

host disease stage

(숙주 질병 단계)

설명(영문): Stage of disease at the time of sampling

설명(국문): 호스트에 생긴 질병의 샘플링 당시의 단계

36

host health state

(숙주 건강 상태)

설명(영문): Information regarding health state of the individual sampled at the time of sampling

설명(국문): 샘플링 당시 호스트의 건강 상태 정보

37

host sex

(숙주 성별)

설명(영문): Gender or physical sex of the host

설명(국문): 숙주의 생물학적 성 또는 성별

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	male
2	female
3	pooled male and female
4	neuter
5	hermaphrodite
6	intersex
7	not determined
8	missing
9	not applicable
10	not collected

38

host subject id

(숙주 개체 ID)

설명(영문): A unique identifier by which each subject can be referred to, de-identified.

설명(국문): 각 숙주 개체를 나타낼 수 있는 비 식별화된(de-identified) ID

예시:  #131

39

host tissue sampled

(숙주 조직)

설명(영문): Type of tissue the initial sample was taken from

설명(국문): 초기 샘플을 채취한 호스트 조직의 타입

포맷(영문): Controlled vocabulary from http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1005

포맷(국문): BRENDA Tissue and Enzyme Source Ontology (http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1005)에서 제공하는 controlled vocabulary 입력

40

identified by

(식별한 자)

설명(영문): Name of the taxonomist who identified the specimen

설명(국문): 표본을 식별한 분류학자의 이름

41

isolate

설명(영문): Identification or description of the specific individual from which this sample was obtained

설명(국문): 샘플이 얻어진 특정 개체의 식별 또는 설명

42

isolation source

(분리 소스)

설명(영문): Describes the physical, environmental and/or local geographical source of the biological sample from which the sample was derived

설명(국문): 샘플이 유래된 생물 샘플의 물리적, 환경적 및/또는 지역적 지리 출처를 설명

43

karyotype

(핵형)

설명(영문): Karyotype

설명(국문): 염색체 핵형

44

lab host

(실험실 숙주)

설명(영문): Scientific name and description of the laboratory host used to propagate the source organism or material from which the sample was obtained

설명(국문): 샘플이 유래된 생명체 또는 물질을 전파하는데 사용된 실험실 숙주의 학명 및 설명

예시: Escherichia coli DH5a, or Homo sapiens HeLa cells

45

latitude and longitude

(위도 및 경도)

설명(영문): The geographical coordinates of the location where the sample was collected

설명(국문): 샘플이 수집된 위치의 지리적 좌표(위도와 경도)

포맷(영문): Specify as degrees latitude and longitude in format "d[d.dddd] N|S d[dd.dddd] W|E".

포맷(국문): "d [d.dddd] N | S d [dd.dddd] W | E" 형식으로 위도와 경도를 지정

예시: 38.98 N 77.11 W

46

mating type

(교배 형태)

설명(영문): Mating type of microbe

설명(국문): 미생물의 교배 형태

47

organism

(생명체 명)

설명(영문): The most descriptive organism name for this sample (to the species, if possible). In the case of a new species, provide the desired organism name. In the case of unidentified species, choose the appropriate Genus and include 'sp.', e.g., "Escherichia sp.". When sequencing a genome from a non-metagenomic source, include a strain or isolate name too, e.g., "Pseudomonas sp. UK4".

설명(국문): 이 샘플에 대한 가장 적절한 생명체 이름(가능하면 종 단위까지). 새로운 종의 경우 원하는 생물명을 입력. 미확인 종의 경우 적절한 속(genus)을 입력 후 'sp.'를 입력하면 됨(예: "Escherichia sp."). 비-메타게놈 소스에서 게놈을 시퀀싱 할 때는 균주(strain) 또는 분리주(isolate)의 이름도 입력(예: "Pseudomonas sp. UK4").

48

passage history

(계대 배양 이력)

설명(영문): Number of passages and passage method

설명(국문): Passage(계대배양)의 횟수 및 방법

49

pathotype

(병원성)

설명(영문): Some bacterial specific pathotypes

설명(국문): 병원체 샘플인 경우 병원성(pathotype) 입력

예시: Eschericia coli - STEC, UPEC

50

phenotype

(표현형)

설명(영문): Phenotype of sampled organism

설명(국문): 샘플링 된 생명체의 표현형

포맷(영문): Controlled vocabulary from Phenotypic Quality Ontology (PATO) (http://bioportal.bioontology.org/visualize/44601)

포맷(국문): Phenotypic Quality Ontology (PATO) (http://bioportal.bioontology.org/visualize/44601)에서 제공하는 controlled vocabulary 입력

51

population

(집단)

설명(영문): Applicable for human and plants. For plants, filial generation, number of progeny, genetic structure.

설명(국문): 인간과 식물 샘플의 경우 해당. 식물의 경우 자손 세대(filial generation), 자손(progeny)의 수, 유전적 구조.

52

race

(인종)

설명(영문): Race of the subject

설명(국문): 연구 대상의 인종(race)

53

reference for biomaterial

(생물질 참고문헌)

설명(영문): Primary publication or genome report

설명(국문): 해당 생물질에 대한 주요 논문 또는 유전체 리포트

포맷: PubMed ID, or DOI (Digital Object Identifier), or URL

54

relationship to oxygen

(산소 관련성)

설명(영문): Aerobic or anaerobic

설명(국문): 산소요구도(호기성, 혐기성 등)

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	aerobe
2	anaerobe
3	facultative
4	microaerophilic
5	microanaerobe
6	obligate aerobe
7	obligate anaerobe

55

sample collection device or method

(샘플 수집 장치 또는 방법)

설명(영문): Method or device employed for collecting sample

설명(국문): 샘플 수집에 사용된 방법 또는 장치

56

sample material processing

(샘플 물질 처리 방법)

설명(영문): Processing applied to the sample during or after isolation

설명(국문): 분리 중 또는 분리 후 샘플에 적용된 처리 방법

57

sample name

(샘플명)

설명(영문): A name that you choose for the sample. It can have any format, but we suggest that you make it concise, unique and consistent within your lab, and as informative as possible. Every sample name from a single submitter must be unique.

설명(국문): 연구자가 샘플에 대해 부여한 이름. 특별한 형식은 없지만 간결성, 고유성, 일관성이 있고 의미 있게 명명하면 좋음. 데이터 등록자 한명이 제출하는 모든 샘플들의 이름은 각각 고유해야 함.

58

sample size

(샘플 사이즈)

설명(영문): Amount or size of sample (volume, mass or area) that was collected

설명(국문): 수집 된 샘플의 양 또는 크기 (부피, 질량 또는 면적)

59

sample title

(샘플 제목)

설명(영문): Title of the sample

설명(국문): 샘플의 제목

60

sample type

(샘플 타입)

설명(영문): Sample type, such as cell culture, mixed culture, tissue sample, whole organism, single cell, metagenomic assembly

설명(국문): 샘플의 유형이며, 예로 다음과 같은 유형들이 있음: 세포 배양, 혼합 배양, 조직 샘플, 전체 생명체, 단일 세포, 메타 게놈 어셈블리

61

serotype

(항원형)

설명(영문): Taxonomy below subspecies; a variety (in bacteria, fungi or virus) usually based on its antigenic properties.

설명(국문): 항원형(serotype)이란 아종(subspecies) 아래 분류임. 박테리아, 진균 또는 바이러스에서 다양한 항원형이 있는데, 일반적으로 항원적 특성에 따름.

예시: serotype="H1N1" in Influenza A virus CY098518.

62

serovar

(혈청형)

설명(영문): Taxonomy below subspecies; a variety (in bacteria, fungi or virus) usually based on its antigenic properties. Sometimes used as species identifier in bacteria with shaky taxonomy.

설명(국문): 혈청형(serovar)란 아종(subspecies) 아래 분류임. 박테리아, 진균 또는 바이러스에서 다양한 혈청형이 있는데, 일반적으로 항원적 특성에 따름. 분류가 불안정한 박테리아에서 종 식별자로 사용되기도 함.

예시: Leptospira, serovar saopaolo S76607 (65357 in Entrez).

63

sex

(성별)

설명(영문): Physical sex of sampled organism

설명(국문): 샘플링 된 생명체의 생물학적 성

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	male
2	female
3	pooled male and female
4	neuter
5	hermaphrodite
6	intersex
7	not determined
8	missing
9	not applicable
10	not collected

64

source material identifiers

(원천 물질 ID)

설명(영문): Unique identifier assigned to a material sample used for extracting nucleic acids, and subsequent sequencing. The identifier can refer either to the original material collected or to any derived sub-samples.

설명(국문): 핵산 추출 및 후속 시퀀싱에 사용되는 재료 샘플에 할당 된 고유 식별자. 식별자는 수집된 원본 재료 또는 파생된 하위 샘플을 참조 할 수 있음

65

specimen voucher

(표본 식별자)

설명(영문): Identifier for the physical specimen

설명(국문): 생물학적 표본의 식별자

포맷(영문): Use the format "[<institution-code>:[<collection-code>:]]<specimen_id>" along with a controlled vocabulary provided at  http://www.insdc.org/controlled-vocabulary-specimenvoucher-qualifier.

포맷(국문): http://www.insdc.org/controlled-vocabulary-specimenvoucher-qualifier 에서 제공되는 controlled vocabulary와 "[<institution-code> : [<collection-code> :]] <specimen_id>"의 포맷을 사용.

예시: UAM:Mamm:52179

66

storage conditions

(보관 조건)

설명(영문): Explain how and for how long the soil sample was stored before DNA extraction.

설명(국문): DNA를 추출하기 전에 토양 샘플을 어떻게 보관하였고 얼마나 오래 보관하였는지 설명.

67

strain

(균주, 계통)

설명(영문): Microbial or eukaryotic strain name

설명(국문): 미생물 또는 진핵생물의 strain(균주, 계통) 이름

68

stud book number

(혈통 번호)

설명(영문): A number of the captive animal individual in stud book

설명(국문): 동물의 혈통 번호

69

subgroup

(서브그룹)

설명(영문): Taxonomy below subspecies; sometimes used in viruses to denote subgroups taken from a single isolate.

설명(국문): 아집단(subgroup)은 아종(subspecies) 아래 분류임. 단일 분리에서 얻어진 하위 그룹들을 나타내기 위해 바이러스에서 가끔 사용됨.

70

subtype

(서브타입)

설명(영문): Used as classifier in viruses

설명(국문): 아형(subtype)은 바이러스에서 분류자로 사용됨.

예시: HIV type 1, Group M, Subtype A

71

temperature

(온도)

설명(영문): Temperature of the sample at time of sampling

설명(국문): 샘플링 당시 샘플의 온도

72

tissue

(조직)

설명(영문): Type of tissue the sample was taken from

설명(국문): 샘플이 추출된 조직의 타입

73

treatment

(처리 조건)

설명(영문): Describes how the sample was treated

설명(국문): 샘플 처리 조건

74

clone

(클론)

75

county

(국가)

76

haplogroup

(하플로그룹)

77

haplotype

(하플로타입)

78

vector

(벡터)

설명(영문): Any agent that carries and transmits an infectious pathogen into another living organism

설명(국문): 감염성 병원체를 지니고 다른 생물로 전파하는 매개체

예시: mosquito, mite

79~

custom field(s)

(등록자 정의 항목)

설명(영문): Submitter-defined field to describe samples

설명(국문): 샘플을 설명하는데 추가적으로 항목이 필요할 때, 등록자가 정의하여 추가할 수 있는 항목

비고(영문): Can add any number of custom fields as needed

비고(국문): 필요시 몇 개라도 이 항목을 추가할 수 있음

예시: diet, medication, survival status, etc.

참고표: 표 3-2의 항목들의 생물군별 필수/선택/해당없음 여부

□ <표 3-3>은 총 9가지 생물군에 따라 <표 3-2>의 각 항목들의 필수/선택/ 해당없음 여부를 요약한 것으로, 다음의 색깔 표시를 하였음

ㅇ  M  : 필수(Mandatory) 입력 항목

ㅇ  G  : 그룹(Group) 필수 입력 항목

※ 예: Model organism or animal 및 Plant 컬럼에서는 age(항목1) 및 development stage(항목 20)에  G  라고 표시되어 있음. 이들 생물군에서는 Age/Stage group에 속하는 이 두 항목 중 어느 하나만 필수로 입력하면 된다는 의미임.

ㅇ  O  : 선택(Optional) 입력 항목

ㅇ     : 해당 생물군에는 적용 안 되는 항목

<표 3-3>

No	항목	항목그룹	Human	Model organism or animal	Invertebrate	Plant	Microbe	Virus	Clinical or host-associated pathogen	Environmental/food/other pathogen	Metagenome or environmental
1	age	Age/Stage group	M	G	O	G
2	altitude				O		O	O
3	biomaterial provider		M	O	O	O	O	O
4	birth date			O
5	birth location			O
6	breed	Organism group		G	G
7	breeding history			O
8	breeding method			O
9	broad-scale environmental context				O		O	O
10	cell line		O	O		O
11	cell subtype		O	O
12	cell type		O	O		O
13	collected by			O	O	O	O	O	M	M
14	collection date			O	M	O	M	M	M	M	M
15	cultivar	Organism group		G		G
16	culture collection		O	O		O	O	O	O	O
17	death date			O
18	depth				O		O	O
19	description		O	O	O	O	O	O	O	O	O
20	development stage	Age/Stage group	O	G	O	G
21	disease		O	O		O		O
22	disease stage		O	O		O
23	ecotype	Organism group		G		G
24	ethnicity		O				O
25	genotype			O		O		O	O	O
26	geographic location			O	M	M	M	M	M	M	M
27	growth protocol			O		O
28	health state		O	O
29	height or length					O
30	host	Host group AND Source group			G		G	G	M		G
31	host age								O
32	host description								O
33	host disease								M
34	host disease outcome								O
35	host disease stage								O
36	host health state								O
37	host sex								O
38	host subject id								O
39	host tissue sampled				O		O	O	O
40	identified by				O		O	O
41	isolate	Organism group	M	G	G	G	G	M	G	G
42	isolation source	Source group		O	G	O	G	M	M	M	G
43	karyotype		O
44	lab host	Host group					O	G
45	latitude and longitude			O	O	O	O	O	M	M	M
46	mating type						O
47	organism		M	M	M	M	M	M	M	M	M
48	passage history						O	O	O	O
49	pathotype								O	O
50	phenotype		O	O		O
51	population		O			O
52	race		O
53	reference for biomaterial										O
54	relationship to oxygen										O
55	sample collection device or method										O
56	sample material processing										O
57	sample name		M	M	M	M	M	M	M	M	M
58	sample size						O	O			O
59	sample title		O	O	O	O	O	O	O	O	O
60	sample type		O	O		O	M
61	serotype						O	O	O	O
62	serovar						O		O	O
63	sex		M	M	O	O
64	source material identifiers										O
65	specimen voucher			O	O	O	O	O	O	O
66	storage conditions			O
67	strain			G			G	O	G	G
68	stud book number			O
69	subgroup								O	O
70	subtype								O	O
71	temperature				O	O	O	O
72	tissue		M	M	M	M
73	treatment		O	O		O
74	clone						O	O	O	O	O
75	county		O	O	O	O	O	O	O	O	O
76	haplogroup					O	O	O	O	O	O
77	haplotype					O	O	O	O	O	O
78	vector						O	O	O	O	O
79~	custom field(s)		O	O	O	O	O	O	O	O	O

4	Omics(오믹스) 데이터

4.1	NGS(차세대 시퀀싱) 데이터

□ (작성자) KOBIC 작성 후 외부 전문가(연세대학교 김상우, 한양대학교 남진우) 검수

□ 설명: DNA 및 RNA 서열의 NGS(Next-Generation Sequencing) 기반 high-throughput 시퀀싱 데이터를 등록할 때 쓰이는 양식

□ (양식 출처) NCBI SRA*(https://ncbi.nlm.nih.gov/sra/)의 양식을 기반으로 작성되었음

* Sequence Read Archive

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ (등록 구성) NGS 데이터 세트의 등록은 다음 세 요소로 구성됨

ㅇ BioProject 정보: <2. BioProject 정보>의 양식에 따라 등록

ㅇ BioSample 정보: <3. BioSample 정보>의 양식에 따라 등록

ㅇ NGS 데이터: 각 BioSample에 대한 실험에서 얻어진 NGS 데이터를 <4.1. NGS 데이터>의 양식에 따라 등록

파트 1. NGS metadata (차세대시퀀싱 속성정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-1-1>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Library ID

(라이브러리 ID)

M

설명(영문): Short unique identifier for the sequencing library. Each Library ID must be unique.

설명(국문): 서열 분석 라이브러리의 간단한 고유식별자. 각 라이브러리의 ID는 서로 중복되지 않아야 함.

2

Title

(제목)

M

설명(영문): Short description that will identify the dataset on public pages

설명(국문): 공개된 웹 페이지에서 데이터 세트를 식별함에 사용될 간단한 제목

포맷(영문): A clear and concise formula for the title would be like: {methodology} of {organism}: {sample info}

포맷(국문): 다음과 같은 포맷을 사용하여 제목을 만들면 명확하고 간결함. {서열 생산 방법} of {생물종} : {샘플 정보}

예시: RNA-Seq of mus musculus: adult female spleen.

3

Library strategy

(시퀀싱 기법)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값	설명
1	WGA	(영문) Random sequencing of the whole genome following non-PCR amplification (국문) Non-PCR 증폭 후 전체 게놈의 무작위 서열 분석
2	WGS	(영문) Random sequencing of the whole genome (국문) 전체 게놈의 무작위 서열 분석
3	WXS	(영문) Random sequencing of exonic regions selected from the genome (국문) 게놈에서 선택된 엑손 영역의 무작위 서열 분석
4	RNA-Seq	(영문) Random sequencing of whole transcriptome (국문) 전체 전사체의 무작위 서열 분석
5	miRNA-Seq	(영문) Random sequencing of small miRNAs (국문) Small miRNAs의 무작위 서열 분석
6	WCS	(영문) Random sequencing of a whole chromosome or other replicon isolated from a genome (국문) 게놈에서 분리된 전체 염색체 또는 게놈에서 분리 된 기타 레플리콘의 무작위 서열 분석
7	CLONE	(영문) Genomic clone based (hierarchical) sequencing (국문) 게놈 클론 기반 서열 분석 (계층적)
8	POOLCLONE	(영문) Shotgun of pooled clones (usually BACs and Fosmids) (국문) 풀링된 클론의 산탄총 기법 서열 분석 (일반적으로 BAC 및 Fosmid)
9	AMPLICON	(영문) Sequencing of overlapping or distinct PCR or RT-PCR products (국문) 중복 또는 구별되는 PCR 또는 RT-PCR 제품의 서열 분석
10	CLONEEND	(영문) Clone end (5', 3', or both) sequencing (국문) 클론 말단 서열 분석 (5', 3', 또는 양쪽)
11	FINISHING	(영문) Sequencing intended to finish (close) gaps in existing coverage (국문) 기존 서열 분석 범위의 갭을 채우기 위한 서열 분석
12	ChIP-Seq	(영문) Direct sequencing of chromatin immunoprecipitates (국문) 염색질 면역 침전물의 직접 서열 분석
13	MNase-Seq	(영문) Direct sequencing following MNase digestion (국문) MNase 분해 후 직접 서열 분석
14	DNase-Hypersensitivity	(영문) Sequencing of hypersensitive sites, or segments of open chromatin that are more readily cleaved by DNaseI (국문) 과민성 부위의 서열 분석 또는 DNA 분해효소 I에 의해 더 쉽게 절단되는 개방 염색질 조각의 서열 분석
15	Bisulfite-Seq	(영문) Sequencing following treatment of DNA with bisulfite to convert cytosine residues to uracil depending on methylation status (국문) 메틸화 상태에 따라 시토신 잔기를 우라실로 전환하기 위해 중아 황산염으로 DNA를 처리 한 후 서열 분석
16	Tn-Seq	(영문) Sequencing from transposon insertion sites (국문) 이동성유전자 삽입 부위의 서열 분석
17	EST	(영문) Single pass sequencing of cDNA templates (국문) cDNA 주형의 단일 발현 서열 분석
18	FL-cDNA	(영문) Full-length sequencing of cDNA templates (국문) cDNA 주형 전체 길이 서열 분석
19	CTS	(영문) Concatenated Tag Sequencing (국문) 양 끝이 연결된 서열 분석
20	MRE-Seq	(영문) Methylation-Sensitive Restriction Enzyme Sequencing strategy (국문) 메틸화 민감 제한 효소 서열 분석 기법
21	MeDIP-Seq	(영문) Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing strategy (국문) 메틸화 DNA 면역 침강 서열 분석 기법
22	MBD-Seq	(영문) Direct sequencing of methylated fractions sequencing strategy (국문) 메틸체 서열 분석
23	Synthetic-Long-Read
24	ATAC-seq	(영문) Assay for Transposase-Accessible Chromatin (ATAC) strategy is used to study genome-wide chromatin accessibility. alternative method to DNase-seq that uses an engineered Tn5 transposase to cleave DNA and to integrate primer DNA sequences into the cleaved genomic DNA (국문) 게놈 전체의 염색질 접근성을 연구하기 위해 사용됨. 조작된 Tn5 유전자전위효소로 DNA를 절단하고 프라이머 DNA 서열을 절단 된 게놈 DNA에 통합하여 접근 가능한 DNA 영역을 식별하는 기법
25	ChIA-PET	(영문) Direct sequencing of proximity-ligated chromatin immunoprecipitates (국문) 양 끝 연결 서열 분석을 이용한 염색질 상호작용 분석
26	FAIRE-seq	(영문) Formaldehyde Assisted Isolation of Regulatory Elements. reveals regions of open chromatin (국문) 염색질의 접근성을 밝히기 위한 포름알데히드 추출 기법
27	Hi-C	(영문) Chromosome Conformation Capture technique where a biotin-labeled nucleotide is incorporated at the ligation junction, enabling selective purification of chimeric DNA ligation junctions followed by deep sequencing (국문) 염색체 입체 형태 포착 기술, 비오틴이 표지된 뉴클레오티드의 접합과 분리에 관련된 물리적 상호작용의 정량 기법
28	ncRNA-Seq	(영문) Capture of other non-coding RNA types, including post-translation modification types such as snRNA (small nuclear RNA) or snoRNA (small nucleolar RNA), or expression regulation types such as siRNA (small interfering RNA) or piRNA/piwi/RNA (piwi-interacting RNA). (국문) siRNA(소핵 RNA), snoRNA(소핵소체 RNA)와 같은 번역 후 변형 종류나 siRNA(소간섭 RNA) 또는 piRNA/piwiRNA(피위 결합 RNA)와 같은 발현 조절 종류에 해당하는 비번역 RNA 종류의 캡처 서열 분석
29	RAD-Seq
30	RIP-Seq	(영문) Direct sequencing of RNA immunoprecipitates (includes CLIP-Seq, HITS-CLIP and PAR-CLIP) (국문) RNA 면역 침전 서열 분석 기법 (CLIP-Seq,HITS-CLIP, PAR-CLIP)
31	SELEX	(영문) Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment (국문) 시험 관내 진화; 지수적 농축에 의한 RNA 리간드의 체계적 합성법
32	ssRNA-seq	(영문) Strand-specific RNA sequencing (국문) 가닥 특이적 RNA 서열 분석
33	Targeted-Capture
34	Tethered Chromatin Conformation Capture
35	OTHER	(영문) Library strategy not listed. Pplease include additional info in the field 26(Design description). (국문) 이 목록에 없는 다른 방법. 항목 26(Design description)에 추가 정보를 쓸 것)

4

Library source

(라이브러리 출처)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	Value	설명
1	GENOMIC	(영문) Genomic DNA (includes PCR products from genomic DNA) (국문) 게놈 DNA (게놈 DNA의 중합효소연쇄반응 산물 포함)
2	TRANSCRIPTOMIC	(영문) Transcription products or non genomic DNA (EST, cDNA, RT-PCR, screened libraries) (국문) 전사 산물 또는 비게놈 DNA (EST, cDNA, RT-PCR, 스크리닝 된 라이브러리)
3	METAGENOMIC	(영문) Mixed material from metagenome (국문) 군유전체(메타게놈)의 혼합 물질
4	METATRANSCRIPTOMIC	(영문) Transcription products from community targets (국문) 공동체 표적군의 전사 산물
5	SYNTHETIC	(영문) Synthetic DNA (국문) 합성 DNA
6	VIRAL RNA	(영문) Viral RNA (국문) 바이러스성 RNA
7	GENOMIC SINGLE CELL
8	TRANSCRIPTOMIC SINGLE CELL
9	OTHER	(영문) Other, unspecified, or unknown library source material. Please include additional info in the field 26(Design description). (국문) 그 밖에 규정되지 않은, 알려지지 않은 물질 유래. 항목 26(Design description)에 추가 정보를 쓸 것.

5

Library selection

(라이브러리 선택 방법)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값	설명
1	RANDOM	(영문) Random selection by shearing or other method (국문) 절단 또는 기타 방법에 의한 무작위 선택
2	PCR	(영문) Source material was selected by designed primers (국문) 설계된 프라이머에 의해 선택
3	RANDOM PCR	(영문) Source material was selected by randomly generated primers (국문) 무작위로 형성된 프라이머에 의해 선택
4	RT-PCR	(영문) Source material was selected by reverse transcription PCR (국문) 역전사 중합효소연쇄반응에 의해 선택
5	HMPR	(영문) Hypo-methylated partial restriction digest (국문) 저메틸화 부분 제한효소 절단법
6	MF	(영문) Methyl Filtrated (국문) 메틸 여과
7	CF-S	(영문) Cot-filtered single/low-copy genomic DNA (국문) DNA 농축 여과를 통한 단일/저도 복제 서열 게놈 DNA
8	CF-M	(영문) Cot-filtered moderately repetitive genomic DNA (국문) DNA 농축 여과를 통한 중도 복제 서열 게놈 DNA
9	CF-H	(영문) Cot-filtered highly repetitive genomic DNA (국문) DNA 농축 여과를 통한 고도 복제 서열 게놈 DNA
10	CF-T	(영문) Cot-filtered theoretical single-copy genomic DNA (국문) DNA 농축 여과를 통한 이론적 단일 복제 서열 게놈 DNA
11	MDA	(영문) Multiple displacement amplification (국문) 다중 변위 증폭
12	MSLL	(영문) Methylation Spanning Linking Library (국문) 비메틸화 부위 연결 라이브러리
13	cDNA	(영문) complementary DNA (국문) 상보적 DNA
14	ChIP	(영문) Chromatin immunoprecipitation (국문) 염색질 면역 침강 반응법
15	MNase	(영문) Micrococcal Nuclease (MNase) digestion (국문) 미세구균 핵산분해효소 절단법
16	DNAse	(영문) Deoxyribonuclease (MNase) digestion (국문) DNA분해효소 절단법
17	Hybrid Selection	(영문) Selection by hybridization in array or solution (국문) 어레이나 용액에서의 혼성에 의한 선택
18	Reduced Representation	(영문) Reproducible genomic subsets, often generated by restriction fragment size selection, containing a manageable number of loci to facilitate re-sampling (국문) 절편 크기 선택에 의해 생성되는, 재생산이 가능하고 관리 가능한 수의 유전자좌를 포함하는 게놈 하위 집합
19	Restriction Digest	(영문) DNA fractionation using restriction enzymes (국문) 제한효소를 이용한 DNA 절단
20	5-methylcytidine antibody	(영문) Selection of methylated DNA fragments using an antibody raised against 5-methylcytosine or 5-methylcytidine (m5C) (국문) 5- 메틸 cytosine 또는 5- 메틸 cytidine (m5C)에 대해 대응하는 항체를 사용하여 메틸화된 DNA 단편 선택
21	MBD2 protein methyl-CpG binding domain	(영문) Enrichment by methyl-CpG binding domain (국문) 메틸 -CpG 결합 도메인의 밀집 부분
22	CAGE	(영문) Cap-analysis gene expression (국문) 메신저 RNA 5‘ 말단의 생성 포착을 이용한 유전자 발현 기술
23	RACE	(영문) Rapid Amplification of cDNA Ends (국문) RCR을 활용하여 cDNA의 말단을 증폭하여 서열을 확인하는 기술
24	size fractionation	(영문) Physical selection of size appropriate targets (국문) 적합한 크기에 해당하는 물리적 선택
25	Padlock probes capture method	(영문) Circularized oligonucleotide probes (국문) 원형화된 올리고뉴클레오티드 프로브를 사용
26	cDNA_oligo_dT	-
27	cDNA_randomPriming	-
28	Inverse rRNA	(영문) Depletion of ribosomal RNA by oligo hybridization. (국문) 올리고 혼성화에 의한 리보솜 RNA의 제거 기법
29	Oligo-dT	(영문) Enrichment of messenger RNA (mRNA) by hybridization to Oligo-dT (국문) Oligo-dT에 대한 혼성화에 의한 메신저 RNA의 농축기법
30	PolyA	(영문) PolyA selection or enrichment for messenger RNA (mRNA); should replace cDNA enumeration. (국문) 메신저 RNA 농축 또는 PolyA 선택 기법 ; cDNA 대체가 필요
31	repeat fractionation	(영문) Selection for less repetitive (and more gene rich) sequence through Cot filtration (CF) or other fractionation techniques based on DNA kinetics. (국문) DNA 농축 여과나 DNA 동역학에 기반한 다른 분획 방법을 활용하여 덜 반복적인 서열 부분을 선택 (유전자 집약적인 부분)
32	other	(영문) Other library enrichment, screening, or selection process. Please include additional info in the field 26(Design description) (국문) 다른 라이브러리 선택 방법. 항목 26(Design description)에 추가적인 정보 기입.
33	unspecified	(영문) Library enrichment, screening, or selection is not specified. Please include additional info in the field 26(Design description). (국문) 특정되지 않는 라이브러리 선택 방법. 항목 26(Design description)에 추가적인 정보 기입.

6

Library layout

(라이브러리 레이아웃)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	single
2	paired

7

Platform

(플랫폼)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	LS454
2	ABI_SOLID
3	BGISEQ
4	CAPILLARY
5	COMPLETE_GENOMICS
6	HELICOS
7	LLUMINA
8	ION_TORRENT
9	OXFORD_NANOPORE
10	PACBIO_SMRT

8

Instrument model

(기기모델)

M

가능한 값: 다음 중 택일

25번 항목(Platform) 값	가능한 값(Instrument model)
LS454	454 GS 454 GS 20 454 GS FLX 454 GS FLX+ 454 GS FLX Titanium 454 GS Junior
ILLUMINA	HiSeq X Five HiSeq X Ten Illumina Genome Analyzer Illumina Genome Analyzer II Illumina Genome Analyzer IIx Illumina HiScanSQ Illumina HiSeq 1000 Illumina HiSeq 1500 Illumina HiSeq 2000 Illumina HiSeq 2500 Illumina HiSeq 3000 Illumina HiSeq 4000 Illumina iSeq 100 Illumina NovaSeq 6000 Illumina MiniSeq Illumina MiSeq NextSeq 500 NextSeq 550
HELICOS	Helicos HeliScope
ABI_SOLID	AB 5500 Genetic Analyzer AB 5500xl Genetic Analyzer AB 5500x-Wl Genetic Analyzer AB SOLiD 3 Plus System AB SOLiD 4 System AB SOLiD 4hq System AB SOLiD PI System AB SOLiD System AB SOLiD System 2.0 AB SOLiD System 3.0
COMPLETE_GENOMICS	Complete Genomics
PACBIO_SMRT	PacBio RS PacBio RS II PacBio Sequel PacBio Sequel II
ION_TORRENT	Ion Torrent PGM Ion Torrent Proton Ion Torrent S5 XL Ion Torrent S5
CAPILLARY	AB 310 Genetic Analyzer AB 3130 Genetic Analyzer AB 3130xL Genetic Analyzer AB 3500 Genetic Analyzer AB 3500xL Genetic Analyzer AB 3730 Genetic Analyzer AB 3730xL Genetic Analyzer
OXFORD_NANOPORE	GridION MinION PromethION
BGISEQ	BGISEQ-500

9

Design description

(디자인 설명)

M

설명(영문): Free-form description of the methods used to create the sequencing library; a brief 'materials and methods' section.

설명(국문): 서열 분석 라이브러리를 생성하기 위해 사용된 방법에 대해 자유롭게 기술. 논문의 'materials and methods' 섹션을 간결화 하여 기술 등.

파트 2. Files

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-1-2>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Filetype

(파일 타입)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	bam
2	srf
3	sff
4	fastq
5	454_native
6	Helicos_native
7	SOLID_native
8	PacBio_HDF5
9	CompleteGenomics_native
10	OxfordNanopore_native

2

Filename

(파일명)

M

설명(영문): Exact file name, including the extension

설명(국문): 확장자를 포함한 파일 이름

비고(영문): If you entered “paired” in the “Library layout” field, please be sure to enter both matching filenames because paired-end data is usually submitted in two files.

비고(국문): “Library layout” 항목의 값이 “paired” 인 경우, 쌍방향 서열 분석의 경우 두 개의 파일을 등록하게 되어 있으므로 파일 이름도 두 개를 입력.

3

Reference

(참조 서열)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값	설명
1	Reference FASTA file	설명(영문): Please enter the file name, including extension, that contains the custom reference used during your alignment. 설명(국문): Sequence alignment(서열 정렬) 과정에서 custom reference(사용자 지정 참조 서열)을 사용한 경우, 사용된 참조 서열의 파일 이름을 확장자를 포함하여 입력. 예시: mouse.fasta
2	Reference assembly	설명(영문): Please provide NCBI name or accession number (e.g. GRCh37) of the assembly used during your alignment. 설명(국문): 표준 참조 서열을 사용한 경우, 서열 정렬에 사용된 참조 서열의 NCBI 버전이나 표준 등록 번호를 입력 예시: GRCh37

비고(영문): Applicable only when your answered “bam” in the “Filetype“ field

비고(국문): “Filetype” 항목의 값이 bam인 경우에만 해당.

4.2	Microarray(마이크로어레이) 데이터

□ (작성자) KOBIC 작성 후 외부 전문가(한양대학교 남진우) 검수

□ 설명: DNA 및 RNA를 microarray로 profiling한 실험 데이터*

* 모든 종류의 array 포함: 전사체(gene expression array), 후성유전체(methylation array), 유전체(SNP array)등

□ (양식 출처) NCBI GEO*(https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/)의 양식을 기반으로 작성

* Gene Expression Omnibus

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ (등록 구성) Microarray 데이터 세트의 등록은 다음 세 요소로 구성됨

ㅇ BioProject 정보: <2. BioProject 정보>의 양식에 따라 등록

ㅇ BioSample 정보: <3. BioSample 정보>의 양식에 따라 등록

ㅇ Microarray 데이터: 각 BioSample에 대한 실험에서 얻어진 microarray 데이터를 <4.2. Microarray 데이터>의 양식에 따라 등록

파트 1. Series (시리즈)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-2-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Title (제목)	M	설명(영문): Unique title (less than 120 characters) that describes the overall study 설명(국문): 전체적인 연구 주제를 설명하는 제목 (120자 이내) 예시: Expression data from early Drosophila embryo
2	Summary (요약)	M	설명(영문): Thorough description of the goals and objectives of this study. The abstract from the associated publication may be suitable. Include as much text as necessary. 설명(국문): 이 연구의 목표와 목적에 대한 상세한 설명문. 관련 출판물의 초록을 입력해도 됨. 예시: Morphogenesis of epithelial tissues relies on the precise developmental control of cell polarity and architecture. In the early Drosophila embryo, the primary epithelium forms during cellularisation, following a tightly controlled genetic programme where specific sets of genes are up-regulated. Some of them, for instance, control membrane invagination between the nuclei anchored at the apical surface of the syncytium.
3	Overall design (전반적 디자인)	M	설명(영문): Indicate how many samples are analyzed, if replicates are included, are there control and/or reference samples, etc. 설명(국문): 얼마나 많은 샘플이 분석되었는지, 얼마나 많은 반복을 수행하였는지, 대조군이나 참조군이 있는지 등 실험 설계에 대한 전반적인 설명 예시: Drosophila embryos were selected at successive stages of early development for RNA extraction and hybridization on Affymetrix microarrays. We sought to obtain homogeneous populations of embryos at each developmental stage in order to increase the temporal resolution of expression profiles. To that end, we hand-selected embryos according to morphological criteria at five time-points: before pole cell formation, i.e. before zygotic transcription (T0), during the slow phase (T1) and the fast phase (T2) of cellularisation and at the beginning (T3) and the end (T4) of gastrulation.

파트 2. Sample detail (샘플 상세정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

비고
□ <3. BioSample 정보>에서 입력한 기본적인 샘플 정보 외에, microarray 실험을 설명함에 필요한 상세한 샘플 레벨 정보를 입력하는 파트임 □ Two-channel microarray*의 경우, 총 4개 항목**이 두 번(c1 및 c2 채널에 해당) 반복됨. 예를 들어 source name항목의 경우, c1:source name 및 c2:source name 이라는 항목 두 개를 만들고, 각각에 대한 값을 입력해야 함 * Agilent two-color array 및 Nimblegen genomic array(aCGH, ChIP-chip 등) * source name, characteristics:tag, molecule, label

<표 4-2-2>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

detailed sample title

(상세 샘플 제목)

M

설명(영문): Unique title that describes the sample

설명(국문): 샘플을 설명할 수 있는 상세한 제목

포맷(영문): We suggest that you use the convention: [biomaterial]-[condition(s)]-[replicate number]

포맷(국문): 다음과 같은 표기 방식을 추천함: [생물질]-[실험조건]-[반복회차]

예시: embryo at T0, biological rep1, Muscle_exercised_60min_rep2

2

source name

(소스 명)

M

설명(영문): Briefly identify the biological material and the experimental variable(s).

설명(국문): 생물 물질과 실험 변수를 간략하게 식별할 수 있도록 작성

예시: Drosophila embryos before nuclear cycle 9 (maternal transcripts), vastus lateralis muscle, exercised, 60 min.

3

characteristics: tag

(특성 태그)

M

설명(영문): Characteristics of the sample

설명(국문): 샘플의 특성

포맷(영문): Replace 'tag' with a biosource characteristic (e.g. "gender", "strain", "tissue", "developmental stage", "tumor stage", etc), and then enter the value for each sample beneath (e.g. "female", "129SV", "brain", "embryo", etc). You may add additional characteristics fields.

포맷(국문): 해당 샘플의 생물적 특성(성별, 조직, 발달단계, 종양 단계 등)에 맞게 tag 라벨을 바꾸어 항목명을 만든 다음, 그 샘플에 대한 값을 입력함(예: 암컷, 129SV, 뇌, 배아, 등). 이러한 항목을 필요한 만큼 여러 개 추가할 수 있음.

예시: Name the field as “characteristics:organ” and enter the value “brain”

4

molecule

(분자)

M

설명(영문): Type of molecule that was extracted from the biological material

설명(국문): 생물 물질에서 추출한 분자의 유형

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	total RNA
2	polyA RNA
3	cytoplasmic DNA
4	nuclear RNA
5	genomic DNA
6	protein
7	other

5

label

(라벨)

M

설명(영문): Compound used to label the extract

설명(국문): 추출물을 라벨링하는데 사용된 화합물

예시

예시

biotin

Cy3

Cy5

33P

6

description

(설명)

M

설명(영문): Additional information not provided in the other fields, or paste in broad descriptions that cannot be easily dissected into the other fields

설명(국문): 다른 항목에서 언급되지 않은 정보나 부연 설명.

예시: Gene expression data from embryos younger than nuclear cycle 9, i.e. before zygotic genome activation.

7

platform

(플랫폼)

M

설명(영문): The GEO Platform (GPL) accession number (GPLxxx), or the name of the chip, or the 6 digit Agilent design ID (Agilent-nnnnnn). The GPL accession number can be found at https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/browse/?view=platforms.

설명(국문): GEO 플랫폼(GPL) 식별 번호 (GPLxxx), 칩 이름 또는 6 자리 애질런트 ID (Agilent-nnnnnn). GPL 식별번호는 다음 링크에서 찾을 수 있음: https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/browse/?view=platforms.

예시 GPL6805, HG-U133_Plus_2, Agilent-012391

파트 3. Protocol (실험 프로토콜)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-2-3>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	growth protocol (성장 프로토콜)	O	설명(영문): Describe the conditions that were used to grow or maintain organisms or cells prior to extract preparation 설명(국문): 추출물 준비 전에 생명체 또는 세포를 성장시키거나 유지하는 데 사용된 조건 예시: 30 min egg collections of OreR and yw flies at 25C were aged at room temperature (RT) according to the different temporal classes T0-T4.
2	treatment protocol (처리 프로토콜)	O	설명(영문): Describe the treatments applied to the biological material prior to extract preparation. 설명(국문): 추출물 준비 전에 생물 물질에 적용된 처리 프로토콜 예시: Embryos were dechorionated with 50% bleach, put on a cover slip and covered with Halocarbon oil 27 (Sigma). Embryos of the appropriate stage were manually selected under the dissecting scope. Selected embryos were transferred to a basket, rinsed with PBS with 0,7% NaCl, 0,04% triton-X100 and placed on ice in the Trizol solution (GibcoBRL).
3	extract protocol (추출 프로토콜)	M	설명(영문): Describe the protocol used to isolate the extract material. 설명(국문): 추출 재료를 분리하는데 사용된 프로토콜 예시: Trizol extraction of total RNA was performed according to the manufacturer's instructions.
4	label protocol (라벨링 프로토콜)	M	설명(영문): Describe the protocol used to label the extract. 설명(국문): 추출물을 라벨링하는데 사용된 프로토콜 예시: Biotinylated cRNA were prepared according to the standard Affymetrix protocol from 6 ug total RNA (Expression Analysis Technical Manual, 2001, Affymetrix).
5	hybridization protocol (혼성화 프로토콜)	M	설명(영문): Describe the protocols used for hybridization, blocking and washing, and any post-processing steps such as staining. 설명(국문): 혼성화, 차단 및 세척, 염색과 등 후처리 단계에 사용되는 프로토콜 예시: Following fragmentation, 10 ug of cRNA were hybridized for 16 hr at 45C on GeneChip Drosophila Genome Array. GeneChips were washed and stained in the Affymetrix Fluidics Station 400.
6	scan protocol (스캔 프로토콜)	M	설명(영문): Describe the scanning and image acquisition protocols, including scanner model and core software/version (e.g. GCOS v1.x, AGCC) used for image processing. 설명(국문): 이미지 처리에 사용되는 스캐너 모델 및 핵심 소프트웨어 및 버전(예: GCOS v1.x, AGCC)을 등 스캔 및 이미지 수집 프로토콜 예시: GeneChips were scanned using the Hewlett-Packard GeneArray Scanner G2500A.
7	data processing (데이터 프로세싱)	M	설명(영문): Provide details of how the primary data were generated. 설명(국문): 데이터가 생성 된 방법에 대한 세부 사항 예시: The data were analyzed with Microarray Suite version 5.0 (MAS 5.0) using Affymetrix default analysis settings and global scaling as normalization method. The trimmed mean target intensity of each array was arbitrarily set to 100.

파트 4. Result files(결과 파일)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-2-4>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

raw data file

(원시 데이터 파일)

M

설명(영문): Raw data file upload

설명(국문): 원시 데이터 파일 업로드

파일 포맷(예시): The following is an example of the formats that are used for each of the vendor-specific platforms:

Vendor	Format
Affymetrix	CEL
Agilent	Agilent Feature Extraction result file. GPR files are also acceptable if they include the Agilent Probe Names.
Nimblegen	PAIR
Illumina	IDAT and associated files or a Matrix worksheet containing non-normalized data

2

processed data file

(가공 데이터 파일)

M

설명(영문): Processed data file upload

설명(국문): 가공된 데이터 파일 업로드

파일 포맷(예시): Description of processed data file for each vendor-specific platform

Vendor	Description
Affymetrix	Usually probe set summary data generated by the primary analysis software (e.g., Expression Console, Microarray Suite 5.0, Genotyping Console, GTYPE/CNAT, GTGS, Tiling Array Software, or GeneChip-compatible/other 3rd-party software). These data may be submitted either as CHP files or a matrix table (see examples in templates below). Please submit the data used to draw the conclusions of your study. For instance, do not submit CHP files analyzed with MAS5.0 if your submission is related to a publication based on GC-RMA data. In this case, you should submit the GC-RMA probe set summary data instead of MAS5.0 CHP files. (Taken from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/geo_affy.html)
Agilent	Processed/normalized data used to draw the conclusions from your study. Two-color experiments (e.g., Cy3/Cy5) will typically have log (test/control) ratios; one-color experiments will have normalized signal intensities. Processed data should be provided as a value matrix containing data for all Samples. Data can be provided in an Excel worksheet or a tab-delimited text file. The table should include the Agilent Probe Names (e.g., A_23_P158231). (Taken from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/geo_agil.html)
Nimblegen	A Matrix worksheet containing the processed/normalized data used to draw conclusions from your study (e.g., RMA-normalized signals, scaled log2 ChIP/Input ratios, etc.). If the processed data row count exceeds Excel's limit, please supply your Matrix as a tab-delimited, plain-text file (.txt). Alternatively, if your data were processed with Nimblescan software, the processed data may be supplied as native .gff files. (Taken from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/geo_nimb.html)
Illumina	A Matrix worksheet containing the final processed/normalized data used to draw the conclusions from your study (e.g., cubic spline). If the processed data row count exceeds Excel's limit, please supply your Matrix as a tab-delimited, plain-text file (.txt). If submitting a new Illumina Platform, also include Platform annotation columns. (Taken from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/geo_illu.html)

4.3	Nucleotide sequence(염기서열) 데이터

□ (작성자) KOBIC 작성

□ 설명: 본 양식은 nucleotide sequence(염기서열) 데이터의 등록에 사용됨. 염기서열 데이터이나 assemble 되지 않은 NGS short read sequence의 경우는 본 양식이 아니라 <4.1. NGS 데이터>의 양식을 사용함.

□ (양식 출처) NCBI GenBank(https://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)의 양식을 기반으로 작성되었음

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ (등록 구성) Nucleotide sequence 데이터 세트의 등록은 다음 세 요소로 구성됨

ㅇ BioProject 정보: <2. BioProject 정보>의 양식에 따라 등록

ㅇ BioSample 정보: <3. BioSample 정보>의 양식에 따라 등록

ㅇ Nucletide sequence 데이터: 각 BioSample에 대한 실험에서 얻어진 nucleotide sequence 데이터를 <4.3. Nucleotide sequence 데이터>의 양식에 따라 등록

파트 1. Sequencing technology 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-3-1>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Assembly date

(어셈블리 일자)

O

설명(영문): Year, month and day the assembly was made.

설명(국문): 어셈블리 데이터가 생성된 년도, 월, 일 날짜

포맷: YYYY-MM-DD

2

Assembly method

(어셈블리 방식)

M

설명(영문): Name of algorithm

설명(국문): 어셈블리 시 활용한 알고리즘 명

가능한 값 다음 중 택일

No	가능한 값
1	ABySS
2	AllPaths
3	Arachne
4	CLC NGS Cell
5	Celera Assembler
6	FALCON
7	FALCON-Unzip
8	GS De Novo Assembler
9	HGAP
10	JAZZ
11	MIRA
12	MaSuRCA
13	Newbler
14	SOAPdenovo
15	SPAdes
16	Velvet
17	Other (Please specify)

3

Program version

(프로그램 버전 )

M

설명(영문): Version of program used for assembly or date of execution

설명(국문): 어셈블리에 활용한 프로그램의 버전 혹은 실행 시 날짜

예시: 2.3 or MAY-2011

4

Assembly name

(어셈블리명)

O

설명(영문): This field is usually left blank, especially for prokaryotes, but is available for the name that you are using in your manuscript or abstract to describe this assembly.

설명(국문): 이 필드는 일반적으로 특히 원핵생물의 경우 비워 두지만, 이 어셈블리를 설명하기 위해 원고나 초록에서 사용하는 이름으로 사용 가능.

포맷(영문): A good assembly name generally includes: a short 3-4 letter abbreviation for the institution, a 4-6 letter abbreviation of the organism name, and a version.

For the organism name abbreviation, avoid the 3+3 "genus + species" format (e.g. "PanTro" for Pan troglodytes) since that could cause conflicts with the UCSC database name; we recommend formats such as 1+3 or 2+4 for the "genus + species" instead (e.g. PTro or PaTrog). Do not use the full scientific name, in case that name changes in the future.

If you have a meaningful assembly name like UCLA_Agam_2.1 (see naming recommendations), please provide it here, otherwise we will auto-generate it.

포맷(국문): 좋은 어셈블리 이름에는 일반적으로 다음이 포함됨: 기관에 대한 짧은 3-4 자 약어, 유기체 이름의 4-6 자 약어, 및 버전.

생명체 이름 약어의 경우 UCSC 데이터베이스 이름과 충돌을 일으킬 수 있으므로 3 + 3 "속 + 종"형식 (예 : Pan troglodytes의 경우 "PanTro")을 사용하지 말 것. 대신 '속 + 종'에 대해 1 + 3 또는 2 + 4와 같은 형식을 권장함 (예 : PTro 또는 PaTrog). 나중에 이름이 변경될 경우를 대비하여 전체 학명을 사용하지 말 것.

UCLA_Agam_2.1 (이름 지정 권장 사항 참조)와 같은 의미 있는 어셈블리 이름이 있는 경우 여기에 입력. 그렇지 않으면 자동으로 생성됨.

예시: UCLA_Agam_2.1 for version 2.1 of the Anopheles gambiae genome from a lab in UCLA.

5

Genome coverage

(게놈 커버리지)

M

설명(영문): The estimated base coverage across the genome, eg 12x. This can be calculated by dividing the number of bases sequenced by the expected genome size and multiplying that by the percentage of bases that were placed in the final assembly. More simply it is the number of bases sequenced divided by the expected genome size.

설명(국문): 게놈 전반에 걸친 추정된 염기 범위 (예 : 12x). 이는 염기서열 수를 예상 게놈 크기로 나누고, 이를 최종 어셈블리에 배열된 염기의 백분율로 곱하여 계산할 수 있음. 더 간단하게는 염기서열의 수를 예상 게놈 크기로 나눈 값으로 나타낼 수 있음.

예시: 12x

6

Total raw read length

(전체 원시데이터 길이)

M

설명(영문): Total read length used for assembly

설명(국문): 조립에 사용된 전체 raw data 염기서열 길이

7

Read throughput

(총 염기서열 read 수)

M

설명(영문): Read throughput generated by sequencer

설명(국문): 생성된 유전체 조각(read)들의 개수

8

The number of contigs

(전체 contig 수)

M

설명(영문): The number of contigs in genome

설명(국문): 전체 게놈의 contig 수

9

Contig length

(전체 contig 길이)

M

설명(영문): Total length of contigs (bp)

설명(국문): 전체 contig의 길이 (bp)

10

N50

M

설명(영문): The value of N50 (bp)

설명(국문): N50 값 (bp)

11

Sequencing technology

(시퀀싱 기술)

M

설명(영문): The sequencing machine(s) used to generate the data

설명(국문): 데이터 생성 시 사용한 시퀀싱 기계

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	ABI3730
2	Sanger
3	454
4	Illumina
5	Illumina GAII
6	Illumina GAIIx
7	Illumina HiSeq
8	Illumina iSeq
9	Illumina MiniSeq
10	Illumina MiSeq
11	Illumina NextSeq
12	Illumina NovaSeq
13	Ion Torrent
14	Oxford Nanopore
15	Oxford Nanopore GridION
16	Oxford Nanopore MiniION
17	Oxford Nanopore PromethION
18	PacBio
19	PacBio RS
20	PacBio RSII
21	PacBio Sequel
22	Helicos
23	SOLiD
24	Complete Genomics
25	Other (Please specify)

12

Confirm full genome

(전체 게놈 포함 여부 확인)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Yes (even for draft genomes or if a prokaryotic genome assembly may not include plasmids)
2	No, I deliberately selected a subset of the genome (e.g. only one chromosome of a eukaryote or only the non-repetitive regions of the genome)

13

Description for subset of the genome

(게놈 영역 설명)

M

설명(영문): Describe what subset of the genome you are submitting

설명(국문): 제출하려는 게놈의 일부분이 무엇인지 기술

비고(영문): Applicable only when you answered “No” in the “Confirm full genome” field

비고(국문): “Confirm full genome” 항목 의 값이 “No”인 경우에만 해당

14

Confirm final version

(최종버전 여부)

M

설명(영문): Answer "Yes", if you do not expect to do more sequencing or reassembly of this genome.

설명(국문): 해당 게놈의 더 많은 시퀀싱 또는 어셈블리를 기대하지 않는 경우 "Yes"로 대답

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Yes
2	No

15

Confirm de novo assembly

(드 노보 어셈블리 여부)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Yes
2	No

16

Reference assembly name or accession

(참조 어셈블리 이름)

M

비고(영문): Applicable only when you answered “No” in the “Confirm de novo assembly” field

비고(국문): “Confirm de novo assembly” 항목의 값이 No인 경우에만 해당

17

Confirm update of existing submission

(업데이트 여부)

M

설명(영문): Is it an update of existing submission?

설명(국문): 기존 존재하는 제출물의 업데이트 데이터인지에 대한 확인

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Yes
2	No

18

Existing genome accession

(기존 게놈 등록번호)

M

비고(영문): Applicable only when you answered “Yes” in the “Confirm update of existing submission” field

비고(국문): “Confirm update of existing submission” 항목의 값이 Yes인 경우에만 해당

파트 2. Sequences/Nucleotide 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-3-2>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Molecule Type

(분자 유형)

M

설명(영문): Select the type of molecule that was isolated and sequenced.

설명(국문): 분리되어 시퀀싱된 분자 유형 선택

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	genomic DNA
2	mRNA (cDNA)
3	genomic RNA
4	precursor RNA
5	tRNA
6	rRNA
7	cRNA
8	transcribed RNA
9	Other genetic: RNA
10	Other genetic: DNA

2

Topology

(위상)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Linear
2	Circular

3

Source Organelle/Location information

(원천 소기관/위치 정보)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	mitochondrion
2	mitochondrion:kinetoplast
3	plastid
4	plastid:chloroplast
5	plastid:apicoplast
6	plastid:chromoplast
7	plastid:cyanelle
8	plastid:leucoplast
9	plastid:protoplastid
10	nucleomorph
11	proviral
12	extrachromosomal
13	macronuclear

4

Chimera check

(키메라 서열 확인)

M

설명(영문): Did you check and remove low-quality and chimeric sequences from your FASTA file prior to preparing this submission?

설명(국문): 이 제출물을 준비하기 전에, FASTA 파일에서 품질이 낮고 키메라인 시퀀스를 확인해서 제거했나요?

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Yes
2	No

5

Chimera check program name

(키메라 확인 프로그램명)

M

설명(영문): Please provide the name and version of the chimera checking program. BLAST alone is not sufficient as a chimera checking program.

설명(국문): 키메라 검사 프로그램의 이름과 버전 입력. BLAST 만으로는 키메라 검사 프로그램으로 충분하지 않음.

비고(영문): Applicable only when you answered “Yes” in the “Chimera check” field

비고(국문): “Chimera check” 항목에서 Yes일 경우 해당되는 항목

6

Chimera check program version

(키메라 확인 프로그램 버전)

O

설명(영문): Please provide the name and version of the chimera checking program.

설명(국문): 키메라 검사 프로그램의 이름과 버전 입력

비고(영문): Applicable only when you answered “Yes” in the “Chimera check” field

비고(국문): “Chimera check” 항목에서 Yes일 경우 해당되는 항목

7

Cultured or Uncultured

(배양 여부)

M

설명(영문): Bacterial/archaeal Sequences: How were they obtained? Select whether your sequences were obtained from cultured or uncultured samples.

설명(국문): Bacteria 및 Archaea 시퀀스인 경우, 시퀀스를 배양된 샘플로부터 얻었는지 배양되지 않은 샘플로부터 얻었는지 선택

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Pure-cultured strains (axenic cultures containing only one microbial species each)
2	Uncultured, bulk environmental DNA (PCR-amplified directly from environmental sample or host; samples were not grown in culture)

8

Primer Type

(프라이머 유형)

M

설명(영문): What type of primers were used to amplify your samples?

설명(국문): 샘플을 증폭하기 위해 사용한 프라이머 유형

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Universal primers (amplifies DNA from a broad taxonomic range of organisms)
2	Species-specific primers (amplifies DNA from a single species)
3	Not amplified with primers

비고(영문): Applicable only when you answered “Uncultured, bulk environmental DNA” in the “Cultured or uncultured” field

비고(국문): “Cultured or uncultured” 항목의 값이 “Uncultured, bulk environmental DNA”인 경우 해당되는 항목

9

Forward primer name

(포워드 프라이머명)

O

설명(영문): Name of forward primer

설명(국문): 포워드 프라이머의 명칭

10

Forward primer sequence

(포워드 프라이머 시퀀스)

O

설명(영문): The sequence of forward primer

설명(국문): 포워드 프라이머의 시퀀스

11

Reverse primer name

(리버스 프라이머명)

O

설명(영문): Name of reverse primer

설명(국문): 리버스 프라이머의 명칭

12

Reverse primer sequence

(리버스 프라이머 시퀀스)

O

설명(영문): The sequence of reverse primer

설명(국문): 리버스 프라이머의 시퀀스

파트 3. Set/Batch 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-3-3>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Submission Set/Batch

(제출 세트/뱃치)

M

설명(영문): Specify relatedness of the sequences you are submitting. If all sequences are from the same gene/locus and are expected to be released at the same time, select from the following four: “Pop set”, “Phy set”, “Mut set”, “Env set”.

If your sequences are NOT all from the same gene/locus and NOT intended to be released at the same time, select “Batch“.

설명(국문): 제출하는 서열들의 관계성을 지정. 만약 모든 서열이 동일한 유전자/유전자좌에 속하며 동시에 공개될 성격이라면 “Pop set”, “Phy set”, “Mut set”, “Env set” 중 하나를 선택. 만약 서열들이 동일한 유전자에 속하지 않으며 동시에 공개될 성격이 아니라면 “Batch”를 선택.

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값	설명
1	Pop set	Population study: a set of sequences that were derived sequencing the same gene from different isolates of the same organism
2	Phy set	Phylogenetic study: a set of sequences that were derived by sequencing the same gene from different organisms
3	Mut set	Mutation study: a set of sequences that were derived by sequencing multiple mutations of a single gene
4	Env set	Environmental study: a set of sequences that were derived by sequencing the same gene from a population of unclassified or unknown organisms.
5	Batch	Multiple, related nucleotide sequences that are not from the same gene, but may be from the same study or organism

파트 4. Feature 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

비고
□ <표 4-3-4>의 각 Type 항목의 상세 값은 별도의 엑셀 파일 양식*으로 작성 * 엑셀 파일 양식은 준비 중

<표 4-3-4>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Add features

(특성 추가)

M

설명(영문): To add a feature, select feature category and feature type within that category then click 'Add'.

설명(국문): 특성을 추가하려면 아래의 범주 내에서 카테고리와 타입을 선택 후 ‘추가’ 클릭

가능한 값

Category	Type
Coding Region (CDS) / Gene / mRNA -- if your sequence encodes a protein, choose this option Add CDS by type	providing intervals
	providing protein sequence data
RNA (rRNA, tRNA, non-coding RNA, misc_RNA, etc)	precursor_RNA
	messenger RNA
	transfer RNA
	ribosomal RNA
	non-coding RNA
	transfer-messenger RNA
	miscellaneous RNA
Repeat region (for sequence repeats, mobile elements and satellites)	-
Regulatory feature (promoter, TATA_signal, RBS etc.)	-35 Signal
	-10 Signal
	Attenuator
	CAAT_signal
	DNase I Hypersensitive Site
	Enhancer
	Enhancer Blocking Element
	GC_signal
	Imprinting Control Region
	Insulator
	Locus Control Region
	Matrix Attachment Region
	PolyA Signal
	Promoter
	Recoding Stimulatory Region
	Replication Regulatory Region
	Response Element
	Ribosome Binding Site
	Riboswitch
	Silencer
	TATA signal
	Terminator
	Transcriptional Cis Regulatory Region
	Other Regulatory Region
Other	C_region
	D-loop
	D_segment
	Exon
	Gap
	Gene
	Intron
	J_segment
	Mature Peptide
	Misc.Binding
	Misc.Difference
	Misc.Feature
	Misc.Recombination
	Misc.Signal
	Misc.Structure
	Modified Base
	N_Region
	Operon
	Origin of Trnasfer(oriT)
	PolyA Site
	Primer Bind
	Propeptide
	Protein Bind
	Replication Origin
	S_Region
	Signal Peptide
	Stem Loop
	Transit Peptide
	V_Region
	V_Segment
	Variation
	3’UTR
	5’UTR

파트 5. File 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-3-5>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Assembly state

(어셈블리 상태)

O

설명(영문): Which of these 3 options describes this genome submission?

설명(국문): 현재 게놈 제출물의 상태를 다음 3개 중 택일

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Each chromosome is in a single sequence and there are no extra sequences
2	One or more chromosomes are still in multiple pieces and/or some sequences are not assembled into chromosomes
3	We are submitting just the AGP file(s) for a genome assembly; the components of the AGP files are already in GenBank

2

Confirm AGP file for unplaced scaffolds

(비배치 스캐폴드 AGP 파일 유무)

O

설명(영문): Do you have an AGP file for unplaced scaffolds (these are scaffolds without chromosome or plasmid information, so they have no genomic context)?

설명(국문): 배치되지 않은 스캐폴드(염색체 또는 플라스미드 정보가 없는 스캐폴드이므로 게놈 컨텍스트가 없음)에 대한 AGP 파일 존재 여부

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Yes
2	No

비고(영문): Applicable only when you answered “3” in the “Assembly state” field

비고(국문): “Assembly state” 항목의 값이 3번인 경우에만 해당

3

Confirm AGP file for unlocalized scaffolds

(비위치화 스캐폴드 AGP 파일 유무)

O

설명(영문): Are there also AGP files that assemble chromosomes, plasmids and/or unlocalized scaffolds?

설명(국문): 염색체, 플라스미드 및/또는 염색체 내 위치가 선정 되지 않은 스캐폴드를 조립하는 AGP 파일 존재 유무

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Yes
2	No

4

How to assemble using AGP

(AGP 이용 조립방법)

O

설명(영문): How are the chromosomes and/or plasmids assembled?

설명(국문): 염색체 및/또는 플라스미드 조립 방법

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Directly from contigs in 1 AGP file (with or without scaffold breaking gaps)
2	Via explicit scaffolds, in 2 AGP files
3	I have only unlocalized scaffolds

비고(영문): Applicable only when you answered “Yes” in the “Confirm AGP file for unlocalized scaffold” field

비고(국문): “Confirm AGP file for unlocalized scaffold” 항목의 값이 Yes인 경우에만 해당

5

Confirm annotation in AGP

(AGP 주석 유무)

O

설명(영문): Did you annotate the scaffolds or chromosomes that are assembled in the AGP files?

설명(국문): AGP 파일에 조립된 스캐폴드 또는 염색체에 주석 유무

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Yes
2	No, I don’t have these files OR I’ve already uploaded annotated gapped sequences in the first step

6

AGP file

(AGP 파일)

O

설명(영문): Upload AGP file

설명(국문): AGP 파일 업로드

7

FASTA file

(FASTA 파일)

M

설명(영문): Upload FASTA file

설명(국문): FASTA 파일 업로드

4.4	Metabolomics(대사체) 데이터

□ (작성자) KOBIC 작성 후 외부 전문가(기초과학지원연구원 황금숙, 경북대학교 류광현) 검수

□ 설명: 대사체(metabolomics) 실험 데이터

□ (양식 출처) EBI MetaboLights(https://www.ebi.ac.uk/metabolights/)의 양식을 기반으로 작성

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ (등록 구성) Metabolomics 데이터 세트의 등록은 다음 세 요소로 구성됨

ㅇ BioProject 정보: <2. BioProject 정보>의 양식에 따라 등록

ㅇ BioSample 정보: <3. BioSample 정보>의 양식에 따라 등록

ㅇ Metabolomics 데이터: 각 BioSample에 대한 실험에서 얻어진 metabolomics 데이터를 <4.4. Metabolomics 데이터>의 양식에 따라 등록

파트 1. Descriptors (설명자)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-4-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Keywords (키워드)	M	설명(영문): Terms that define your study, eg. technique, disease, targeted/untargeted metabolites 설명(국문): 연구를 정의할 수 있는 용어(기술, 질병, 표적/미표적 대사산물 등에 대한 용어) 예시: Cancer, Untargeted Metabolites, Nuclear Magnetic Resonance Spectrometer, 13C Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy, Targeted Metabolites, Isotopic Tracer, Metastasis, SNAI1 Gene
2	Factors (요인)	M	설명(영문): Description of study factors 설명(국문): 연구 요인에 대한 설명 예시: Diet, Time post exposure

파트 2. Sample details (샘플 상세정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

비고
□ <3. BioSample 정보>에서 입력한 기본적인 샘플 정보 외에, metabolomics 실험을 설명함에 필요한 상세한 샘플 레벨 정보를 입력하는 파트임

<표 4-4-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Variant (변이)	O	설명(영문): Variant of the species 설명(국문): 종의 변이 정보 예시: C57BL/6J
2	Organism part (부위)	O	설명(영문): Part of the organism 설명(국문): 생물체에서 샘플의 부위 예시: heart
3~	Additional characteristic (추가 특성)	M	설명(영문): Submitter-defined field to describe samples for metabolomics experiment 설명(국문): 대사체 실험을 위한 샘플을 설명하는데 추가적으로 항목이 필요할 때, 등록자가 정의하여 추가할 수 있는 항목 비고(영문): Can add any number of custom fields as needed 비고(국문): 필요시 몇 개라도 이 항목을 추가할 수 있음 예시: diet, medication, survival status, etc.

파트 3. Sample collection

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-4-3>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Sample collection protocol (샘플 수집 프로토콜)	M	설명(영문): Description of protocol for sample collection 설명(국문): 샘플 수집을 위한 프로토콜 설명 예시: 5-week-old male C57BL/6J mice were housed 2 per cage under a constant temperature of 18–24 °C and a relative humidity of 50–60%. After a 7-day adaptation period, the mice were randomly divided into normal diet (ND) (n = 38) and atherogenic diet (AD) (n = 36) groups. Based on the AIN-76 diet, the AD was modified by the addition of 1.25% (w/w) cholesterol and 0.5% cholate (w/w)[1]

파트 4. Extraction

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-4-4>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Extraction protocol (추출 프로토콜)	M	설명(영문): Description of protocol for extraction 설명(국문): 추출을 위한 프로토콜 설명 예시: To extract heart metabolites, 20 mg heart were transferred to each 1.5 ml microcentrifuge tube. 500 µl of 50% aqueous methanol (v/v) containing 0.1% formic acid and 0.05% trifluoroacetic acid were added and vigorously mixed for 30 s. Homogenization with 2.8 mm zirconium oxide beads was performed at 5000 rpm twice using a Precellys 24 tissue grinder (Bertin Technologies, France). 250 µl of chloroform was added to each sample tube and mixed for 30 s. After this, the sample solution was incubated at 4 °C for 10 min and centrifuged at 4 °C and 13,000 rpm for 10 min. The solution under pellet was transferred to a 1.5-ml Eppendorf tube for lipidomic analysis of heart. Lipid extract of heart tissues was evaporated under a stream of nitrogen, diluted with an isopropanol:acetonitrile:water mixture (2:1:1, v/v/v), and transferred into vials after centrifugation for 10 min at 13,000 x g and 4 °C.
2	Derivatization (유도체화)	O	설명(영문): Description of the derivatization method 설명(국문): 유도체화 방법에 대한 설명 예시: The dried metabolic extract was then oximated with 50 L of MOX (20 mg/mL) at 60◦C for 2 h. Following oximation,100 L of MSTFA with 1% TMCS was added and the mixture was incubated at 60◦C for 45 min to form trimethylsilyl (TMS) derivatives.
3	Post extraction (후 추출)	O	설명(영문): Description of the post extraction method 설명(국문): 후 추출 방법에 대한 설명 예시: Lipid extract of heart tissue s was evaporated under a stream of nitrogen, diluted with an isopropanol: acetonitrile: water mixture (2:1:1, v/v/v), and transferred into vials after centrifugation for 10 min at 13,000g and 4°C.
4	Internal standard (내부 표준)	O	설명(영문): Additional internal standards to confirm analytical reproducibility 설명(국문): 분석 재현성을 확인하기 위한 추가적인 내부 표준 예시: 500 ng/mL betaine-D11, cysteine-D2, methionine-D3 and S-adenosylmethionine (SAM-D3) as internal standards were used.

파트 5. Platform

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-4-5>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Technique type

(기술 유형)

M

설명(영문): Type of technique

설명(국문): 기술의 유형

가능한 값: 다음 중 선택(다중선택 가능*)

No	가능한 값
1	Mass spectrometry
2	Nuclear magnetic resonance

* 한 개의 프로젝트는 여러 종류의 실험들로 구성될 수 있음

2

Assay type

(어세이 유형)

M

설명(영문): Type of assay

설명(국문): 어세이 유형

가능한 값: Technique type 항목의 값에 따라 다음 중 선택(다중선택 가능*)

Technique type	Assay type
Mass spectrometry	LCMS
	GCMS
	CEMS
	Direct Injection
	MS Imaging
Nuclear magnetic resonance	NMR

* 한 개의 프로젝트는 여러 종류의 실험들로 구성될 수 있음

3

Assay definition

(어세이 정의)

M

설명(영문): Definition of assay

설명(국문): 어세이 정의

가능한 값: Assay type 항목의 값에 따라 다음 중 택일

Assay type	Assay definition
LCMS	LC
	Diode array detection (LC-DAD)
GCMS	GC
	Tandem (GC-GC)
	Flame ionization detector (GC-FID)
Direct Injection	Direct infusion (DI)
	Flow injection analysis (FIA)
	Matrix-assisted laser desorption-ionization (MALDI)
MS Imaging	MS Imaging
NMR	NMR

파트 6. Chromatography

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-4-6>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Chromatography protocol

(크로마토그래피 프로토콜)

M

설명(영문): Description of protocol for chromatography

설명(국문): 크로마토그래피를 위한 프로토콜 설명

예시: LC separations were carried out on an Acquity UPLC BEH C18 column (100 x 2.1 mm, particle size 1.7 µm, Waters, USA). Colum temperature and flow rate were set to 35 °C and 0.35 ml/min, respectively. The mobile phases used were 10 mM ammonium acetate in an acetonitrile:water mixture (40:60, v/v) (A) and acetonitrile:isopropanol mixture (10:90, v/v) (B). The linear gradients were as follows: 40–65% B for 5 min, 65-70% B for 7 min, 70-99% B for 3 min, 99% B for 2 min, 40% B for 3 min. The injection volume of the sample was 5 μl using partial loop mode for both positive and negative ionization polarity modes. Quality control (QC) samples, pooling identical aliquots of the samples, were measured regularly throughout the run for data reproducibility.

2

Chromatography instrument model

(크로마토그래피 장비 모델)

O

설명(영문): Specific model name of the analytical instruments

설명(국문): 분석 장비의 구체적 모델명

예시: Agilent 1290 Infinity LC (Agilent Technologies, USA)

3

Autosampler model

(오토샘플러 모델)

O

설명(영문): Specific model name of the autosampler

설명(국문): 오토샘플러의 구체적 모델명

예시: Waters WISP 710 autosampler

4

Column model

(컬럼 모델)

O

설명(영문): Column model

설명(국문): 컬럼 모델명

예시: Acquity UPLC BEH C18 column (100 x 2.1 mm, particle size 1.7 µm, Waters, USA)

5

Column type

(컬럼 유형)

O

설명(영문): The type of chromatography

설명(국문): 크로마토그래피의 유형

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	HILIC
2	Reverse Phase
3	Direct Infusion

비고: Assay type 항목이 LCMS일 경우에만 해당됨

6

Guard column

(가드 컬럼)

O

설명(영문): Guard column

설명(국문): 가드 컬럼

예시: C18 guard column (7.5 x 2.1 mm) (Alltech Associates Inc, Derfield, IL, USA)

7

Column temperature

(컬럼 온도)

O

설명(영문): Column temperature

설명(국문): 컬럼 온도

예시: 35

8

Column temperature unit

(컬럼 온도 단위)

O

설명(영문): Column temperature unit

설명(국문): 컬럼 온도 단위

예시: °C

9

Flow rate

(유량)

O

설명(영문): Chromatography flow rate (ml/min)

설명(국문): 크로마토그래피 유량 (ml/min)

예시: 0.35

10

Solvent for chromatography

(크로마토그래피 용매)

O

설명(영문): Mobile phase

설명(국문): 이동상

예시: The mobile phases used were 10 mM ammonium acetate in an acetonitrile:water mixture (40:60, v/v) (A) and acetonitrile:isopropanol mixture (10:90, v/v) (B).

11

Gradient

(경사)

O

설명(영문): Gradient elution. Steady changes of the mobile phase composition during the chromatographic run.

설명(국문): 경사 용리법. 크로마토그래피 실행 중 이동상 조성의 변화 값

예시: The linear gradients were as follows: 40–65% B for 5 min, 65-70% B for 7 min, 70-99% B for 3 min, 99% B for 2 min, 40% B for 3 min.

12

Injection

(주입)

O

설명(영문): Injection volume to chromatography and MS (μl)

설명(국문): 크로마토그래피 및 MS에 대한 주입량 (μl)

예시: 5

파트 7. Mass spectrometry

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-4-7>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Mass spectrometry protocol

(질량 분석 프로토콜)

M

설명(영문): Description of protocol for mass spectrometry

설명(국문): 질량 분석을 위한 프로토콜 설명

예시: To obtain MS spectral data, LC-ESI-MS/MS analyses of lipid extracts were performed on a triple TOF 5600 MS/MS System (AB Sciex, Canada) combined with a UPLC system (Waters, USA).

2

Scan polarity

(스캔 극성)

O

설명(영문): Scan polarity mode

설명(국문): 스캔 극성 모드

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Positive
2	Negative
3	Alternating

3

Scan M/Z range

(스캔 M/Z 범위)

O

설명(영문): Scan range (m/z)

설명(국문): 스캔 범위 (m/z)

예시: 50-1500

4

Mass spectrometry instrument model

(질량 분석 장비 모델)

O

설명(영문): Specific model name of the analytical instruments

설명(국문): 분석 장비의 구체적 모델명

예시: TOF 5600 MS/MS System (AB Sciex, Canada)

5

Ion Source

(이온원)

O

설명(영문): Name of ion source

설명(국문): 이온원의 명칭

예시: Agilent Jet Stream E SI source (Agilent Technologies, USA).

6

Mass analyzer

(질량 분석기)

O

설명(영문): Type of mass analyzer

설명(국문): 질량 분석기 유형

예시:

예시

TOF

Q-TOF

ion-trap

triple quadrupole

7

Capillary voltage

(모세관 전압)

O

설명(영문): Ionization capillary voltage

설명(국문): 이온화 모세관 전압

예시: 3.5

8

Capillary voltage unit

(모세관 전압 단위)

O

설명(영문): Ionization capillary voltage unit

설명(국문): 이온화 모세관 전압 단위

예시: kV

9

Capillary source temperature

(모세관 소스 온도)

O

설명(영문): Capillary source temperature

설명(국문): 모세관 소스 온도

예시: 350

10

Capillary source temperature unit

(모세관 소스 온도 단위)

O

설명(영문): Capillary source temperature unit

설명(국문): 모세관 소스 온도 단위

예시: °C

11

MS/MS data acquisition

(MS/MS 데이터 확보 방법)

O

설명(영문): MS/MS data acquisition method

설명(국문): MS/MS 데이터 확보 방법

예시: Data dependent/independent acquisition etc.

파트 8. NMR sample

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-4-8>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	NMR sample protocol (NMR 샘플 프로토콜)	M	설명(영문): Description of protocol for NMR sample preparation 설명(국문): NMR 샘플 준비를 위한 프로토콜 설명 예시: For serum samples, 90 μL of serum was mixed with 510 μL of saline solution (0.9% w/v sodium chloride in deuterium oxide)
2	NMR tube type (NMR 튜브 유형)	O	설명(영문): NMR tube type 설명(국문): NMR 튜브 유형 예시: 5-mm NMR tube
3	Solvent for NMR (NMR 용매)	O	설명(영문): Solvent for NMR sample 설명(국문): NMR 샘플 용 용매 예시: 0.154 M saline D2O
4	Sample pH (샘플 산성도)	O	설명(영문): Sample pH 설명(국문): 샘플 산성도 예시: pH 7
5	Temperature (온도)	O	설명(영문): Temperature during NMR spectrum acquisition 설명(국문): NMR 스펙트럼 획득 중 온도 예시: 298
6	Temperature unit (온도 단위)	O	설명(영문): Temperature unit during NMR spectrum acquisition 설명(국문): NMR 스펙트럼 획득 중 온도의 단위 예시: K

파트 9. NMR spectroscopy

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-4-9>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	NMR spectroscopy protocol (NMR 분광 프로토콜)	M	설명(영문): Description of protocol for NMR spectrometry 설명(국문): NMR 분광을 위한 프로토콜 설명 예시: 1D-NMR: One-dimensional 1H NMR spectra of serum were acquired at 298 K on a Bruker Avance III HD 800 MHz NMR spectrometer (Bruker BioSpin, Germany) with a Bruker 5 mm CPTCI Z-GRD probe. MAS-NMR: All HR-MAS 1H NMR spectra of heart sample were acquired on a Bruker Avance III 700 MHz NMR spectrometer (Bruker BioSpin, Germany) with a Bruker 4 mm TXI HR-MAS probe with z-gradients at 278 K and a spinning rate of 6 kHz.
2	NMR instrument model (NMR 장비 모델)	O	설명(영문): Specific model name of the analytical instruments 설명(국문): 분석 장비의 구체적 모델명 예시: Bruker Avance III HD 800 MHz NMR spectrometer (Bruker BioSpin, Germany)
3	NMR probe (NMR 프로브)	O	설명(영문): Name of NMR probe equipped NMR instrument 설명(국문): NMR 프로브가 장착된 NMR 장비명 예시: Bruker 5 mm CPTCI Z-GRD probe
4	Number of transients (Transient의 개수)	O	설명(영문): Number of scan transients during NMR spectrum acquisition 설명(국문): NMR 스펙트럼 획득 중 스캔 transient의 수 예시: 128
5	Pulse sequence name (펄스 시퀀스명)	O	설명(영문): Name of the pulse sequence 설명(국문): 펄스 시퀀스의 명칭 예시: The water-suppressed CPMG spin-echo pulse sequence (RD-90˚-[τ-180˚-τ]n-ACQ)
6	Magnetic field strength (자기장 강도)	O	설명(영문): Magnetic field strength of NMR instrument (MHz) 설명(국문): NMR 장비의 자기장 강도 (MHz) 예시: 800 MHz
7	Number of data points (데이터 포인트 수)	O	설명(영문): Number of data points during NMR spectrum acquisition (k) 설명(국문): NMR 스펙트럼 획득 중 데이터 포인트의 개수 (k) 예시: 64 k
8	Spectral width (스펙트럼 폭)	O	설명(영문): Acquisition spectral width (Hz) 설명(국문): 획득 스펙트럼 폭 (Hz) 예시: 16,025.641 Hz
9	Relaxation delay (이완지연)	O	설명(영문): Relaxation delay time (s) 설명(국문): 이완 지연 시간 (s) 예시: 4 s
10	Acquisition time (획득 시간)	O	설명(영문): Acquisition time (s) 설명(국문): 획득 시간 (s) 예시: 2.045 s

파트 10. NMR assay

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-4-10>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	NMR assay protocol (NMR 어세이 프로토콜)	M	설명(영문): Description of protocol for NMR assay 설명(국문): NMR 어세이를 위한 프로토콜 설명 예시: 1D-NMR: The water-suppressed CPMG spin-echo pulse sequence (RD-90˚-[τ-180˚-τ]n-ACQ) was used to attenuate broad signals from proteins and lipoproteins with total T2 filter time of 32 ms. For all spectra of each serum sample, 128 transients were acquired with 64k data points, a spectral width of 16,025.641 Hz, and the relaxation delay of 4 s, and acquisition time of 2.045 s. MAS-NMR: The water-suppressed CPMG spin-echo pulse sequence (RD-90˚-[τ-180˚-τ]n-ACQ) was used to attenuate broad signals from proteins and lipoproteins with total T2 filter time of 37.8 ms. For all spectra of each heart sample, 128 transients were acquired with 32k data points, a spectral width of 14,097.744 Hz, and the relaxation delay of 4 s, and acquisition time of 1.162 s.
2	Data processing and software (데이터 처리 및 소프트웨어)	O	설명(영문): Description of the data processing method and software 설명(국문): 데이터 처리 방법 및 소프트웨어에 대한 설명 예시: The spectral data were analyzed by MarkerView TM (AB Sciex, CanadaCanada), which was used to find peaks, perform the alignment, and generate peak tables of m/z and retention times (min).
3	Peak alignment (피크 정렬)	O	설명(영문): Peak alignment method 설명(국문): 피크 정렬 방법 예시: ASCII format files to perform the alignment using the correlation-optimized warping (COW) method found in MATLAB (R2008a; The Mathworks, Natick, MA).
4	Peak deconvolution (피크 deconvolution 방법)	O	설명(영문): Peak deconvolution method 설명(국문): 피크 deconvolution 방법 예시: Peak deconvolution was performed by AMDIS (automated mass spectral deconvolution and identification system, NIST).

파트 11. Data transformation

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-4-11>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Data transformation protocol (데이터 변환 프로토콜)	M	설명(영문): Description of protocol for data transformation 설명(국문): 데이터 변환을 위한 프로토콜 설명 예시: LC-MS/MS: The spectral data were analyzed by MarkerView (AB Sciex, Canada), which was used to find peaks, perform the alignment, and generate peak tables of m/z and retention times (min). Spectra were normalized to the median fold-change normalization. To identify reliable peaks and remove instrumental bias, peaks whose intensity in QC sample is lower than those in a blank sample were eliminated, and peaks with coefficients of variation below 20 in QC sample were selected. 1D-NMR and MAS-NMR: Free induction decays were weighted by an exponential function with a 0.3 Hz line-broadening factor prior to Fourier transformation. All acquired 1H NMR spectra were phase- and baseline-corrected using TopSpin 3.1 software (Bruker BioSpin, Germany) and Chenomx NMR Suite Version 7.1 (Chenomx, Canada).
2	Normalization (정규화)	O	설명(영문): Normalization method 설명(국문): 정규화 방법 예시: Spectra were normalized to the median fold-change normalization.

파트 12. Metabolite identification

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-4-12>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Metabolite identification protocol (대사물질 식별 프로토콜)	M	설명(영문): Description of protocol for metabolite identification 설명(국문): 대사물질 식별을 위한 프로토콜 설명 예시: Lipids were tentatively identified by comparing the experimental data against various databases, including the METLIN (metlin.scripps.edu), Human Metabolome (www.hmdb.ca), MassBank (www.massbank.jp), and Lipid Maps (www.lipidmaps.org) databases. Fragment patterns (MS/MS spectra) were also used to identify lipid metabolites.
2	Metabolite quantification (대사물질 정량화)	O	설명(영문): Description of the method to quantify metabolites in mass spectrum 설명(국문): 질량 스펙트럼에서 대사 물질을 정량화하는 방법에 대한 설명 예시: Quantification was performed in single reaction monitoring (SRM) mode and the optimized condition of each metabolite was performed using flow injection of individual standard compound solutions (100 ng/mL) into the mass
3	Calibration standard (보정 표준)	M	설명(영문): Description of standard used calibration curve preparation 설명(국문): 보정 커브 준비에 사용한 표준 설명 예시: Internal standard or external standard
4	Calibration (보정 방법)	O	설명(영문): Description of the method to quantify metabolites using calibration curve 설명(국문): 보정 커브를 사용하여 대사물질을 정량화하는데 사용한 방법 설명 예시: One-poind calibration, six-point calibration etc.

파트 13. Files (결과 파일)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ 다음과 같은 세 가지 레벨로 분류하여 업로드 되도록 해야 함

<표 4-4-13>

No	항목	도움말
1	Acquired raw data files (원시 데이터 파일)	파일 타입: wiff, fid, cnx, etc. 예시: Sample1_pos.wiff
2	Data processed peak table (각 peak에 대한 intensity data)	파일 타입: txt, csv, xlsx, xls, etc. 예시: - NMR: binning data (ppm, intensity) - MS: m/z, retention time
3	Concentration data (대사체 ID 및 대사체 농도에 대한 정량 값)	파일 타입: txt, csv, xlsx, xls, etc. 예시: µM, ng/ml, nmole/mg, nmole/10^6 cells, etc.

4.5	Proteomics(단백체) 데이터

□ (작성자) KOBIC 작성 후 외부 전문가(서울대학교 황대희, 기초과학지원연구원 김영혜) 검수

□ 설명: 단백체(proteomics) 실험 데이터

□ (양식 출처) EBI PRIDE(https://www.ebi.ac.uk/pride/)의 양식을 기반으로 작성

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ (등록 구성) Proteomics 데이터 세트의 등록은 다음 세 요소로 구성됨

ㅇ BioProject 정보: <2. BioProject 정보>의 양식에 따라 등록

ㅇ BioSample 정보: <3. BioSample 정보>의 양식에 따라 등록

ㅇ Proteomics 데이터: 각 BioSample에 대한 실험에서 얻어진 proteomics 데이터를 <4.5. Proteomics 데이터>의 양식에 따라 등록

파트 1. Descriptors (설명자)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-5-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Keywords (키워드)	M	설명(영문): Terms that define your study, eg. technique, disease 설명(국문): 연구를 정의할 수 있는 핵심어(기술, 질병 등에 대한 용어) 예시: Cancer, Metastasis, SNAI1 Gene
2	Period of Creation (데이터 생산 기간)	M	설명(영문): Creation period of proteomics data 설명(국문): 단백체 데이터 생산 기간 예시: 2020.1-2020.7
3	Submission Type (데이터 완성도)	M	설명(영문): The level of completeness of the data based on the level of processing(refer to EBI PRIDE) 설명(국문): 단백체 데이터 processing에 따른 완성도(EBI PRIDE 기준 참고) 가능한 값: Partial, Complete 중 택일

파트 2. Sample details (샘플 상세정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

비고
□ <3. BioSample 정보>에서 입력한 기본적인 샘플 정보 외에, proteomics 실험을 설명함에 필요한 상세한 샘플 레벨 정보를 입력하는 파트임

<표 4-5-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Subcellular (세포소기관)	M	설명(영문): Subcellular organelle from which samples were isolated 설명(국문): 분리된 샘플의 세포학적 분류 예시: Whole, Mitochondria, 등

파트 3. Experiment and dataset details (실험 및 데이터셋 상세정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 4-5-3>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Experiment type

(실험 유형)

M

설명(영문): Type of proteomics strategy

설명(국문): 단백질체학 전략의 유형

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	Top-down proteomics
2	Shotgun proteomics
3	Gel-based proteomics
4	Cross-linking (CX-MS)
5	Affinity purification (AP-MS)
6	SRM
7	MRM
8	PRM
9	SWATH MS (Data-independent acquisition)
10	MSE (Data-independent acquisition)
11	HDMSE (Data-independent acquisition)
12	PAcIFIC (Data-independent acquisition)
13	All-ion fragmentation (Data-independent acquisition)
14	RNA mass spectrometry
15	MS imaging
16	Other

2

Sample processing protocol

(샘플 처리 프로토콜)

M

설명(영문): A short description on the sample preparation steps, separation, enrichment strategies and mass spectrometry protocols included

설명(국문): 샘플 준비 단계, 분리, 농축 전략 및 질량 분석 프로토콜에 대한 간략한 설명

예시: Analytical Sample Protocol - Alkylation: Chloroacetamide, Fractionation: hSAX, Fractions: 24, Proteolysis: Trypsin, Starting Amount: 300 ug; Chromatography Protocol - Column Length: 40 cm, Column Type: C18, Gradient Length: 110 min, Injected: 5 uL, Inside Diameter: 75 um, Particle Size: 5 um; Mass Spectrometry Protocol - Dissociation: HCD, Instrument: Thermo LTQ Orbitrap Velos, MS1 Resolution: 30000, Precursors: Top 10.

3

Data processing protocol

(데이터 처리 프로토콜)

M

설명(영문): A couple of sentences on the bioinformatics pipeline used, main search parameters, quantitative analysis, software tools and versions included. Think something similar in scope to the Data Analysis section of your manuscript

설명(국문): 사용 된 생물정보학 파이프라인에 대한 몇 가지 문장, 주요 검색 매개 변수, 정량 분석, 소프트웨어 도구 및 버전 포함 작성. 원고의 데이터 분석 섹션과 유사한 범위로 기술

예시: Post processing was performed with PEAKS studio (Version X+, Bioinformatics Solutions Inc., Waterloo, ON). Pathway analyses were performed with the DAVID software and Ingenuity Pathway Analysis. Graphs and statistical analyses were prepared with GraphPad Prism 8.0 (GraphPad Software, Inc, La Jolla, CA), GENE E (Broad Institute, Cambridge, MA, USA), and MetaboAnalyst 4.0.28

4

Acquisition Protocol

(획득 프로토콜)

O

설명(영문): Description about acquisition protocol

설명(국문): 획득 프로토콜에 대한 설명

예시: The 24 fraction global peptide samples, the 12 fractions phosphopeptide samples and the 12 fractions N-glycopeptide samples from each tissue pair (tumor or adjacent normal tissue) were analyzed using a Q Exactive Orbitrap mass spectrometer (MS) coupled with a modified nanoACQUITY UPLC (Waters). ...(후략)

5

Digestion Protocol

(소화 프로토콜)

O

설명(영문): Description about digestion protocol

설명(국문): 소화 프로토콜에 대한 설명

예시: Ca. 3.5 mg proteins of each tissue was divided into seven 500 μg portions, and each portion was digested separately using a filter aided sample preparation (FASP) method (Wisniewski et al., 2009). Briefly, 500 μg proteins was reduced with SDT buffer (4% SDS in 0.1M Tris-HCl pH 7.6 and 0.1 M DTT) at 37°C for 45 min with shaking at 300 rpm and boiled for 10 min at 95°C on a thermomixer (Thermomixer comfort, Eppendorf).  ...(후략)

6

Extraction Protocol

(추출 프로토콜)

O

설명(영문): Description about extraction protocol

설명(국문): 추출 프로토콜에 대한 설명

예시: After tissues were carefully washed in PBS buffer on ice to remove blood, all pairs of tumor and adjacent normal tissues were individually cryopulverized using a Cryoprep device (CP02, Covaris). Briefly, each tissue piece (50-200 mg in wet tissue weight) was placed in a cryovial (Covaris, 430487) on dry ice, subsequently transferred to a Covaris tissue bag (TT1, Covaris), and pulverized by using different impact levels depending on the total weight of the tissue (<50 mg: impact level 2; 50-250 mg: level 3) after placing in the tissue bag into liquid nitrogen for 30 s. ...(후략)

7

Growth Protocol

(성장 프로토콜)

O

설명(영문): Description about growth protocol

설명(국문): 성장 프로토콜에 대한 설명

예시: CSF was collected from patients suffering from Type 3 Gaucher and healthy individuals. Proteins were reduced by incubation with 5 mM dithiothreitol (Sigma-Aldrich) for 30 min at 60°C followed by alkylation with 10 mM iodoacetamide (Sigma-Aldrich) in the dark for 30 min at 21°C. ...(후략)

8

Separation Protocol

(분리 프로토콜)

O

설명(영문): Description about separation protocol

설명(국문): 분리 프로토콜에 대한 설명

예시: The pooled iTRAQ-labeled peptide sample was fractionated using Agilent 1260 Infinity HPLC system (Agilent, Palo Alto, CA), based on the fractionation method of basic pH reverse-phase liquid chromatography (Wang et al., 2011b). The Xbridge C18 analytical column (4.6 mm x 250 mm, 130 Å, 5 μm) and a guard column (4.6 mm x 20 mm, 130 Å, 5 μm) were used for the peptide separation. ...(후략)

9

Treatment Protocol

(처리 프로토콜)

O

설명(영문): Description about treatment protocol

설명(국문): 처리 프로토콜에 대한 설명

예시: Peptides from tumor and adjacent normal tissues of an EOGC patient were labeled with 4-plex iTRAQ reagent (AB Sciex) according to the manufacturer’s instructions. For each of the first 50 patients (#1-#50), two independent biological replicates of peptide samples from the pair of tumor and adjacent normal tissues were merged into one peptide pool (i.e., 800 μg/replicate), respectively, and each of two 800 μg samples of normal and tumor peptides was labeled with 114/116 and 115/117 iTRAQ reagents, respectively. ...(후략)

10

Search parameters

(검색 설정값)

M

설명(영문): List of search parameters used for the database search during the peptide/protein identification, such as fixed modification, variable modification, and mass tolerance

설명(국문): 고정 변형, 가변 변형 및 질량 내성과 같은 펩티드 / 단백질 식별 중 데이터베이스 검색에 사용되는 검색 매개 변수 목록

예시: We set the digestion mode to fully tryptic, allowing for cleavage before proline (Trypsin/P) and a maximum of two missed cleavages. Carbamidomethylation of cysteines was set as a fixed modification and oxidation of methionines, as well as acetylation of protein N-termini were set as variable modifications, allowing for a maximum number of 5 modifications per peptide. Candidate peptides were required to have a length of at least 7 amino acids, with a maximum peptide mass of 4,600 Da. ..(후략)

11

LC operation method

(LC 운용 방법)

O

설명(영문): Describe LC operation parameters(LC column, Gradient condition, Solvent, flow rate, etc.)

설명(국문): LC 운용 파라미터에 관한 설명(LC 컬럼, Gradient 조건, 용매, 유속, etc.)

12

MS operation method

(MS 운용 방법)

O

설명(영문): Describe MS operation parameters

설명(국문): MS 운용 파타미터에 관한 설명

예시: The mass spectrometer was operated in data-dependent mode for both the MS2 and MS3 methods. For both methods we collected a survey scan of 300–1 500 m/z in the Orbitrap at a resolution of 60000 (FTMS1) and an AGC target of 1 × 106. During the MS2 analyses, precursors were fragmented by high-energy collision induced dissociation (HCD) followed by Orbitrap analysis (FTMS2). (후략)

13

UniProt DB

(UniProt 데이터베이스)

O

설명(영문): Uniprot DB version used for protein identification

설명(국문): 단백질 동정에 사용한 Uniprot DB version

예시: 2020.10.01

14

Experimental factor

(실험 요인)

O

설명(영문): Fill in your experimental factor (recommended)

설명(국문): 실험 요인 입력 (권장)

예시: Drug A at 10 mM, Technical replicate 2l

15

Instrument

(장비)

M

설명(영문): Name of instrument

설명(국문): 장비명

가능한 값: <Instrument list>의 기기 중 택일

16

Quantification method

(정량화 방법)

O

설명(영문): Method of quantification

설명(국문): 정량화 방법

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	18O
2	AQUA
3	ICAT
4	ICPL
5	SILAC
6	TMT
7	iTRAQ
8	TIC
9	emPAI
10	Peptide counting
11	Spectrum counting
12	Protein Abundance Index (PAI)
13	Spectrum count/molecular weight
14	Spectral Abundance Factor (SAF)
15	Normalized Spectral Abundance Factor (NSAF)
16	Absolute Protein Expression (APEX)
17	Dimethyl Labeling (DML)
18	Other quantification methods

17

Modification

(변형)

M

설명(영문): Protein modification used in your experiment

설명(국문): 실험에 사용된 단백질 변형

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	No PTMs
2	13C(6) Silac label
3	Acetylation
4	ADP-ribosylation
5	Amidation
6	Biotylation
7	Carbamidomethyl
8	Carbamylation
9	Carboxylation
10	Carboxymethyl
11	Cation:Na
12	Deamidation
13	Deamination
14	Dehydratation
15	Dioxidation
16	Farnesylation
17	Flavin adenine dinucleotide
18	Formylation
19	Geranyl-geranyl
20	Guanidination
21	Homoserine
22	Homoserine lactone
23	ICAT-C
24	ICAT-C:13C(9)
25	ICAT-D
26	ICAT-D:2H(8)
27	iTRAQ4plex
28	iTRAQ8plex
29	Label:18O(2)
30	Lipoyl
31	Methylthio
32	Monomethylation
33	Myristoylation
34	NIPCAM(C)
35	Oxidation
36	Palmitoylation
37	Phosphopantetheine
38	Phosphorylation
39	Propionamide(C)
40	Pyridoxal phosphate
41	Pyridylethyl
42	Pyro-carbamidomethyl
43	SMA
44	Sulfo
45	Other modifications

18

Instrument

(장비)

M

설명(영문): Name of instrument

설명(국문): 장비명

가능한 값: Instrument list의 기기 중 택일

19

Enzyme

(효소)

M

설명(영문): Enzyme used during the experiment for protein digestion and protein inhibitors during sample preparation

설명(국문): 시료 준비 중 단백질 분해 및 단백질 억제제 실험에 사용되는 효소

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	no enzyme
2	alphaLP
3	Arg-C
4	Arg-N
5	Chymotrypsin
6	glutamyl endopeptidase
7	Lys-C
8	Lys-N
9	Trypsin
10	others

20

LC system

(LC 시스템)

M

설명(영문): Name of LC system

설명(국문): LC 시스템명

예시: Nanoacquity uplc

21

PTM

(단백질 번역 후 변형)

M

설명(영문): Post-translational modifications enriched during sample preparation

설명(국문): 샘플 준비 과정에서 강화된 단백질 번역 후 변형

예시: Phosphoproteome

22

Sample fraction

(샘플 분획)

M

설명(영문): Number of fractions analyzed (an integer)

설명(국문): 분석된 분획의 개수 (정수)

예시: 12

23

Fractionation

(분획)

M

설명(영문): Process for sample fractionation

설명(국문): 시료 분획 과정

가능한 값: 다음 중 택일

Fractionation	Subcellular	X O (기입 예: Membrane)
	Protein	X O (기입 예: SDS-PAGE)
	Peptide	X O (기입 예: SCX)
Enrichment	Protein	X O (기입 예: IP)
	Peptide	X O (예: Phosphopeptide)

24

plex

(플렉스)

M

설명(영문): Number of samples per run (an integer)

설명(국문): 실행 당 샘플 수 (정수)

비고:

- applicable only if quantification method is an isobaric labeling (for AQUA, ICAT, ICPL, SILAC, TMT, iTRAQ)

- Not applicable for other quantification method

□ Instrument list

1	AB SCIEX QSTAR XL
2	AB SCIEX QSTAR Pulsar
3	AB SCIEX 4700 Proteomics Analyzer
4	AB SCIEX 4800 Plus MALDI TOF/TOF Analyzer
5	AB SCIEX 4800 Proteomics Analyzer
6	AB SCIEX 6410 Triple Quadrupole LC/MS
7	AB SCIEX QTRAP
8	AB SCIEX QSTAR
9	AB SCIEX TOF/TOF 5800
10	AB SCIEX TripleTOF 5600
11	AB SCIEX TripleTOF 5600+
12	AB SCIEX TripleTOF 6600
13	AB SCIEX Voyager-DE PRO
14	AB SCIEX Voyager-DE STR
15	Agilent 6220 Time-of-Flight LC/MS
16	Agilent 6330 Ion Trap LC/MS
17	Agilent 6340 Ion Trap LC/MS
18	Agilent 6410 Triple Quadrupole LC/MS
19	Agilent 6520 Quadrupole Time-of-Flight LC/MS
20	Agilent 6538 Q-TOF LC/MS
21	Agilent 6540 Q-TOF LC/MS
22	Agilent 6550 iFunnel Q-TOF LC/MS
23	Bruker amaZon Speed ETD
24	Bruker Apex ultra
25	Bruker Daltonics AutoFlex
26	Bruker Autoflex MALDI
27	Bruker Daltonics maXis 4G
28	Bruker Daltonics UltraFlex
29	Bruker HCTultra
20	Bruker Impact II
21	Bruker Impact HD
22	Bruker micrOTOF II
23	Bruker solariX
24	Bruker timsTOF Pro
25	Bruker ultrafleXtreme
26	Thermo Scientific Q Exactive HF
27	Thermo Finnigan LCQ Classic
28	Thermo Finnigan LTQ
29	Thermo Finnigan LTQ FT
20	Thermo Finnigan LTQ Orbitrap
21	Thermo Finnigan LTQ Orbitrap Velos
22	Thermo Scientific LCQ Classic
23	Thermo Scientific Deca XP Plus
24	Thermo Scientific LTQ
25	Thermo Scientific LTQ FT
26	Thermo Scientific LTQ Ultra
27	Thermo Scientific LTQ Orbitrap Elite
28	Thermo Scientific LTQ Orbitrap Velos
29	Thermo Scientific LTQ XL ETD
30	Thermo Scientific Orbitrap Fusion
31	Thermo Scientific Orbitrap Fusion Lumos
32	Thermo Scientific Q Exactive
33	Thermo Scientific Q Exactive Plus
34	Thermo Scientific Q Exactive HF-X
35	Thermo Scientific TSQ Vantage
36	Thermo Scientific TSQ Quantiva
37	Waters MALDI Synapt
38	Waters Q-Tof Ultima
39	Waters Q-Tof Premier
40	Waters Synapt
41	Waters Synapt G2 HDMS
42	Waters Synapt G2-Si HDMS
43	Waters Xevo G2 Q-Tof
44	Waters Xevo G2-S Q-Tof
45	Other instrument

: “Instrument” 항목에 입력 가능한 값의 목록

파트 4. Files (결과 파일)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ 다음과 같은 파일을 업로드 할 수 있음

<표 4-5-4>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Raw

(원시데이터)

M

설명(영문): The MS instrument output files (e.g., RAW files from Thermo MS). As an alternative, the files converted to standard data formats (mzML, mzXML, and mzData) are also acceptable if the files include MS1-level spectra information.

설명(국문): MS 기기의 출력 파일 (예 : Thermo MS의 RAW 파일). 또는 표준 데이터 형식 (mzML, mzXML 및 mzData)으로 변환 된 파일도 파일에 MS1 수준 스펙트럼 정보가 포함 된 경우 허용

파일 포맷 예시

.raw

.mzML

.mzXML

.mzData

Others

2

Peak list

(피크 목록)

M

설명(영문): Peak list files (e.g., mgf files) that were used for the original search and are referenced in the mzIdentML file.

설명(국문): 원래 검색에 사용되었으며 mzIdentML 파일에서 참조되는 피크 목록 파일 (예 : mgf 파일).

파일 포맷 예시

.mgf

Others

3

Search list

(검색 목록)

M

설명(영문): The original output from your search engine or your analysis pipeline used by you for further post-processing, such as mzIdentML files, Mascot .dat files, Trans Proteomics Pipeline (TPP) pep.xml and/or prot.xml files among many others.

설명(국문): mzIdentML 파일, Mascot .dat 파일, Trans Proteomics Pipeline (TPP) pep.xml 및/또는 prot.xml 파일과 같이 추가 후 처리를 위해 사용하는 검색 엔진 또는 분석 파이프라인의 원본 출력 파일.

파일 포맷 예시

.mzid

.dat

.pep.xml

.prot.xml

Others

4

Quantification

(정량화)

O

설명(영문): In many cases current mass spectrometry proteomics studies do involve a quantitative analysis on the peptides/proteins present in the samples. Quantification related files reporting on peptide/protein quantitative values/ratios can be provided

설명(국문): 많은 경우에 현재의 질량 분석 단백질체학 연구는 샘플에 존재하는 펩타이드/단백질에 대한 정량적 분석을 포함. 펩티드/단백질 정량 값/비율에 대한 정량화 관련 파일 제공 가능

파일 포맷 예시

.txt

.mzTab

Others

5

FASTA

M

설명(영문): Protein sequence database used for the database search in the FASTA format. If customized databases constructed from mRNA-seq data were used, they should be uploaded in the FASTA format.

설명(국문): FASTA 형식의 데이터베이스 검색에 사용되는 단백질 서열 데이터베이스. mRNA-seq 데이터로 구성된 맞춤형 데이터베이스를 사용한 경우 FASTA 형식으로만 업로드 가능

파일 포맷: .fasta

비고: Enter protein sequence database version (e.g., uniprot human v25.11.2015) instead if the database is publically available.

6

Spectrum library

(스펙트럼 라이브러리)

O

설명(영문): Spectrum library used if the spectral library search was done for peptide identification

설명(국문): 펩타이드 식별을 위해 스펙트럼 라이브러리 검색이 수행 된 경우 사용되는 스펙트럼 라이브러리

파일 포맷 예시

.mgf

.msp

Others

7

Gel image

(겔 이미지)

O

설명(영문): Gel image files if proteins on the gel were identified after gel electrophoresis.

설명(국문): 겔 전기영동 후 겔 상의 단백질이 확인 된 경우의 겔 이미지 파일.

파일 포맷 예시

*.tif

*.png

*.jpeg

Others

8

Other

(이 외의 것)

O

설명(영문): Everything else that did not fit into above categories. For instance, protein inference files generated by post-processing of the search engine results or R scripts used for data analysis.

설명(국문): 위의 카테고리에 맞지 않는 다른 모든 것. 예를 들어, 검색 엔진 결과의 후 처리 또는 데이터 분석에 사용되는 R 스크립트를 통해 생성 된 단백질 추론 파일

Part IV. 레드 바이오 분야

5	뇌과학 연구 분야

5.1	뇌 영상 데이터(매크로 이미징)

5.1.1	뇌 MRI/fMRI 데이터

□ (작성자) 성균관대학교 우충완

□ (설명) 본 등록양식은 뇌과학 연구를 위하여 모인 MRI 및 fMRI 영상 데이터를 등록 시 사용되며,  Brain Imaging Data Structure(BIDS)를 기반으로 만들어짐.

□ 작성에 참고한 자료

ㅇBIDS: https://bids-specification.readthedocs.io/en/stable/04-modality-specific-files/01-magnetic-resonance-imaging-data.html

ㅇDICOM: https://www.dicomstandard.org/

ㅇfMRI: https://thewinnower.com/papers/977-a-checklist-for-fmri-acquisition-methods-reporting-in-the-literature

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. Sample details for macro imaging (매크로 이미징용 샘플 상세정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-1-1-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Organism (생물종)	M	Text	설명(국문): 실험에 사용된 생물의 학명 예시: Homo sapiens
2	Brain region (뇌 영역)	M	Text	설명(국문): 기록된 뇌 영역 예시: whole brain, visual cortex
3	PatientID (환자 ID)	O		설명(영문): ID of the patient 설명(국문): 환자의 ID
4	PatientSex (환자 성별)	O		설명(영문): Sex of the patient 설명(국문): 환자의 성별
5	PatientAge (환자 나이)	O		설명(영문): Age of the patient 설명(국문): 환자의 나이
6	PatientSize (환자 사이즈)	O		설명(영문): Size of the patient 설명(국문): 환자의 크기
7	PatientWeight (환자 몸무게)	O		설명(영문): Weight of the patient 설명(국문): 환자의 몸무게
8	Disease Type (질환명)	O		설명(영문): Disease name 설명(국문): 질병의 이름

파트 2. 뇌 MRI/fMRI 실험정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-1-1-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Exp_title (실험제목)	M	Text	설명(국문): 실험성격이 잘 드러나는 짧은 제목
2	Exp_date (실험날짜)	M	Date	설명(국문): 실험이 수행된 날짜 예시: 2020.02.23
3	Exp_place (실험장소)	M	Text	설명(국문): 실험이 수행된 장소
4	Data type (뇌영상 데이터타입)	M	Index	설명(국문): 기록한 데이터 타입 예시: MRI, fMRI, PET, EEG, iEEG, MEG
5	Manufacturer (제조사)	M	Text	설명(영문): Manufacturer DICOM Tag 0008, 0070 Manufacturer 설명(국문): MRI/fMRI 기기 제조사
6	ManufacturersModelName (실험장치모델명)	M	Text	설명(영문): Manufacturers Model Name DICOM Tag 0008, 1090 Manufacturers Model Name 설명(국문): MRI/fMRI 기기 모델명
7	DeviceSerialNumber (실험장치시리얼넘버)	M	Num	설명(영문): The serial number of the equipment DICOM Tag 0018, 1000 DeviceSerialNumber A pseudonym can also be used to prevent the equipment from being identifiable, so long as each pseudonym is unique within the dataset
8	StationName (설치장소확인번호)	M	Num	설명(영문): Institution defined name of the machine that produced the composite instances. DICOM Tag 0008, 1010 Station Name
9	SoftwareVersions (실험소프트웨어버전)	M	Text	설명(영문): Manufacturer’s designation of software version of the equipment DICOM Tag 0018, 1020 Software Versions 설명(국문): 소프트웨어 버전
10	Dataset type (데이터셋의 성격)	O	Index	raw derivatives
11	BIDSVersion (BIDS 버전)	O	Text	설명(영문): The version of the BIDS standard that was used 설명(국문): 사용된 BIDS 표준의 버전
12	MagneticFieldStrength (자성강도)	M	Num	설명(영문): Nominal field strength of MR magnet in Tesla DICOM Tag 0018,0087 Magnetic Field Strength
13	ReceiveCoilName (코일명)	M	Text	설명(영문): Information describing the receiver coil. DICOM Tag 0018, 1250 Receive Coil Name Although not all vendors populate that DICOM Tag, in which case this field can be derived from an appropriate private DICOM field
14	ReceiveCoilActiveElements	M	Text	설명(영문): Information describing the active/selected elements of the receiver coil. This doesn’t correspond to a tag in the DICOM ontology. The vendor-defined terminology for active coil elements can go in this field. As an example, for Siemens, coil channels are typically not activated/selected individually, but rather in pre-defined selectable "groups" of individual channels, and the list of the "groups" of elements that are active/selected in any given scan populates the Coil String entry in Siemens’ private DICOM fields (e.g., HEA;HEP for the Siemens standard 32 ch coil when both the anterior and posterior groups are activated). This is a flexible field that can be used as most appropriate for a given vendor and coil to define the "active" coil elements. Since individual scans can sometimes not have the intended coil elements selected, it is preferable for this field to be populated directly from the DICOM for each individual scan, so that it can be used as a mechanism for checking that a given scan was collected with the intended coil elements selected
15	GradientSetType	M	Text	설명(영문): It should be possible to infer the gradient coil from the scanner model. If not, e.g. because of a custom upgrade or use of a gradient insert set, then the specifications of the actual gradient coil should be reported independently
16	MRTransmitCoilSequence	M	Text	설명(영문): Relevant field if a non-standard transmit coil is used. DICOM Tag 0018, 9049 MR Transmit Coil Sequence
17	MatrixCoilMode	O	Text	설명(영문): (If used) A method for reducing the number of independent channels by combining in analog the signals from multiple coil elements. There are typically different default modes when using un-accelerated or accelerated (e.g. GRAPPA, SENSE) imaging
18	CoilCombinationMethod	O	Text	설명(영문): Almost all fMRI studies using phased-array coils use root-sum-of-squares (rSOS) combination, but other methods exist. The image reconstruction is changed by the coil combination method (as for the matrix coil mode above), so anything non-standard should be reported
19	PulseSequenceType	M	Text	설명(영문): A general description of the pulse sequence used for the scan 설명(국문): 스캔에 사용된 펄스 시퀀스의 일반적 설명 예시: MPRAGE, Gradient Echo EPI, Spin Echo EPI, Multiband gradient echo EPI
20	ScanningSequence	M	Text	설명(영문): Description of the type of data acquired. DICOM Tag 0018, 0020 Scanning Sequence.
21	SequenceVariant	M	Text	설명(영문): Variant of the Scanning Sequence. DICOM Tag 0018, 0021 Sequence Variant.
22	ScanOptions	M	Text	설명(영문): Parameters of Scanning Sequence. DICOM Tag 0018, 0022 Scan Options.
23	SequenceName	M	Text	설명(영문): Manufacturer’s designation of the sequence name. DICOM Tag 0018, 0024 Sequence Name.
24	PulseSequenceDetails	O	Text	설명(영문): Information beyond pulse sequence type that identifies the specific pulse sequence used (i.e. "Standard Siemens Sequence distributed with the VB17 software," "Siemens WIP ### version #.##," or "Sequence written by X using a version compiled on MM/DD/YYYY").
25	NonlinearGradientCorrection	O	Boolean	설명(영문): Boolean stating if the image saved has been corrected for gradient nonlinearities by the scanner sequence. 설명(국문): 저장된 이미지가 스캐너 시퀀스에 의해 gradient nonlinearity에 대해 보정되었는지의 여부
26	NumberShots	M	Num	설명(영문): The number of RF excitations need to reconstruct a slice or volume. Please mind that this is not the same as Echo Train Length which denotes the number of lines of k-space collected after an excitation.
27	ParallelReductionFactorInPlane	M	Text	설명(영문): The parallel imaging (e.g, GRAPPA) factor. Use the denominator of the fraction of k-space encoded for each slice. For example, 2 means half of k-space is encoded. DICOM Tag 0018, 9069 Parallel Reduction Factor In-plane.
28	ParallelAcquisitionTechnique	M	Text	설명(영문): The type of parallel imaging used (e.g. GRAPPA, SENSE) DICOM Tag 0018, 9078 Parallel Acquisition Technique.
29	PartialFourier	M	Text	설명(영문): The fraction of partial Fourier information collected. DICOM Tag 0018, 9081 Partial Fourier.
30	PartialFourierDirection	M	Text	설명(영문): The direction where only partial Fourier information was collected. DICOM Tag 0018, 9036 Partial Fourier Direction.
31	PhaseEncodingDirection	M	Text	설명(영문): Possible values: i, j, k, i-, j-, k-. The letters i, j, k correspond to the first, second and third axis of the data in the NIFTI file. The polarity of the phase encoding is assumed to go from zero index to maximum index unless - sign is present (then the order is reversed - starting from the highest index instead of zero). PhaseEncodingDirection is defined as the direction along which phase is was modulated which may result in visible distortions. Note that this is not the same as the DICOM term InPlanePhaseEncodingDirection which can have ROW or COL values. This parameter is REQUIRED if corresponding fieldmap data is present or when using multiple runs with different phase encoding directions (which can be later used for field inhomogeneity correction).
32	EffectiveEchoSpacing	M	Num	설명(영문): The "effective" sampling interval, specified in seconds, between lines in the phase-encoding direction, defined based on the size of the reconstructed image in the phase direction. It is frequently, but incorrectly, referred to as "dwell time" (see DwellTime parameter below for actual dwell time). It is required for unwarping distortions using field maps. Note that beyond just in-plane acceleration, a variety of other manipulations to the phase encoding need to be accounted for properly, including partial fourier, phase oversampling, phase resolution, phase field-of-view and interpolation. This parameter is REQUIRED if corresponding fieldmap data is present.
33	TotalReadoutTime	M	Num	설명(영문): This is actually the "effective" total readout time , defined as the readout duration, specified in seconds, that would have generated data with the given level of distortion. It is NOT the actual, physical duration of the readout train. If EffectiveEchoSpacing has been properly computed, it is just EffectiveEchoSpacing * (ReconMatrixPE - 1). This parameter is REQUIRED if corresponding "field/distortion" maps acquired with opposing phase encoding directions are present.
34	EchoTime	M	Num	설명(영문): The echo time (TE) for the acquisition, specified in seconds. This parameter is REQUIRED if corresponding fieldmap data is present or the data comes from a multi echo sequence. DICOM Tag 0018, 0081 Echo Time (please note that the DICOM term is in milliseconds not seconds).
35	InversionTime	M	Num	설명(영문): The inversion time (TI) for the acquisition, specified in seconds. Inversion time is the time after the middle of inverting RF pulse to middle of excitation pulse to detect the amount of longitudinal magnetization. DICOM Tag 0018, 0082 Inversion Time (please note that the DICOM term is in milliseconds not seconds).
36	SliceTiming	O	Num	설명(영문): The time at which each slice was acquired within each volume (frame) of the acquisition. Slice timing is not slice order -- rather, it is a list of times (in JSON format) containing the time (in seconds) of each slice acquisition in relation to the beginning of volume acquisition. The list goes through the slices along the slice axis in the slice encoding dimension (see below). Note that to ensure the proper interpretation of the SliceTiming field, it is important to check if the OPTIONAL SliceEncodingDirection exists. In particular, if SliceEncodingDirection is negative, the entries in SliceTiming are defined in reverse order with respect to the slice axis (i.e., the final entry in the SliceTiming list is the time of acquisition of slice 0). This parameter is REQUIRED for sparse sequences that do not have the DelayTime field set. In addition without this parameter slice time correction will not be possible.
37	SliceEncodingDirection	M	Text	설명(영문): Possible values: i, j, k, i-, j-, k- (the axis of the NIfTI data along which slices were acquired, and the direction in which SliceTiming is defined with respect to). i, j, k identifiers correspond to the first, second and third axis of the data in the NIfTI file. A - sign indicates that the contents of SliceTiming are defined in reverse order - that is, the first entry corresponds to the slice with the largest index, and the final entry corresponds to slice index zero. When present, the axis defined by SliceEncodingDirection needs to be consistent with the ‘slice_dim’ field in the NIfTI header. When absent, the entries in SliceTiming must be in the order of increasing slice index as defined by the NIfTI header.
38	DwellTime	M	Text	설명(영문): Actual dwell time (in seconds) of the receiver per point in the readout direction, including any oversampling. For Siemens, this corresponds to DICOM field (0019,1018) (in ns). This value is necessary for the optional readout distortion correction of anatomicals in the HCP Pipelines. It also usefully provides a handle on the readout bandwidth, which isn’t captured in the other metadata tags. Not to be confused with EffectiveEchoSpacing, and the frequent mislabeling of echo spacing (which is spacing in the phase encoding direction) as "dwell time" (which is spacing in the readout direction).
39	FlipAngle	M	Text	설명(영문): Flip angle for the acquisition, specified in degrees. DICOM Tag 0018, 1314 Flip Angle.
40	MultibandAccelerationFactor	M	Num	설명(영문): The multiband factor, for multiband acquisitions.
41	AnatomicalLandmarkCoordinates	M	Num	설명(영문): valuepairs of any number of additional anatomical landmarks and their coordinates in voxel units (where first voxel has index 0,0,0) relative to the associated anatomical MRI.
42	RepetitionTime	M	Num	설명(영문): The time in seconds between the beginning of an acquisition of one volume and the beginning of acquisition of the volume following it (TR). Please note that this definition includes time between scans (when no data has been acquired) in case of sparse acquisition schemes. This value needs to be consistent with the pixdim[4] field (after accounting for units stored in xyzt_units field) in the NIfTI header. This field is mutually exclusive with VolumeTiming and is derived from DICOM Tag 0018, 0080 and converted to seconds.
43	VolumeTiming	O	Num	설명(영문): The time at which each volume was acquired during the acquisition. It is described using a list of times (in JSON format) referring to the onset of each volume in the BOLD series. The list must have the same length as the BOLD series, and the values must be non-negative and monotonically increasing. This field is mutually exclusive with RepetitionTime and DelayTime. If defined, this requires acquisition time (TA) be defined via either SliceTiming or AcquisitionDuration be defined.
44	TaskName	O	Num	설명(영문): Name of the task. No two tasks should have the same name. The task label included in the file name is derived from this TaskName field by removing all non-alphanumeric ([a-zA-Z0-9]) characters. For example TaskName faces n-back will correspond to task label facesnback. A RECOMMENDED convention is to name resting state task using labels beginning with rest. 설명(국문): 연구대상자가 수행하는 과제의 이름. 각 과제의 이름은 서로 달라야 함. 파일명에 포함된 과제 라벨은 이 TaskName 항목의 값에서 모든 비 alphanumeric 문자를 제거하여 얻어짐. 예를 들면 “faces n-back”이라는 TaskName에 해당하는 과제 label은 “facesnback”임. resting state 과제는 rest로 시작하는 라벨을 사용하여 이름짓는 것을 추천함.

5.1.2	뇌 PET 데이터

□ (작성자) 한국뇌연구원 김기범

□ 설명: PET으로 촬영한 뇌영상 데이터

□ 작성에 참고한 자료

ㅇPET: https://bids-specification.readthedocs.io/en/bep-009/04-modality-specific-files/09-positron-emission-tomography.html

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. Sample details for macro imaging (매크로 이미징용 샘플 상세정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-1-2-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Organism (생물종)	M	Text	설명(국문): 실험에 사용된 생물의 학명 예시: Homo sapiens
2	Brain region (뇌 영역)	M	Text	설명(국문): 기록된 뇌 영역 예시: whole brain, visual cortex
3	PatientID (환자 ID)	O		설명(영문): ID of the patient 설명(국문): 환자의 ID
4	PatientSex (환자 성별)	O		설명(영문): Sex of the patient 설명(국문): 환자의 성별
5	PatientAge (환자 나이)	O		설명(영문): Age of the patient 설명(국문): 환자의 나이
6	PatientSize (환자 사이즈)	O		설명(영문): Size of the patient 설명(국문): 환자의 크기
7	PatientWeight (환자 몸무게)	O		설명(영문): Weight of the patient 설명(국문): 환자의 몸무게
8	Disease Type (질환명)	O		설명(영문): Disease name 설명(국문): 질병 이름

파트 2. 뇌 PET 실험정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-1-2-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
General information(일반 정보)
1	Exp_title (실험제목)	M	Text	설명(국문): 실험성격이 잘 드러나는 짧은 제목
2	Exp_date (실험날짜)	M	Date	설명(국문): 실험이 수행된 날짜 예시: 2020.02.23
3	Exp_place (실험장소)	M	Text	설명(국문): 실험이 수행된 장소
4	Data type (데이터 타입)	M	Index	설명(국문): 기록한 데이터 타입 예시: MRI, fMRI, PET, EEG, iEEG, MEG
5	Manufacturer (제조사)	M	Text	설명(영문): Scanner manufacturer 설명(국문): 스캐너 제조사 예시: Siemens
6	ManufacturersModelName (실험장치모델명)	M	Text	설명(영문): PET scanner model name 설명(국문): 스캐너 모델명 예시: mMR Biograph
7	Unit	M	Text	설명(영문): Unit of the image file; please see BIDS main spec section 6. SI unit for radioactivity (Becquerel) should be used. Corresponds to DICOM Tag 0054, 1001 Units. 예시: Bq/mL
8	TracerName	M	Text	설명(영문): Name of the tracer compound used 설명(국문): 사용된 tracer 화합물명 예시: CIMBI-36
9	TracerRadionuclide	M	Text	설명(영문): Radioisotope labelling tracer 설명(국문): 방사성동위원소 라벨링 tracer 예시: C11, O15, F18, N13
10	Anaesthesia	O	Text	설명(영문): Details of anaesthesia used, if any. 설명(국문): 마취 방법에 대한 설명(해당 시)
11	InstitutionName	O	Text	설명(영문): The name of the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. Corresponds to DICOM Tag 0008, 0080 InstitutionName. 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 이름. DICOM Tag 0008, 0080 InstitutionName에 해당함
12	InstitutionAddress	O	Text	설명(영문): The address of the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. Corresponds to DICOM Tag 0008, 0081 InstitutionAddress. 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 주소. DICOM Tag 0008, 0081 InstitutionAddress에 해당함
13	InstitutionalDepartmentName	O	Text	설명(영문): The department in the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. Corresponds to DICOM Tag 0008, 1040 Institutional Department Name 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 부서 이름. DICOM Tag 0008, 1040 InstitutionName에 해당함
14	BodyPart	O	Text	설명(영문): Name of the organ / body region scanned. 설명(국문): 스캔한 기관/신체 부위의 이름 예시: brain, neck, torso, cardiac, gut, hip, leg, knee, foot, hand, arm, lung
15	TracerRadLex	O	Text	설명(영문): ID of the tracer compound from the RadLex Ontology. 설명(국문): Tracer 화합물의 RadLex Ontology ID
16	TracerSNOMED	O	Text	설명(영문): ID of the tracer compound from the SNOMED Ontology (subclass of Radioactive isotope). 설명(국문): Tracer 화합물의 SNOMED Ontology ID (Radionactive isotope의 하위 클래스)
17	TracerMolecularWeight	O	Num	설명(영문): Accurate molecular weight of the tracer used. 설명(국문): 사용된 Tracer의 정확한 분자량
18	TracerMolecularWeightUnit	O	Text	설명(영문): Unit of the molecular weights measurement. 설명(국문): 분자량 측정치의 단위 예시: g/mol
19	PharmaceuticalNam	O	Text	설명(영문): Name of pharmaceutical coadministered with tracer. 설명(국문): Tracer와 함께 투여된 약품의 이름
20	PharmaceuticalDoseAmount	O	NUM/ Text	설명(영문): Dose amount of pharmaceutical coadministered with tracer. 설명(국문): Tracer와 함께 투여된 약품의 용량
21	PharmaceuticalDoseUnit	O	Text	설명(영문): Unit format relating to pharmaceutical dose. 설명(국문): 약품 용량의 단위 예시: mg, mg/kg, ug, ug/kg
22	PharmaceuticalDoseRegimen	O	Text	설명(영문): Details of the pharmaceutical dose regimen. Either adequate description or short-code relating to regimen documented elsewhere 예시: single oral bolus
23	PharmaceuticalDoseTime	O	NUM / array	설명(영문): Time of administration of pharmaceutical dose, relative to time zero (please see below). For an infusion, this should be a vector with two elements specifying the start and end of the infusion period. For more complex dose regimens, the regimen description should be complete enough to enable unambiguous interpretation of the DoseTime vector. Unit format of the specified pharmaceutical dose time should be seconds.
Radiochemistry(방사 화학)
24	InjectedRadioactivity	M	NUM	설명(영문): Total amount of radioactivity injected into subject. Corresponds to DICOM Tag (0018,1074) Radionuclide Total Dose. 설명(국문): 연구대상에게 주입된 방사능의 총량
25	InjectedRadioactivityUnit	M	Text	설명(영문): Unit format of the specified injected radioactivity. 설명(국문): 주입된 방사능량의 단위 예시: MBq
26	InjectedMass	M	NUM	설명(영문): Total mass of radiolabeled compound injected into subject (for example, 10). This can be derived as the ratio of the InjectedRadioactivity and MolarRadioactivity. Note for an FDG acquisition this is not available and should be set to –1. 설명(국문): 연구대상자에게 주입된 radiolabeled 화합물의 전체 질량. 이는 MolarRadioactivity 대비 InjectedRadioactivity의 비율로 구할 수 있음. FDG acquisition의 경우 이는 해당이 안되며, -1로 지정해야 함. 예시: 10
27	InjectedMassUnit	M	Text	설명(영문): Unit format of the mass of compound injected (for example, "ug" or "umol"). Note this is not required for an FDG acquisition, since it is not available, and can be set to "-1". 설명(국문): 연구대상자에게 주입된 radiolabeled 화합물의 전체 질량의 단위. FDG acquisition의 경우 이는 해당이 안되며, -1로 지정해야 함. 예시: ug, umol
28	SpecificRadioactivity	M	NUM	설명(영문): Specific activity of compound injected. Note this is not required for an FDG acquisition, since it is not available, and can be set to –1. 설명(국문): 주입된 화합물의 specific radioactivity. FDG acquisition의 경우 이는 해당이 안되며, -1로 지정해야 함.
29	SpecificRadioactivityUnit	M	Text	설명(영문): Unit format of specified specific radioactivity. Note this is not required for an FDG acquisition, since it is not available, and can be set to "-1". 설명(국문): 주입된 화합물의 specific radioactivity 값의 단위. FDG acquisition의 경우 이는 해당이 안되며, -1로 지정해야 함. 예시: Bq/g
30	ModeOfAdministration	M	Text	설명(영문): Mode of administration of the injection. 예시: bolus, infusion, bolus-infusion
31	InjectedMassPerWeight	O	NUM	설명(영문): Injected mass per kilogram bodyweight. 설명(국문): 몸무게(킬로그램) 당 주입 질량
32	InjectedMassPerWeightUnit	O	Text	설명(영문): Unit format of the injected mass per kilogram bodyweight. 설명(국문): 몸무게(킬로그램) 당 주입 질량의 단위 예시: µg/kg
33	SpecificRadioactivityMeasTime	O	Text	설명(영문): Time to which specific radioactivity measurement above applies in the default unit "hh:mm:ss".
34	MolarActivity	O	NUM	설명(영문): Molar activity of compound injected. Corresponds to DICOM Tag (0018,1077) Radiopharmaceutical Specific Activity.
35	MolarActivityUnit	O	Text	설명(영문): Unit of the specified molar radioactivity. 예시: Bq/mol
36	MolarActivityMeasTime	O	Text	설명(영문): Time to which molar radioactivity measurement above applies in the default unit "hh:mm:ss".
37	InfusionSpeed	O	NUM	설명(영문): If given, infusion speed.
38	InfusionSpeedUnit	O	Text	설명(영문): Unit of infusion speed. 예시: ml/s
39	InjectedVolume	O	NUM	설명(영문): Injected volume of the radiotracer. 설명(국문): 방사성 추적자의 주입 부피
40	InjectedVolumeUnit	O	Text	설명(영문): Unit of the injected volume of the radiotracer. 설명(국문): 방사성 추적자의 주입 부피의 단위 예시: ml
41	Purity	O	NUM	설명(영문): Purity of the radiolabeled compound.
42	PurityUnit	O	Text	설명(영문): Unit of the radiochemical purity. 예시: percent, fraction
Time(시간)
43	TimeZero	M	Text	설명(영문): Time zero to which all scan and/or blood measurements have been adjusted to, in the unit “hh:mm:ss”. This should be equal to InjectionStart or ScanStart.
44	ScanStart	M	NUM	설명(영문): Time of start of scan wrt TimeZero in the default unit seconds.
45	InjectionStart	M	NUM	설명(영문): Time of start of injection wrt TimeZero in the default unit seconds. This corresponds to DICOM Tag (0018,1042) converted to seconds relative to timezero.
46	FrameTimesStart	M	Array of NUM	설명(영문): Start times for all frames relative to TimeZero in default unit seconds.
47	FrameDuration	M	Array of NUM	설명(영문): Time duration of each frame in default unit seconds. This corresponds to DICOM Tag (0018,1242) converted to seconds. 설명(국문): 각 프레임의 지속 시간(초)
48	InjectionEnd	O	NUM	설명(영문): Time of end of injection wrt TimeZero in the default unit seconds.
49	ScanDate	O	Text	설명(영문): Date of scan in the default unit “yyyy:mm:dd”. 설명(국문): 스캔 날짜
Reconstruction(재구성)
50	AcquisitionMode	M	Text	설명(영문): Type of acquisition of the PET data. 설명(국문): PET 데이터의 획득 타입 예시: list mode
51	ImageDecayCorrected	M	Boolean	설명(영문): Boolean flag specifying whether the image data have been decay-corrected. 설명(국문): 이미지 데이터가 붕괴 교정 여부
52	ImageDecayCorrectionTime	M	NUM	설명(영문): Point in time from which the decay correction was applied wrt TimeZero in the default unit seconds.
53	ReconMethodName	M	Text	설명(영문): Reconstruction method or algorithm 설명(국문): 영상 재구성 방법 또는 알고리즘 예시: 3d-op-osem
54	ReconMethodParameterLabels	M	Array of Text	설명(영문): Names of reconstruction parameters 설명(국문): 영상 재구성 파라미터의 이름 예시: [subsets, iterations]
55	ReconMethodParameterUnit	M	Array of Text	설명(영문): Unit of reconstruction parameters 설명(국문): 영상 재구성 파라미터의 단위 예시: [none, none]
56	ReconMethodParameterValues	M	Arrays of NUM	설명(영문): Values of reconstruction parameters 설명(국문): 영상 재구성 파라미터의 값 예시: [21, 3]
57	ReconMethodImplementationVersion	O	Text	설명(영문): Identification for the software used, such as name and version.
58	ReconFilterType	M	Array of Text	설명(영문): Type of post-recon smoothing 예시: Shepp
59	ReconFilterSize	M	Array of NUM	설명(영문): Kernel size of post-recon filter (FWHM).
60	AttenuationCorrection	M	Text	설명(영문): Short description of the attenuation correction method used. 설명(국문): 사용된 감쇠 보정법의 짧은 설명
61	AttenuationCorrectionMethodReference	O	Text	설명(영문): Reference paper for the attenuation correction method used. 설명(국문): 사용된 감쇠 보정법에 대한 참고 문헌
62	ScaleFactor	O	Array of NUM	설명(영문): Scale factor for each frame (for example, []). 설명(국문): 각 프레임의 스케일 팩터
63	ScatterFraction	O	Array of NUM	설명(영문): Scatter fraction for each frame (for example, []).
64	DecayCorrectionFactor	O	Array of NUM	설명(영문): Decay correction factor for each frame 설명(국문): 각 프레임의 붕괴 교정 팩터
65	PromptRate	O	Array of NUM	설명(영문): Prompt rate for each frame
66	RandomRate	O	Array of NUM	설명(영문): Random rate for each frame
67	SinglesRate	O	Array of NUM	설명(영문): Singles rate for each frame
Blood recording data(혈액 기록 데이터)
68	PlasmaAvail	M	Boolean	설명(영문): Boolean that specifies if plasma measurements are available. If this is false, all of the plasma fields should be excluded 설명(국문): 플라즈마 측정치의 유무 여부. 만약 없다면 모든 플라즈마 관련 항목은 제외되어야 함.
69	PlasmaFreeFraction	O	NUM	설명(영문): Measured free fraction in plasma, i.e. concentration of free compound in plasma divided by total concentration of compound in plasma. 설명(국문): 플라즈마에서 측정된 free fraction (즉, 플라즈마에서 free compound의 농도를 전체 compound의 농도로 나눈 비율)
70	PlasmaFreeFractionMethod	O	Text	설명(영문): Method used to estimate free fraction. 설명(국문): Free fraction을 추정하는데 사용한 방법
71	MetaboliteAvail	M	Boolean	설명(영문): Boolean that specifies if metabolite measurements are available. If this is false, all of the metabolite fields should be excluded. 설명(국문): 대사물질 측정치의 유무 여부. 만약 없다면 모든 대사물질 관련 항목은 제외되어야 함.
72	MetaboliteMethod	M	Text	설명(영문): Method used to measure metabolites 설명(국문): 대수물질 측정에 사용된 방법 예시: HPLC, Fraction Collector, SPE
73	MetaboliteRecoveryCorrectionApplied	M	Boolean	설명(영문): Metabolite recovery correction from the HPLC, for tracers where it changes with time postinjection. If “true” please include recovery fractions from the HPLC as a column in the table with blood data (*_blood.tsv).
74	ContinuousBloodAvail	M	Boolean	설명(영문): Boolean that specifies if continuous blood measurements are available. If this is false, all of the continuous blood fields should be excluded.
75	ContinuousBloodWithdrawalRate	O	NUM	설명(영문): The rate at which the blood was withdrawn from the subject. The unit of the specified withdrawal rate should be in ml/s. 설명(국문): 채혈 속도(단위는 ml/s)
76	ContinuousBloodTubingType	O	Text	설명(영문): Description of the type of tubing used, ideally including the material and (internal) diameter.
77	ContinuousBloodTubingLength	O	NUM	설명(영문): The length of the blood tubing, from the subject to the detector in the default unit centimeter.
78	ContinuousBloodDispersionConstant	O	NUM	설명(영문): External dispersion time constant resulting from tubing in default unit seconds.
79	ContinuousBloodDispersionCorrected	M	Boolean	설명(영문): Boolean flag specifying whether the continuous blood data have been dispersion-corrected.
80	DiscreteBloodAvail	M	Boolean	설명(영문): Boolean that specifies if discrete blood measurements are available. If this is false, all of the discrete blood fields should be excluded.
81	DiscreteBloodHaematocrit	O	NUM	설명(영문): Measured haematocrit, i.e. the volume of erythrocytes divided by the volume of whole blood. 설명(국문): 측정된 적혈구용적률(적혈구 부피를 전혈량 부피로 나눈 것)
82	DiscreteBloodDensity	O	NUM	설명(영문): Measured blood density. Unit of blood density should be in g/ml. 설명(국문): 측정된 혈액 밀도(g/m의 단위로)

5.1.3	뇌 EEG 데이터

□ (작성자) 성균관대학교 우충완

□ 설명: 본 등록양식은 뇌과학 연구를 위하여 모인 EEG 영상 데이터를 등록 시 사용됨

□ 작성에 참고한 자료

ㅇEEG: https://bids-specification.readthedocs.io/en/stable/04-modality-specific-files/03-electroencephalography.html

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. Sample details for macro imaging (매크로 이미징용 샘플 상세정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-1-3-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Organism (생물종)	M	Text	설명(국문): 실험에 사용된 생물의 학명 예시: Homo sapiens
2	Brain region (뇌 영역)	M	Text	설명(국문): 기록된 뇌 영역 예시: whole brain, visual cortex
3	PatientID (환자 ID)	O		설명(영문): ID of the patient 설명(국문): 환자의 ID
4	PatientSex (환자 성별)	O		설명(영문): Sex of the patient 설명(국문): 환자의 성별
5	PatientAge (환자 나이)	O		설명(영문): Age of the patient 설명(국문): 환자의 나이
6	PatientSize (환자 사이즈)	O		설명(영문): Size of the patient 설명(국문): 환자의 크기
7	PatientWeight (환자 몸무게)	O		설명(영문): Weight of the patient 설명(국문): 환자의 몸무게
8	Disease Type (질환명)	O		설명(영문): Disease name 설명(국문): 질병 이름

파트 2. 뇌 EEG 실험정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-1-3-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Exp_title (실험제목)	M	Text	설명(국문): 실험성격이 잘 드러나는 짧은 제목
2	Exp_date (실험날짜)	M	Date	설명(국문): 실험이 수행된 날짜 예시: 2020.02.23
3	Exp_place (실험장소)	M	Text	설명(국문): 실험이 수행된 장소
4	Data type (뇌영상 데이터타입)	M	Index	설명(국문): 기록한 데이터 타입 예시: MRI, fMRI, PET, EEG, iEEG, MEG
5	TaskName (과제명)	M	Text	설명(영문): Name of the task (for resting state use the rest prefix). No two tasks should have the same name. The task label included in the file name is derived from this TaskName field by removing all non-alphanumeric ([a-zA-Z0-9]) characters. For example TaskName faces n-back will correspond to task label facesnback. 설명(국문): 연구대상자가 수행하는 과제의 이름. 각 과제의 이름은 서로 달라야 함. 파일명에 포함된 과제 라벨은 이 TaskName 항목의 값에서 모든 비 alphanumeric 문자를 제거하여 얻어짐. 예를 들면 “faces n-back”이라는 TaskName에 해당하는 과제 label은 “facesnback”임. resting state 과제는 rest로 시작하는 라벨을 사용하여 이름짓는 것을 추천함.
6	InstitutionName	M	Text	설명(영문): The name of the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 이름
7	InstitutionAddress	M	Text	설명(영문): The address of the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 주소
8	Manufacturer (제조사)	M	Text	설명(영문): Manufacturer of the EEG system 설명(국문): EEG 시스템 제조사 예시: Biosemi, Brain Products, Neuroscan
9	ManufacturersModelName (제조모델)	M	Text	설명(영문): Manufacturer's designation of the EEG system model 설명(국문): EEG 시스템 모델명 예시: BrainAmp DC
10	SoftwareVersions (소프트웨어 버전)	M	Text	설명(영문): Manufacturer's designation of the acquisition software. 설명(국문): Acquisition 소프트웨어의 버전
11	TaskDescription (과제 상세설명)	M	Text	설명(영문): Description of the task. 설명(국문): 연구대상자가 수행해야 하는 과제의 설명
12	Instructions (지시문)	M	Text	설명(영문): Text of the instructions given to participants before the scan. This is not only important for behavioral or cognitive tasks but also in resting state paradigms (e.g., to distinguish between eyes open and eyes closed). 설명(국문): 스캔 전에 연구대상자에게 주어진 지시문. 이는 행동/인지 과제에만 중요할 뿐 아니라 휴식 상태 패러다임에서도 중요함(예: 눈을 뜨고 감은 상태의 구분)
13	DeviceSerialNumber (시리얼넘버)	M	Text	설명(영문): The serial number of the equipment that produced the composite instances. A pseudonym can also be used to prevent the equipment from being identifiable, as long as each pseudonym is unique within the dataset.
14	EEGReference (EEG레퍼런스)	M	Text	설명(영문): General description of the reference scheme used and (when applicable) of location of the reference electrode in the raw recordings. If different channels have a different reference, this field should have a general description and the channel specific reference should be defined in the _channels.tsv file. 예시: left mastoid, Cz, CMS
15	SamplingFrequency	M	Text	설명(영문): Sampling frequency (in Hz) of all the data in the recording, regardless of their type 예시: 2400
16	PowerLineFrequency	M	Num	설명(영문): Frequency (in Hz) of the power grid at the geographical location of the EEG instrument 예시: 50
17	SoftwareFilters	M	Text	설명(영문): A JSON object of temporal software filters applied, or "n/a" if the data is not available. Each key:value pair in the JSON object is a name of the filter and an object in which its parameters are defined as key:value pairs. 예시: {"Anti-aliasing filter": {"half-amplitude cutoff (Hz)": 500, "Roll-off": "6dB/Octave"}}
18	CapManufacturer (캡 제조사)	M	Text	설명(영문): Name of the cap manufacturer 설명(영문): EEG 캡 제조사 예시: EasyCap
19	CapManufacturersModelName (캡 모델명)	M	Text	설명(영문): Manufacturer's designation of the EEG cap model 설명(영문): EEG 캡 모델명 예시: actiCAP 64 Ch Standard-2
20	EEGChannelCount (EEG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of EEG channels included in the recording 설명(국문): 리코딩에 포함된 EEG 채널의 개수 예시: 128
21	ECGChannelCount (ECG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of ECG channels. 설명(국문): EEG 채널 개수
22	EMGChannelCount (EMG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of EMG channels. 설명(국문): EMG 채널 개수
23	EOGChannelCount (EOG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of EOG channels. 설명(국문): EOG 시스템 제조사
24	MiscChannelCount (기타 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of miscellaneous analog channels for auxiliary signals. 설명(국문): 보조 시그널을 위한 각종 아날로그 채널의 개수
25	TriggerChannelCount (트리거 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of channels for digital (TTL bit level) trigger.
26	RecordingDuration	M	Num	설명(영문): Length of the recording in seconds 설명(국문): 리코딩 길이(초) 예시: 3600
27	RecordingType	M	Index	설명(영문): Defines whether the recording is continuous, discontinuous or epoched. 설명(국문): 리코딩이 연속적인지, 불연속적인지, epoced인지 선택
28	EpochLength	M	Num	설명(영문): Duration of individual epochs in seconds (e.g., 1) in case of epoched data. 설명(국문): Epoched 데이터인 경우 각 epoch의 지속 시간(초)
29	EEGGround	M	Text	설명(영문): Description of the location of the ground electrode 설명(국문): 접지 전극 위치의 설명 예시: placed on right mastoid (M2)
30	HeadCircumference	M	Text	설명(영문): Circumference of the participants head, expressed in cm 설명(국문): 연구대상자 머리 둘레(cm) 예시: 58
31	EEGPlacementScheme	M	Text	설명(영문): Placement scheme of EEG electrodes. Either the name of a standardized placement system (e.g., "10-20") or a list of standardized electrode names (e.g., ["Cz", "Pz"]). 예시: 10-20, [Cz, Pz]
32	HardwareFilters	M	Text	설명(영문): A JSON object of temporal hardware filters applied, or "n/a" if the data is not available. Each key:value pair in the JSON object is a name of the filter and an object in which its parameters are defined as key:value pairs. 예시: {"Highpass RC filter": {"Half amplitude cutoff (Hz)": 0.0159, "Roll-off": "6dB/Octave"}}
33	SubjectArtefactDescription	M	Text	설명(영문): Free-form description of the observed subject artifact and its possible cause. If this field is set to n/a, it will be interpreted as absence of major source of artifacts except cardiac and blinks. 예시: Vagus Nerve Stimulator, non-removable implant
34	EOGPlacement	O	Text	설명(영문): Description of the location of the placement of EOG electrodes. 예시: vEOG, hEOG
35	ElectrodeType	M	Text	설명(영문): Description of the circuit type of EEG electrodes. It contains the information about whether electrodes are active or passive and wet or dry.
36	CommunicationLink	M	Text	설명(영문): Description of the communication via either wired or wireless links. 설명(국문): 유선 혹은 무선 링크를 통한 통신의 설명

5.1.4	뇌 iEEG 데이터

□ (작성자) 성균관대학교 우충완

□ 설명: 본 등록양식은 뇌과학 연구를 위하여 모인 iEEG 영상 데이터를 등록 시 사용됨

□ 작성에 참고한 자료

ㅇiEEG: https://bids-specification.readthedocs.io/en/stable/04-modality-specific-files/04-intracranial-electroencephalography.html

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. Sample details for macro imaging (매크로 이미징용 샘플 상세정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-1-4-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Organism (생물종)	M	Text	설명(국문): 실험에 사용된 생물의 학명 예시: Homo sapiens
2	Brain region (뇌 영역)	M	Text	설명(국문): 기록된 뇌 영역 예시: whole brain, visual cortex
3	PatientID (환자 ID)	O		설명(영문): ID of the patient 설명(국문): 환자의 ID
4	PatientSex (환자 성별)	O		설명(영문): Sex of the patient 설명(국문): 환자의 성별
5	PatientAge (환자 나이)	O		설명(영문): Age of the patient 설명(국문): 환자의 나이
6	PatientSize (환자 사이즈)	O		설명(영문): Size of the patient 설명(국문): 환자의 크기
7	PatientWeight (환자 몸무게)	O		설명(영문): Weight of the patient 설명(국문): 환자의 몸무게
8	Disease Type (질환명)	O		설명(영문): Disease name 설명(국문): 질병 이름

파트 2. 뇌 iEEG 실험정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-1-4-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Exp_title (실험제목)	M	Text	설명(국문): 실험성격이 잘 드러나는 짧은 제목
2	Exp_date (실험날짜)	M	Date	설명(국문): 실험이 수행된 날짜 예시: 2020.02.23
3	Exp_place (실험장소)	M	Text	설명(국문): 실험이 수행된 장소
4	Data type (뇌영상 데이터타입)	M	Index	설명(국문): 기록한 데이터 타입 예시: MRI, fMRI, PET, EEG, iEEG, MEG
5	TaskName (과제명)	M	Text	설명(영문): Name of the task (for resting state use the rest prefix). No two tasks should have the same name. The task label included in the file name is derived from this TaskName field by removing all non-alphanumeric ([a-zA-Z0-9]) characters. For example TaskName faces n-back will correspond to task label facesnback. 설명(국문): 연구대상자가 수행하는 과제의 이름. 각 과제의 이름은 서로 달라야 함. 파일명에 포함된 과제 라벨은 이 TaskName 항목의 값에서 모든 비 alphanumeric 문자를 제거하여 얻어짐. 예를 들면 “faces n-back”이라는 TaskName에 해당하는 과제 label은 “facesnback”임. resting state 과제는 rest로 시작하는 라벨을 사용하여 이름짓는 것을 추천함.
6	InstitutionName	M	Text	설명(영문): The name of the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 이름
7	InstitutionAddress	M	Text	설명(영문): The address of the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 주소
8	Manufacturer (제조사)	M	Text	설명(영문): Manufacturer of the EEG system 설명(국문): EEG 시스템의 제조사 예시: Biosemi, Brain Products, Neuroscan
9	ManufacturersModelName (제조모델)	M	Text	설명(영문): Manufacturer's designation of the EEG system model 설명(국문): EEG 시스템의 모델 번호 예시: BrainAmp DC
10	SoftwareVersions (소프트웨어 버전)	M	Text	설명(영문): Manufacturer's designation of the acquisition software. 설명(국문): Acquisition 소프트웨어의 버전
11	TaskDescription (과제 상세설명)	M	Text	설명(영문): Description of the task. 설명(국문): 연구대상자가 수행해야 하는 과제의 설명
12	Instructions (지시문)	M	Text	설명(영문): Text of the instructions given to participants before the scan. This is not only important for behavioral or cognitive tasks but also in resting state paradigms (e.g., to distinguish between eyes open and eyes closed). 설명(국문): 스캔 전에 연구대상자에게 주어진 지시문. 이는 행동/인지 과제에만 중요할 뿐 아니라 휴식 상태 패러다임에서도 중요함(예: 눈을 뜨고 감은 상태의 구분)
13	DeviceSerialNumber (시리얼 넘버)	M	Text	설명(영문): The serial number of the equipment that produced the composite instances. A pseudonym can also be used to prevent the equipment from being identifiable, as long as each pseudonym is unique within the dataset.
14	iEEGReference (iEEG 레퍼런스)	M	Text	설명(영문): General description of the reference scheme used and (when applicable) of location of the reference electrode in the raw recordings. If different channels have a different reference, this field should have a general description and the channel specific reference should be defined in the _channels.tsv file. 예시: "left mastoid", "bipolar", "T01" for electrode with name T01, "intracranial electrode on top of a grid, not included with data", "upside down electrode"
15	SamplingFrequency	M	Num	설명(영문): Sampling frequency (in Hz) of all the data in the recording, regardless of their type 예시: 2400
16	PowerLineFrequency	M	Num	설명(영문): Frequency (in Hz) of the power grid at the geographical location of the EEG instrument 예시: 50
17	SoftwareFilters	M	Text	설명(영문): A JSON object of temporal software filters applied, or "n/a" if the data is not available. Each key:value pair in the JSON object is a name of the filter and an object in which its parameters are defined as key:value pairs. 예시: {"Anti-aliasing filter": {"half-amplitude cutoff (Hz)": 500, "Roll-off": "6dB/Octave"}}
18	DCOffsetCorrection	M	Text	설명(영문): A description of the method (if any) used to correct for a DC offset. If the method used was subtracting the mean value for each channel, use "mean".
19	HardwareFilters	M	Text	설명(영문): A JSON object of temporal hardware filters applied, or "n/a" if the data is not available. Each key:value pair in the JSON object is a name of the filter and an object in which its parameters are defined as key:value pairs. 예시: "Highpass RC filter": {"Half amplitude cutoff (Hz)": 0.0159, "Roll-off": "6dB/Octave"}}
20	ElectrodeManufacturer	M	Text	설명(영문): can be used if all electrodes are of the same manufacturer. If electrodes of different manufacturers are used, please use the corresponding table in the _electrodes.tsv file. 예시: AD-TECH, DIXI
21	ElectrodeManufacturersModelName	M	Text	설명(영문): If different electrode types are used, please use the corresponding table in the _electrodes.tsv file.
22	ECOGChannelCount (ECOG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of iEEG surface channels included in the recording 예시: 120
23	SEEGChannelCount (SEEG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of iEEG depth channels included in the recording 예시: 8
24	EEGChannelCount (EEG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of EEG channels included in the recording 설명(국문): 리코딩에 포함된 EEG 채널의 개수 예시: 128
25	ECGChannelCount (ECG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of ECG channels. 설명(국문): ECG 채널의 개수
26	EMGChannelCount (EMG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of EMG channels. 설명(국문): EMG 채널의 개수
27	EOGChannelCount (EOG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of EOG channels. 설명(국문): EOG 채널의 개수
28	MiscChannelCount (기타 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of miscellaneous analog channels for auxiliary signals. 설명(국문): 보조 시그널을 위한 각종 아날로그 채널의 개수
29	TriggerChannelCount (트리거 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of channels for digital (TTL bit level) trigger.
30	RecordingDuration	M	Num	설명(영문): Length of the recording in seconds 설명(국문): 리코딩 길이(초) 예시: 3600
31	RecordingType	M	Index	설명(영문): Defines whether the recording is continuous, discontinuous or epoched. 설명(국문): 리코딩이 연속적인지, 불연속적인지, epoced인지 선택
32	EpochLength	M	Num	설명(영문): Duration of individual epochs in seconds (e.g., 1) in case of epoched data. 설명(국문): Epoched 데이터인 경우 각 epoch의 지속 시간(초)
33	iEEGGround	M	Text	설명(영문): Description of the location of the ground electrode 설명(국문): 접지 전극 위치의 설명 예시: placed on right mastoid (M2)
34	iEEGPlacementScheme	M	Text	설명(영문): Freeform description of the placement of the iEEG electrodes. Left/right/bilateral/depth/surface 예시: "left frontal grid and bilateral hippocampal depth", "surface strip and STN depth", "clinical indication bitemporal, bilateral temporal strips and left grid"
35	iEEGElectrodeGroups	M	Text	설명(영문): Field to describe the way electrodes are grouped into strips, grids or depth probes 예시: {'grid1': "10x8 grid on left temporal pole", 'strip2': "1x8 electrode strip on xxx"}
36	SubjectArtefactDescription	M	Text	설명(영문): Freeform description of the observed subject artefact and its possible cause (e.g., "door open", "nurse walked into room at 2 min", "seizure at 10 min"). If this field is left empty, it will be interpreted as absence of artifacts. 예시: "door open", "nurse walked into room at 2 min", "seizure at 10 min"
37	ElectricalStimulation	O	Boolean	설명(영문): Boolean field to specify if electrical stimulation was done during the recording (options are "true" or "false"). Parameters for event-like stimulation should be specified in the _events.tsv file (see example below).
38	ElectricalStimulationParameters	O	Text	설명(영문): Free form description of stimulation parameters, such as frequency, shape etc. Specific onsets can be specified in the _events.tsv file. Specific shapes can be described here in freeform text.

5.1.5	뇌 MEG 데이터

□ (작성자) 성균관대학교 우충완, 울산과학기술원 김성필

□ 설명: 본 등록양식은 뇌과학 연구를 위하여 모인 MEG 영상 데이터를 등록 시 사용됨

□ 작성에 참고한 자료

ㅇMEG: https://bids-specification.readthedocs.io/en/stable/04-modality-specific-files/02-magnetoencephalography.html

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. Sample details for macro imaging (매크로 이미징용 샘플 상세정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-1-5-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Organism (생물종)	M	Text	설명(국문): 실험에 사용된 생물의 학명 예시: Homo sapiens
2	Brain region (뇌 영역)	M	Text	설명(국문): 기록된 뇌 영역 예시: whole brain, visual cortex
3	PatientID (환자 ID)	O		설명(영문): ID of the patient 설명(국문): 환자의 ID
4	PatientSex (환자 성별)	O		설명(영문): Sex of the patient 설명(국문): 환자의 성별
5	PatientAge (환자 나이)	O		설명(영문): Age of the patient 설명(국문): 환자의 나이
6	PatientSize (환자 사이즈)	O		설명(영문): Size of the patient 설명(국문): 환자의 크기
7	PatientWeight (환자 몸무게)	O		설명(영문): Weight of the patient 설명(국문): 환자의 몸무게
8	Disease Type (질환명)	O		설명(영문): Disease name 설명(국문): 질병 이름

파트 2. 뇌 MEG 실험정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-1-5-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Exp_title (실험제목)	M	Text	설명(국문): 실험성격이 잘 드러나는 짧은 제목
2	Exp_date (실험날짜)	M	Date	설명(국문): 실험이 수행된 날짜 예시: 2020.02.23
3	Exp_place (실험장소)	M	Text	설명(국문): 실험이 수행된 장소
4	Data type (뇌영상 데이터타입)	M	Index	설명(국문): 기록한 데이터 타입 예시: MRI, fMRI, PET, EEG, iEEG, MEG
5	TaskName (과제명)	M	Text	설명(영문): Name of the task (for resting state use the rest prefix). No two tasks should have the same name. The task label included in the file name is derived from this TaskName field by removing all non-alphanumeric ([a-zA-Z0-9]) characters. For example TaskName faces n-back will correspond to task label facesnback. 설명(국문): 연구대상자가 수행하는 과제의 이름. 각 과제의 이름은 서로 달라야 함. 파일명에 포함된 과제 라벨은 이 TaskName 항목의 값에서 모든 비 alphanumeric 문자를 제거하여 얻어짐. 예를 들면 “faces n-back”이라는 TaskName에 해당하는 과제 label은 “facesnback”임. resting state 과제는 rest로 시작하는 라벨을 사용하여 이름짓는 것을 추천함.
6	InstitutionName	M	Text	설명(영문): The name of the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 이름
7	InstitutionAddress	M	Text	설명(영문): The address of the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 주소
8	Manufacturer (제조사)	M	Text	설명(영문): Manufacturer of the MEG system 설명(국문): MEG 시스템의 제조사
9	ManufacturersModelName (제조모델)	M	Text	설명(영문): Manufacturer's designation of the MEG system model 설명(국문): MEG 시스템의 모델명
10	SoftwareVersions (소프트웨어 버전)	M	Text	설명(영문): Manufacturer's designation of the acquisition software. 설명(국문): Acquisition 소프트웨어의 버전
11	TaskDescription (과제 상세설명)	M	Text	설명(영문): Description of the task. 설명(국문): 연구대상자가 수행해야 하는 과제의 설명
12	Instructions (지시문)	M	Text	설명(영문): Text of the instructions given to participants before the scan. This is not only important for behavioral or cognitive tasks but also in resting state paradigms (e.g., to distinguish between eyes open and eyes closed). 설명(국문): 스캔 전에 연구대상자에게 주어진 지시문. 이는 행동/인지 과제에만 중요할 뿐 아니라 휴식 상태 패러다임에서도 중요함(예: 눈을 뜨고 감은 상태의 구분)
13	DeviceSerialNumber (시리얼 넘버)	M	Text	설명(영문): The serial number of the equipment that produced the composite instances. A pseudonym can also be used to prevent the equipment from being identifiable, as long as each pseudonym is unique within the dataset.
14	SamplingFrequency	M	Num	설명(영문): Sampling frequency (in Hz) of all the data in the recording, regardless of their type 예시: 2400
15	PowerLineFrequency	M	Num	설명(영문): Frequency (in Hz) of the power grid at the geographical location of the EEG instrument 예시: 50
16	DewarPosition	M	Text	설명(영문): Position of the dewar during the MEG scan: upright, supine or degrees of angle from vertical 예시: for example on CTF systems, upright=15°, supine= 90°
17	SoftwareFilters	M	Text	설명(영문): A JSON object of temporal software filters applied, or "n/a" if the data is not available. Each key:value pair in the JSON object is a name of the filter and an object in which its parameters are defined as key:value pairs. 예시: {"Anti-aliasing filter": {"half-amplitude cutoff (Hz)": 500, "Roll-off": "6dB/Octave"}}
18	DigitizedLandmarks	M	Boolean	설명(영문): Boolean ("true" or "false") value indicating whether anatomical landmark points (i.e. fiducials) are contained within this recording.
19	DigitizedHeadPoints	M	Boolean	설명(영문): Boolean (true or false) value indicating whether head points outlining the scalp/face surface are contained within this recording.
20	MEGChannelCount (MEG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of MEG channels 설명(국문): MEG 채널의 개수 예시: 275
21	MEGREFChannelCount (MEG 레퍼런스 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of MEG reference channels. For systems without such channels (e.g. Neuromag Vectorview), MEGREFChannelCount=0 설명(국문): MEG 레퍼런스 채널의 개수. 그러한 채널이 없는 시스템의 경우는 개수는 0임. 예시: 23
22	EEGChannelCount (EEG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of EEG channels recorded simultaneously 예시: 21
23	ECOGChannelCount (ECOG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of ECoG channels 설명(국문): ECoG 채널의 개수
24	SEEGChannelCount (SEEG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of SEEG channels 설명(국문): SEEG 채널의 개수
25	EOGChannelCount (EOG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of EOG channels. 설명(국문): EOG 채널의 개수
26	ECGChannelCount (ECG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of ECG channels. 설명(국문): ECG 채널의 개수
27	EMGChannelCount (EMG 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of EMG channels. 설명(국문): EMG 채널의 개수
28	MiscChannelCount (기타 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of miscellaneous analog channels for auxiliary signals. 설명(국문): 보조 시그널을 위한 각종 아날로그 채널의 개수
29	TriggerChannelCount (트리거 채널개수)	M	Num	설명(영문): Number of channels for digital (TTL bit level) trigger.
30	RecordingDuration	M	Num	설명(영문): Length of the recording in seconds 설명(국문): 리코딩 길이(초) 예시: 3600
31	RecordingType	M	Index	설명(영문): Defines whether the recording is continuous, discontinuous or epoched. 설명(국문): 리코딩이 연속적인지, 불연속적인지, epoced인지 선택
32	EpochLength	M	Num	설명(영문): Duration of individual epochs in seconds in case of epoched data. 설명(국문): Epoched 데이터인 경우 각 epoch의 지속 시간(초) 예시: 1
33	ContinuousHeadLocalization	M	Boolean	설명(영문): Boolean (true or false) value indicating whether continuous head localisation was performed.
34	HeadCoilFrequency	M	Text	설명(영문): List of frequencies (in Hz) used by the head localisation coils (‘HLC’ in CTF systems, ‘HPI’ in Elekta, ‘COH’ in BTi/4D) that track the subject’s head position in the MEG helmet 예시: [293, 307, 314, 321]
35	MaxMovement	M	Num	설명(영문): Maximum head movement (in mm) detected during the recording, as measured by the head localisation coils 예시: 4.8
36	SubjectArtefactDescription	M	Text	설명(영문): Freeform description of the observed subject artefact and its possible cause. If this field is set to n/a, it will be interpreted as absence of major source of artifacts except cardiac and blinks. 예시: "Vagus Nerve Stimulator", "non-removable implant"
37	AssociatedEmptyRoom	M	Text	설명(영문): Relative path in BIDS folder structure to empty-room file associated with the subject’s MEG recording. The path needs to use forward slashes instead of backward slashes (e.g. sub-emptyroom/ses-/meg/sub-emptyroom_ses-_task-noise_run-_meg.ds).
38	HardwareFilters	M	Text	설명(영문): A JSON object of temporal hardware filters applied, or "n/a" if the data is not available. Each key:value pair in the JSON object is a name of the filter and an object in which its parameters are defined as key:value pairs. 예시: {"Highpass RC filter": {"Half amplitude cutoff (Hz)": 0.0159, "Roll-off": "6dB/Octave"}}
39	EEGPlacementScheme	O	Text	설명(영문): Placement scheme of EEG electrodes. Either the name of a standardized placement system (e.g., "10-20") or a list of standardized electrode names (e.g., ["Cz", "Pz"]). 예시: "10-20", ["Cz", "Pz"]
40	CapManufacturer	O	Text	설명(영문): Manufacturer of the EEG cap 설명(국문): EEG 캡 제조사 예시: EasyCap
41	CapManufacturersModelName	O	Text	설명(영문): Manufacturer’s designation of the EEG cap model 설명(국문): EEG 캡 모델명 예시: M10
42	EEGReference	O		설명(영문): Description of the type of EEG reference used 예시: M1 for left mastoid, average, or longitudinal bipolar

5.2	뇌 영상 데이터(마이크로 이미징)

5.2.1	광학현미경 데이터

□ (작성자) 한국뇌연구원 김기범

□ 설명: 광학현미경으로 획득되는 cell에서 tissue까지 수준의 raw 이미지 데이터. 이미징 방식이 다양해서 필수정보들은 등록 시 입력하고, 세부정보들은 파일 내 메타정보 활용

□ 작성에 참고한 자료

ㅇNature TECHNOLOGY FEATURE: https://www.nature.com/articles/d41586-020-00594-4

ㅇIDR: http://idr.openmicroscopy.org/tissue/

ㅇBioImage Archive: https://www.ebi.ac.uk/bioimage-archive/

ㅇOME Data Model and XML file

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/gb-2005-6-5-r47

https://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2016-06/ome.xsd

ㅇAll metadata fields

https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/6.5.1/metadata-summary.html#metadata-fields

https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/6.5.1/about/index.html#bio-formats-metadata-processing

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. Sample details for light microscopy

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-2-1-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Organism (생물종)	M	Text	설명(국문): 실험에 사용된 생물의 학명 예시: Homo sapiens
2	Brain region (뇌 영역)	M	Text	설명(국문): 기록된 뇌 영역 예시: whole brain, visual cortex
3	Type	M	Sub-항목	Cell: Tissue: Other:
4	Sample prep method (샘플 준비 방법)	M	Text	예시: Tissue was fixed with 2% glutaraldehyde and 2% formaldahyde in cacodylate buffer.

파트 2. 광학현미경 실험정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-2-1-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Exp_title	M	Text	설명(국문): 실험성격이 잘 드러나는 짧은 제목
2	Exp_date	M	Date	설명(국문): 실험이 수행된 날짜
3	InstitutionName	M	Text	설명(영문): The name of the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 이름
4	InstitutionAddress	M	Text	설명(영문): The address of the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 주소
5	Imaging Contrast	M	Index	Brightfield,Phase, DIC,HoffmanModulation, ObliqueIllumination, PolarizedLight, Darkfield, Fluorescence, Other
6	Imaging mode	M	Index	WideField, LaserScanningConfocalMicroscopy, SpinningDiskConfocal, SlitScanConfocal, MultiPhotonMicroscopy, StructuredIllumination, SingleMoleculeImaging, TIRF, FluorescenceLifetime, SpectralImaging, FCS, NearFieldScanningOpticalMicroscopy, SecondHarmonicGenerationImaging, PALM, STORM, STED, LCM, BrightField, SweptFieldConfocal, SPIM, Other
7	Instrument - Microscope	M	Sub-항목	Manufacturer: Model:
8	Instrument - LightSoure	O	Sub-항목	Manufacturer: Model: Wavelength: Power: Type:
9	Instrument - Dectector	O	Sub-항목	Manufacturer: Model: Type:CCD,IntensifiedCCD,AnalogVideo,PMT,Photodiode,Spectroscopy,LifetimeImaging,CorrelationSpectroscopy,FTIR,EMCCD,APD,CMOS,EBCCD,Other
10	Instrument - Objective	M	Sub-항목	Manufacturer: Model: Magnification: NA: Correcction:UV,PlanApo,PlanFluor,SuperFluor,VioletCorrected,Achro,Fluor,Fl,Fluar,Apo,PlanNeofluar,Other Immersion:Oil,Water,WaterDipping,Air,Multi,Glycerol,Other
11	Instrument - Filters	O	Sub-항목	ExFilter: Dichroic: EmFilter
12	Optical section (Z)	M	Y/N	설명(영문): if Yes, Section thickness (um)
13	Timelapse (T)	M	Y/N	설명(영문): if Yes, Frame rate (fps)
14	Sepctral coding (C)	M	Y/N	설명(영문): if Yes, Color infomation

파트 3. 이미지 포맷 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-2-1-3>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Data_type	M	Index	Raw: Process: 설명 입력 필요
2	Image format	M	Index	예시: TIFF, PNG, HDF5, DICOM, NIfTY 등
3	Image width	M	Num	픽셀수
4	Image height	M	Num	픽셀수
5	Pixel size	M	Num	um
6	Pixel type	M	Byte	int8, int16, int32, uint8, uint16, unit32, float, double, complex, double-complex, bit
7	Number of images	M	Num	설명(영문): Number of images
8	Color channels	M	Index	RGB:3colors Channel:numberofchannels
9	Spatial dimensions	M	Index	2D:Numberoffocalplanes 3D: Serialsection(Numberofplane,Sectionthickness) Tiltseries(Numberofplane,Tiltangle)
10	Time dimensions	M	Boolean	설명(영문): if Yes, Number of time points, Frame rate

5.2.2	전자현미경 데이터

□ (작성자) 한국뇌연구원 김기범, 한국뇌연구원 문지영

□ 설명: 전자현미경으로 획득되는 molecule에서 cell까지 수준의 raw 이미지 데이터

□ 작성에 참고한 자료

ㅇNature TECHNOLOGY FEATURE: https://www.nature.com/articles/d41586-020-00594-4

ㅇBioImage Archive: https://www.ebi.ac.uk/bioimage-archive/

ㅇEMPIAR schema: https://www.dropbox.com/s/w7544khbv6cerd1/empiar.html?dl=0

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. Sample details for electron microscopy

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-2-2-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Organism (생물종)	M	Text	설명(국문): 실험에 사용된 생물의 학명 예시: Homo sapiens
2	Brain region (뇌 영역)	M	Text	설명(국문): 기록된 뇌 영역 예시: whole brain, visual cortex
3	Type	M	Index	Molecule: Cell: Tissue: 뇌조직 cutting 위치, Vibratomy 위
4	Sample prep method (샘플 준비 방법)	M	Sub 항목	Fix solution: En bloc staining method: Resin embedding method: post-staining method:

파트 2. 전자현미경 실험정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-2-2-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Exp_title	M	Text	설명(국문): 실험성격이 잘 드러나는 짧은 제목
2	Exp_date	M	Date	설명(국문): 실험이 수행된 날짜
3	InstitutionName	M	Text	설명(영문): The name of the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 이름
4	InstitutionAddress	M	Text	설명(영문): The address of the institution in charge of the equipment that produced the composite instances. 설명(국문): Composite instance를 만든 기기를 관리하는 기관의 주소
5	Category	M	Index	Microgrape: SingleFrame,MultiFrame,TiltSeries,FocalPairs Particle:SingleFrame,MultiFrame Map:Stitchedmaps
6	Imaging method	M	Index	INSILICO, SXT, FIB-SEM, IHM, SBF-SEM, CLXM, MicroED, ATUM-SEM, TEM, High voltage EM
7	Instrument - Microsscope	M	Sub 항목	Manufacturer: Model:
8	Instrument - BeamSource	M	Sub 항목	Type: Power:Electronenergy(KeV) Scanspeedperpixel:
9	Instrument - ScanType	O	Index	Beam scan Sample scan
10	Instrument - Detector	M	Sub 항목	Manufacturer: Model: Type:Point,CCD
11	Serial section (Z)	M	Boolean	설명(영문): if Yes, Section thickness
12	Tilt series	M	Boolean	설명(영문): if Yes, Tilt angle, Range

파트 3. 이미지 포맷 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-2-2-3>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Data_type	M	Index	Raw: Processed:설명입력필요
2	Image format	M	Index	예시: TIFF, DM4, PNG, MRC, IMAGIC, HDF5, EER 등
3	Image width	M	Num	pixel
4	Image height	M	Num	pixel
5	Pixel size	M	Num	um 단위
6	Pixel type	M	Byte	int8, int16, int32, uint8, uint16, unit32, float32, bit
7	Number of images	M	Num	설명(영문): Number of images 설명(국문): 이미지 개수
8	Spatial dimensions	M	Index	2D: Numberofplanes 3D: Serialsection(Numberofplanes,Sectionthickness) Tiltseries(Numberofplanes,Tiltangle)
9	Color channels	M	Index	RGB:3colors Channel:numberofchannels

5.3	기타 뇌과학 데이터

5.3.1	동물 생체신호 데이터

□ (작성자) 서울대학교 이용석, 한국뇌연구원 구자욱, 울산과학기술원 김성필, 김형

□ (설명) 실험동물의 뇌에서 측정한 전기-화학적 생체신호 데이터. 세포에서 측정하거나, 뇌절편에서 측정하거나, 또는 행동 중에 측정하는 경우를 포함함

□ 참고 자료

ㅇNeurotycho (http://neurotycho.org/)

일본 RIKEN Dr. Naotaka Fujii가 개발하고 주로 원숭이 ECoG 결과를 수집

다양한 행동 수행 중 얻어진 ECoG 결과 수록

외부 그룹 참여 미비

ㅇCollaborative Research in Computational Neuroscience (https://crcns.org/)

여러 동물 모델에서 얻어진 extracellular recording, ECog, EEG 결과 수집

상위 분류 level에서는 포유류 뇌 부위, 기타 동물(조류, 곤충, 군소 등)

하위 분류는 개별 실험 별로 분류

개별 실험 안에는 다음 내용 포함: 실험에 대한 정보(세포, 자극, 데이터 포맷), Conditions(데이터 사용에 대한 조건), 데이터 다운로드

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. Sample details

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-3-1-1>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

값

도움말

1

Organism

(생물명)

M

Text

설명(국문): 실험에 사용된 생물의 학명

예시: Homo sapiens

1

Brain region

(뇌 영역)

O

Text

설명(국문): 기록된 뇌 영역

예시: whole brain, visual cortex

2

Sample type

(샘플 종류)

M

Text

설명(국문): 실험에 적용된 시료의 속성

예시: Cell, Tissue, in vivo

3

Dimension

(측정 항목)

O

Index

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	전기신호
2	화학신호(Dopamine, BDNF, calcium, etc)
3	활성이미지
4	분광이미지
5	기타

4

Range

(측정 범위)

O

Index

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	LFP
2	Single unit multi-channel
3	기타

파트 2. 동물 생체신호 실험정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 5-3-1-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	값	도움말
1	Exp_title (실험제목)	M	Text	설명(국문): 실험성격이 잘 드러나는 짧은 제목
2	Exp_date (실험날짜)	M	Date	설명(국문): 실험이 수행된 날짜 예시: 2020.02.23
3	Exp_place (실험장소)	M	Text	설명(국문): 실험이 수행된 장소
4	Exp_apparatus (실험기기)	M	Sub 항목	Manufacturer: Model: Description:
5	Pretreatment or Taskname (전처리 및 행동실험)	O	Sub 항목	설명(국문): 측정전 전처리 실험 및 수행한 행동 실험: 예)Visual grating task 행동실험설명: 예Monkey was sitting with head fixed. His armmotion was also restrained. ECoG data and eye position were recorded. There was a monitor in front of the monkey. Grating pattern that moves in eight direction was presented on the screen. There was no fixation required. Blank and stimulus pattern were switched alternatively every 2sec. Stimulus events can be decoded from 129 th channel by analog value. ECoG data were sampled at 1KHz. One cycle of sinusoid pattern was 27mm with speed at 108mm/sec(4Hz). Distance between monkey and screen was 490mm.
6	Recording probe (기록 전극)	M	Sub 항목	Manufacturer: Model: 설명: 예)10x10 extra cellular electrode arrays
7	Amplifier (증폭기)	M	Sub 항목	Manufacturer: Model: 설명: 예)Neuralynx Digital Lynx 16SX
8	Acquisition software (데이터 수집 프로그램)	M	Text	설명(국문): 사용한 수집 프로그램 예)custom Matlab code
9	Data type (전기생리 데이터 타입)	M	Sub 항목	설명(국문): 기록한 데이터 타입 예)ECoG 파일형식 예)Matlab

6	의료기기 연구 분야

6.1	의료기기 연구 기본 정보

□ (작성자) 헬스올 도형호, 범부처전주기의료기기사업단 김법민

□ (설명) 본 등록양식은 의료기기 및 이를 이용한 시험연구에 대한 기본적인 정보를 등록할 때 사용되며, 생체신호/의료영상 등 특정 실험 데이터가 어떤 기기 및 연구 디자인에 따라 생성되었는지를 알려주는 기초 정보를 수록함

□ 작성에 참고한 자료

구분	참고 자료
ClinicalTrials.gov (NIH의 임상시험 DB)의 등록 데이터 양식	임상시험 등록 및 결과정보 제출 요건: https://clinicaltrials.gov/ct2/manage-recs/fdaaa#WhenDoINeedToRegister
	임상시험 결과 제출 방법: https://clinicaltrials.gov/ct2/manage-recs/how-report
	임상시험 결과 데이터 요소 정의: https://prsinfo.clinicaltrials.gov/results_definitions.html#Result_ParticipantFlow
	(예시1) 우울증에 대한 모바일 중재 인공지능 임상시험(AIM) https://clinicaltrials.gov/ct2/show/results/NCT02801877?rslt=With&cond=artificial+intelligence&draw=2&rank=1
	(예시2) 응급실 폐렴 진단을 위한 흉부 X-ray와 폐 초음파 무작위 대조 비교시험 https://clinicaltrials.gov/ct2/show/results/NCT01909180?rslt=With&cond=x-ray&draw=2&rank=2
	(예시3) ENABLEMRI(Magnetic Resonance Imaging) (ENABLE-MRI) https://clinicaltrials.gov/ct2/show/results/NCT02652481?rslt=With&cond=MRI&draw=2&rank=9
비임상시험 관련 데이터 등록 항목	국내 식약처 비임상시험 제도(GLP)
	생물학적 안전성 시험(ISO10993)

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 6-1>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Study name

(연구제목)

M

설명(국문): 연구 제목

2

Summary

(연구요약)

M

설명(국문): 연구에 대한 요약

3

Medical devices

(시험/연구용 의료기기)

O

설명(국문): 안전성·유효성을 확인하고자 하는 시험 또는 연구용 의료기기의 제품명/모델명. 프로토타입 등의 경우, 개발 중인 제품명/모델명 기입

4

Type of medical devices

(의료기기 분류)

M

설명(영문): The type of medical device

가능한 값: 다음 중 선택(택일)

No	대분류명
1	방사선 영상진단기기
2	생체계측기기
3	체외진단기기
4	진료장치
5	마취 및 호흡기기
6	전동식(active) 수술 및 치료기기
7	비전동식(non-active) 수술 및 치료기구
8	정형용품
9	내장기능대용기(인공장기)
10	의료영 경
11	의료용품
12	치과용 기기·기계
13	치과재료
14	가정용 치료기기
15	재활기기
16	체외진단용 시약

* 한국보건산업진흥원의 의료기기 유형별 분류에 따름

5

Classification of medical devices

(의료기기 품목 및 등급)

O

설명(국문): 식약처 의료기기 품목 및 품목별 등급이 나와 있는 경우만 입력

가능한 값: 다음 중 선택(복수 선택 가능)

대분류	대분류 명	중분류	중분류 명	소분류	소분류 명	등급
A	기구·기계 Medical Instruments	A01000	진료대와 수술대	A01010.01	범용수동식진료대	1
				A01010.02	범용수동유압식진료대	1
···	···	···	···	···	···	···

6

Manufacturer

(제조소)

O

설명(국문): 시험/연구용 의료기기 제조소

7

UDI type

(의료기기 고유식별코드 타입)

O

설명(국문): 의료기기 표준식별코드 종류. UDI(Unique Device Identifier)는 의료기기 제조 및 수입업자가 의료기기에 표시하는 자동식별코드로서 제조/수입/유통/사용 등 의료기기 제품 전주기에 대한 정보를 수집 및 관리하는 시스템임. UDI는 UDI-DI(Device Identifier)와 UDI-PI(Production Identifier)의 조합으로 구성되는데, 우리나라의 경우 대한상공회의소 유통물류진흥원에서 발급함(GS1의 경우)

예시: GS1-128, HIBCC, ICCBBA 등

8

UDI code

(의료기기 고유식별코드)

O(M)

설명(국문): 의료기기 표준식별코드 입력(DI/PI). 도입한 등급의 의료기기부터 우선. UDI 사용 의무적용 기간이 의료기기 등급에 따라 상이하며, 국외 제조 의료기기의 경우 UDI를 우선 적용한 제품이 있어 Optional 또는 국내 의무 적용 후는 Mandatory로 기입

9

Dept in healthcare organization used in

(의료기관에서 사용되는 부서)

O

예시: 다음 등과 같은 값을 입력(복수 입력 가능)

예시

호흡기 내과

순환기 내과

소화기 내과

진단검사의학과

방사선종양학과

가정

운동시설

기타

10

Target body site or specimen

(대상이 되는 신체부위 혹은 검체)

M

예시: 다음 등과 같은 값을 입력(복수 입력 가능)

예시

혈액

소변

타액

머리

가슴

해당 없음

11

Data

(측정 데이터)

M

설명(국문): 의료기기를 통해 수집하고자 하는 데이터

예시: ECG, 의료영상, 혈당 등

12

Data type

(데이터 표준)

O

설명(국문): 수집되는 데이터의 종류 및 표준

예시: DICOM, HL7 등

13

Data exchange with computer systems

(데이터 연동 여부)

O

설명(국문): 병원정보시스템(HIS) 등과 수집 데이터의 연동

14

Publications

(간행물(논문 등))

O

설명(국문): 해당 시험/연구를 통해 발행한 논문 등

15

Advance research

(사전 연구)

O

설명(국문): 수행한 (또는 수행하고자하는) 시험/연구 관련 선행 연구

16

Trial type

(시험/연구 종류)

M

가능한 값: 다음 중 선택(택일)

No	시험 종류
1	임상시험(IIT)
2	임상시험(SIT)
3	임상시험(PMS)
4	비임상시험(또는 성능평가)

비고: 이 항목의 값이 임상시험이면 이 테이블의 항목 17-39를 입력하며, 비임상시험이면 항목 40-46을 입력함

17

Study design

(임상시험 설계)

M

설명(국문): 임상시험 설계에 대한 요약. 다음과 같은 사항을 작성

구분	내용
샘플링 방법	무작위 추출 등
검증방법	비열등성 시험 등
시험 방법	교차설계/평행설계 등

18

Study stage

(임상시험 단계)

O

설명(국문): 임상시험 단계

가능한 값: 다음 중 선택(택일)

No	가능한 값	설명
1	PoC study	개념입증연구
2	Feasibility study	탐색연구
3	Pivotal study	확증연구(허가목적)
4	PMS	시판 후 연구

19

Participants

(임상시험 대상자)

M

설명(국문): 임상시험 대상 질환/연령 및 인원(개체 수) 등

20

Initial participants

(최초 등록된 피험자)

M

설명(국문): 임상시험 참가자(피험자) 수 (남·여/연령 등 기본사항 기입)

예시:

기준		피험자 수
연령	총 합
	<= 18세
	18~65세
	>= 65세
성별	남
	여

21

Completed participants

(최종 완료한 피험자)

M

설명(국문): 임상시험 참가자(피험자) 수 (남·여/연령 등 기본사항 기입)

예시:

기준		피험자 수
연령	총 합
	<= 18세
	18~65세
	>= 65세
성별	남
	여

22

Inclusion criteria

(선정기준)

M

설명(국문): 임상시험 피험자 선정 기준

23

Exclusion criteria

(제외기준)

M

설명(국문): 임상시험 피험자 제외 기준

24

Start date

(임상시험 시작일자)

M

설명(국문): 임상시험 첫 실시 날짜(첫 번째 피험자 시작)

25

End date

(임상시험 종료일자)

M

설명(국문): 임상시험 실시 최종 날짜(마지막 피험자 시험 종료)

26

Sponsor

(의뢰자)

O

설명(국문): SIT/PMS 등 의뢰자가 있을 시 입력

27

Clinical trial institution

(실시기관)

M

설명(국문): 임상시험 실시기관

28

IRB

(Institutional Review Board)

(임상시험연구윤리위원회)

M

설명(국문): 단일/다기관 임상시험 시 임상시험 계획서를 승인받은 IRB

29

CRO

(Contract Research Organization)

(임상시험 수탁기관)

O

설명(국문): CRO 연계 실시 경우, 위탁한 CRO 입력

30

Adversed event

(이상사례)

M

설명(국문): 임상시험 실시 중(또는 실시 후) 발생한 부작용 및 이상사례

구분	세부내용
이상사례 종류	사망이나 생명에 위협을 주는 부작용을 초래한 경우 입원 또는 입원기간의 연장이 필요한 경우 회복이 불가능하거나 심각한 불구 또는 기능 저하를 초래하는 경우 선천적 기형 또는 이상을 초래하는 경우 기타
최초 발견	최초 발견 일자
조치사항	연구책임자의 조치사항
결과	조치 후 결과

31

Control devices

UDI type

(대조군 고유식별코드 종류)

O

설명(국문): GS1-128/Datamatrix, HIBCC, ICCBBA 등 (1차원/2차원 바코드 및 RFID 포함)

32

Control devices

UDI code

(대조군 고유식별코드)

O(M)

설명(국문): 의료기기 표준식별코드 입력(DI/PI). 도입한 등급의 의료기기부터 우선. UDI 사용 의무적용 기간이 의료기기 등급에 따라 상이하며, 국외 제조 의료기기의 경우 UDI를 우선 적용한 제품이 있어 Optional 또는 국내 의무 적용 후는 Mandatory로 기입

33

Control devices

(대조군 의료기기)

O

설명(국문): 임상시험에서 안전성·유효성을 확인하고자 하는 의료기기의 대조군으로 지정된 의료기기의 제품명/모델명

34

Classification of control devices

(대조군 품목 및 등급)

O

설명(국문): 식약처 의료기기 품목 및 품목별 등급이 나와 있는 경우만 입력

가능한 값: 다음 중 선택(복수 선택 가능)

대분류	대분류 명	중분류	중분류 명	소분류	소분류 명	등급
A	기구·기계 Medical Instruments	A01000	진료대와 수술대	A01010.01	범용수동식진료대	1
				A01010.02	범용수동유압식진료대	1
···	···	···	···	···	···	···

35

Control device manufacturer

(대조군 제조소)

O

설명(국문): 대조군 제품 제조사(또는 수입사)

36

CRF (Case Report Form)

(증례기록서)

M

설명(국문): 임상시험에 사용된 증례기록서

37

Questionnaire

(설문지)

O

설명(국문): 임상시험에 사용된 설문지

38

Software

(소프트웨어)

O

설명(국문): 임상시험에 사용되는 의료기기와 연동되는 소프트웨어(제품명/제조소/설명)

39

Statistical test

(통계분석법)

M

설명(국문): 임상시험 결과를 분석한 통계분석법

40

Non-Clinical trial institution

(비임상시험 실시기관)

O

설명(국문): 비임상시험 실시기관명(식약처 지정 기관)

No	비임상시험 실시기관(20.08.28 기준)
1	(재)한국화학융합시험연구원 화순
2	한국산업기술시험원(KTL)
3	㈜켐온 비임상연구소
4	대구경북첨단의료산업진흥재단 첨단의료기기개발지원센터
5	(재)한국건설생활환경시험연구원 바이오본부
6	(재)오송첨단의료산업진흥재단
7	(재)한국기계전기전자시험연구원
8	(재)한국화학융합시험연구원
9	㈜디티앤씨알오
10	서울대학교치과병원 치의생명과학연구원 치과재료기기평가센터

41

Performance evaluation institution

(성능평가 검사기관)

O

설명(국문): 성능평가 검사기관

42

Object animal

(비임상시험 대상)

M

설명(국문): 비임상시험 대상

예시: 영장류, 토끼, 돼지 등

43

Classification by contact type with subject

(대상과의 접촉방식에 따른 분류)

M

설명(국문): 비임상시험에 사용되는 의료기기 종류

No	구분
1	표면접촉 의료기기
2	체내외 연결 의료기기
3	이식 의료기기
4	비접촉 의료기기

44

Contact area

(접촉부위)

M

설명(국문): 비임상시험에 사용되는 의료기기의 본래 의도된 용도에 따라 사용되는(접촉되는) 부위

분류	접촉부위
표면접촉 의료기기	피부
	점막
	파열 또는 외상 표면
체내외 연결 의료기기	간접적 혈액경로
	조직, 뼈 및 상아질
	순환혈액
이식 의료기기	조직, 뼈
	혈액
비접촉 의료기기	기타

45

Contact period

(접촉기간)

M

설명(국문): 비임상시험에 사용되는 의료기기의 본래 의도된 용도에 따라 사용되는 접촉기간

No	구 분
1	제한적(24시간 이하)
2	연장(24시간 초과 ~ 30일 이하)
3	영구적(30일 초과)
4	비접촉(기타)

46

Study design

(비임상시험 설계)

M

설명(국문): 비임상시험 설계에 대한 요약

구분	내용
유전·발암·생식 독성 시험	유전독성시험 발암성시험 생식·발생독성시험
혈액 적합성 시험	체내시험 체내·외 순한시험 체외시험
세포 독성 시험	용출물시험 직접 접촉에 의한 시험 간접 접촉에 의한 시험
이식시험	피하조직 내 이식 근육 내 이식 골조직 내 이식
잠재적 분해산물의 확인 및 정량	- 생분해 시험
자극성과 피부감작성 시험	자극성 시험 피부감작성 시험 (지연성 과민반응)
전신 독성시험	급성전신독성시험 반복노출전신독성시험 발열성시험
분해산물과 용출물에 관한 독성동태 시험	독성동태시험
기타시험	면역독성시험 기타 국제적으로 인정하는 시험

6.2	체외진단기기 연구 데이터

□ (작성자) 헬스올 도형호, 가천대 김광기

□ (설명) 본 등록양식은 체외진단기기(IVD: In Vitro Diagnostics)를 포함한 임상검사용 의료기기 데이터를 등록할 때 쓰임

□ 작성에 참고한 자료

구분	참고 자료
LOINC	LOINC (Logical Observation Identifiers Names and Codes): https://loinc.org/
임상검사실 데이터 관련 표준	CLSI (Clinical & Laboratory Standards Institute): https://clsi.org/
	POCT1A (Point-of-Care Test Connectivity)
	IHE (Integrating the Healthcare enterprise): https://ihe.net/
	LAW (Laboratory Analytical Workflow)

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 체외진단기기 device type

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 6-2-1>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Purpose of medical devices

(기기의 용도)

M

No	분류
1	진단용
2	치료용
3	건강관리
4	미용
5	...

설명: The Purpose of medical device

2

Classification of medical devices

(의료기기 품목 및 등급)

M

설명: 식약처 의료기기 품목에 따른 분류

대분류	대분류명	중분류	중분류명	소분류	소분류명	등급
A	기구 기계[기구·기계]	A58060	의료용 소식자	A58060.01	체외형의료용전극	1
...	...	...	...	...	...	...

가능한 값: 복수 선택

3

Physical agent used in device

(디바이스에서 센싱을 위해 사용되는 물리적 에너지 형태)

M

No	분류
1	적외선
2	고주파
3	LED
4	Micro current
5	초음파
6	Laser
7	온열
8	원적외선
9	체외충격파
10	저주파
...	...

가능한 값:

4

Wearable type

(착용형태)

M

No	분류
1	목걸이
2	안경
3	머리밴드
4	반지
5	벨트
6	손목밴드
7	패치
8	...

가능한 값:

5

Measured parameters

(측정파라미터)

M

No	분류
1	체온
2	심박수
3	심전도
4	산소포화도
5	혈당
6	혈압
7	혈류...
8	호흡수
9	피부전기반응
10	안압
11	...

가능한 값:

6

Clinical trials

(임상시험 단계 등)

O

설명: 임상시험 여부 및 단계 등

7

Target disease

(타겟 질병 등)

O

비고: KCD-8 분류법에 따름

8

Product name/model number

(제품명/모델명)

M

예시: 제품명: MFDS-1, 모델명: MD-01

9

Product size

(본체치수)

M

예시:

구분	내용 (예시)
본체 치수 (W*D*H), (mm)	316 * 325 * 188 (mm)
본체 중량 (kg)	5kg

10

Component size

(구성품 치수)

O

설명: 구성품의 치수 및 중량

예시:

구성품명칭	구분	내용 (예시)
본체배터리	구성품 치수 (W*D*H)	리튬폴리머배터리, 00V 00 * 00 * 00 (mm)
...	...	...

11

전기적 정격

M

예시:

항목	내용 (예시)
정격전압 (V)	DC 00V
소비전력 (W)	00W

12

Purpose of use

(사용목적)

M

설명: 기기의 사용목적을 근거자료에 따라 기재 (Text)

예시: 환자의 각종 생체정보 현상을 감시하는 기구로서 유해한 경우에 시·청각 경보를 발생

13

Working conditions

(작동조건)

M

설명: 안정성이 보장될 수 있는 작동조건

예시:

항목	내용 (예시)
온도 (℃)	10~30℃
기압 (㍱)	700~1060 ㍱

14

Storage conditions

(보관 및 운송조건)

M

예시:

항목	내용 (예시)
온도 (℃)	10~30℃
습도 (%)	0~95%
기압 (㍱)	700~1060 ㍱

15

Expiration date

(사용기간)

M

No	분류
1	6 개월
2	1 년
3	3 년
4	5 년
5	해당사항 없음

가능한 값: 다음 중 택일

16

Manufacturer informations

(제조원)

M

설명: 제조사 정보 기재 (실험실의 경우 실험실 정보 기재)

예시:

제조국	상호	주소
한국	(주)오송의료기기	서울시 은평구 불광동 123번지

17

Power

(본체전원)

M

예시: 리튬 폴리머 배터리 / 동작시간 : 약 0시간 / 충전시간 : 약 0시간

18

Data storage capacity

(측정신호 저장용량 (Mb))

O

비고: 0000 Mb

19

Data output port

(출력포트)

O

예시: 프린터 포트, USB 802

20

Display type

(디스플레이 타입)

M

예시: 컬러 VGA 리퀴드 크리스탈 디스플레이, 5-wire 터치스크린

21

Display screen size

(디스플레이 스크린크기 (인치))

O

예시: 00인치

22

Display resolution

(디스플레이 해상도)

O

예시: 640 × 480 픽셀

23

Display sweep speed

(디스플레이 스윕속도)

O

예시: 00mm/s, 디스플레이 00초

24

Alarm dB

(알림신호 음량 (dB))

O

예시: 40~70 dB

파트 2. 체외진단기기 연구

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 6-2-2>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Analyte/Component

(분석 성분의 이름)

M

설명(국문): 체외진단기기에서 지원하는 기본적인 분석 성분의 이름

예시: SARS coronavirus+SARS coronavirus 2 Ag

2

Kind of property of observation or measurement

(제공하는 분석의 속성)

O

설명(국문): 제공하는 분석결과의 속성을 표현

예시:

예시

질량 중심(Mass concentration)

물질 중심(Substance concentration)

유무 혹은 임계치(Presence or threshold)

3

Time aspect

(검사 시간)

O

설명(국문): 체외진단의 시점 혹은 시간 간격

예시:

예시

특정시점(point in time)

시점1회(Episode)

5분(5 min)

비고: 복수 입력 가능

4

System/Sample

(검체 종류)

O

설명(국문): 검사기기에 사용되는 검체의 종류

예시:

예시

동맥혈(Arterial blood)

전혈(Whole blood)

제대혈(Cood blood)

머리카락(Hair)

소변(Urine)

혈청(Serum)

호흡(Respiration)

타액(Saliva)

비고: 복수 입력 가능

5

Scale type

(측정 스케일)

O

설명(국문): 검사의 측정값에 대한 단위 혹은 스케일

예시:

예시

양(Quantitative)

범주형 응답, 서수(Ordinal)

서술형(Narrative)

비고: 복수 입력 가능

6

Method type

(검사방법)

O

설명(국문): 검사 및 분석 방법

예시:

예시

IA.rapid

RNA probe

Probe.amp.tar

Test strip

비고: 복수 입력 가능

7

Reagent type

(시약의 종류)

O

설명(국문): 시약의 종류

예시: 스트립

비고: 복수 입력 가능

8

Amplification

(증폭 기술)

O

설명(국문): 증폭 기술

비고: 복수 입력 가능

9

Preprocessing

(전처리 기술 분류)

O

설명(국문): 핵산 추출 등 검체 전처리 기술

예시:

예시

용해(Lysis)

용출(Elution)

비고: 복수 입력 가능

10

Analysis tech

(분석 기술)

O

설명(국문): 분석에 사용되는 기술

예시:

예시

전기 화학(Electro-chemical)

면역 크로마토그래피(Immuno-chromatography)

비고: 복수 입력 가능

11

Utilized sensor

(사용된 센서)

O

설명(국문): 체외진단기기에 포함된 센서 종류

예시:

예시

광학센서

분석센서

광분할센서

비고: 복수 입력 가능

12

Format for representing observation value

(관찰값 표현 포맷)

O

설명(국문): 관찰값 표현을 위해서 사용되는 포맷

예시:

예시

요약한 데이터(Encapsulated Data)

개체 식별자(Entity Identifier)

수(Numeric)

참조 포인터(Reference Pointer)

구조화된 수(Structured Numeric)

문자열 데이터(String Data)

텍스트 데이터(전시)(Text Data(Display))

그래프(Graph)

원시값(Raw data)

이미지(Image)

비고: 복수 입력 가능

6.3	의료영상 데이터

□ (작성자) 고려대학교 성준경(MRI, PET), KAIST 예종철(CT, 초음파)

□ (설명) 본 등록양식은 MRI, PET, CT, 초음파 의료영상 데이터를 등록할 때 쓰임

□ 작성에 참고한 자료

ㅇ ADNI* 데이터 양식

* Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative; http://adni.loni.usc.edu/

6.3.1	MRI 데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 6-3-1>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

MRI/PET 공통 정보

1

ColorType

M

예시: grayscale

2

AcquisitionDate/Time

M

설명(영문): date and time of image acquisition

3

Modality

M

예시:

예시

MR

PT

4

Manufacturer

M

예시: SIEMENS

5

InstitutionName

M

예시: OHSU AIRC

6

StudyDescription

M

예시: ADNI3 Basic Prisma^ADNI3 Basic

7

SeriesDescription

M

예시: Accelerated Sagittal MPRAGE

8

ManufacturerModelName

M

예시: Prisma_fit

9

PatientID

O

설명(영문): ID of the patient

설명(국문): 환자의 ID

10

PatientSex

M

설명(영문): Sex of the patient

설명(국문): 환자의 성별

11

PatientAge

M

설명(영문): Age of the patient

설명(국문): 환자의 나이

12

PatientSize

O

설명(영문): Size of the patient

설명(국문): 환자의 크기

13

PatientWeight

O

설명(영문): Weight of the patient

설명(국문): 환자의 몸무게

14

BodyPartExamined

M

예시: BRAIN

15

SliceThickness

M

설명(영문): Thickness of each slice

설명(국문): 슬라이스의 두께

16

DeviceSerialNumber

O

예시: 4X3InxozVe8I

17

SoftwareVersion

O

예시: 9.5.1\PMSPT1.44

MRI 특이 정보

18

ScanningSequence

M

예시: GR\IR

19

SequenceVariant

O

예시: SK\SP\MP

20

ScanOptions

O

예시: IR

21

MRIAcquisitionType

M

예시: 3D

22

SequenceName

O

예시: *tfl3d1_16ns

23

RepetitionTime

M

예시: 2300

24

EchoTime

M

예시: 2.9500

25

InversionTime

M

예시: 900

26

ImagingFrequency

M

예시: 123.2581

27

EchoNumber

M

예시: 1

28

MagneticFieldStrength

M

예시: 3

29

NumberOfPhaseEncodingSteps

M

예시: 239

30

ProtocolName

M

예시: Accelerated Sagittal MPRAGE

6.3.2	PET 데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 6-3-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
MRI/PET 공통 정보
1	ColorType	M	예시: grayscale
2	AcquisitionDate/Time	M	설명(영문): date and time of image acquisition 설명(국문): 이미지를 획득한 날짜 및 시간
3	Modality	M	예시: MR, PT
4	Manufacturer	M	예시: SIEMENS
5	InstitutionName	M	예시: OHSU AIRC
6	StudyDescription	M	예시: ADNI3 Basic Prisma^ADNI3 Basic
7	SeriesDescription	M	예시: Accelerated Sagittal MPRAGE
8	ManufacturerModelName	M	예시: Prisma_fit
9	PatientID	O	설명(영문): ID of the patient 설명(국문): 환자의 ID
10	PatientSex	M	설명(영문): Sex of the patient 설명(국문): 환자의 성별
11	PatientAge	M	설명(영문): Age of the patient 설명(국문): 환자의 나이
12	PatientSize	O	설명(영문): Size of the patient 설명(국문): 환자의 크기
13	PatientWeight	O	설명(영문): Weight of the patient 설명(국문): 환자의 몸무게
14	BodyPartExamined	M	예시: BRAIN
15	SliceThickness	M	설명(영문): Thickness of each slice 설명(국문): 슬라이스의 두께
16	DeviceSerialNumber	O	예시: 4X3InxozVe8I
17	SoftwareVersion	O	예시: 9.5.1\PMSPT1.44
PET 특이 정보
18	ReconstructionDiameter	M	설명(영문): Diameter of the region within which the data was used in creating the reconstruction of the image
19	FieldOfViewShape	M	설명(영문): Shape of the field of view of the PET camera
20	FieldOfViewDimensions	M	설명(영문): Dimension of the field of view of the PET camera
21	CollimatorType	O	설명(영문): Type of the collimator 설명(국문): 시준기(collimator)의 타입
22	ActuralFrameDuration	M	설명(영문): Elapsed time of the data acquisition 설명(국문): 데이터 획득에 걸린 시간
23	PatientPosition	M	설명(영문): Patient position descriptor relative to the equipment 설명(국문): 기기를 기준으로 한 환자의 포지션에 대한 설명

6.3.3	CT 데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 6-3-3>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	KVP	O	설명(국문): X-ray 제너레이터 출력 전압의 최고값 예시: 120KVP
2	DataCollectionDiameter (데이터 획득 지름)	O	설명(국문): 데이터를 획득한 지름 예시: 500mm
3	ReconstructionDiameter (복원 지름)	O	설명(국문): 복원에 사용된 부분의 지름 예시: 303mm
4	Distance Source to Detector (소스와 디텍터간의 거리)	O	설명(국문): 소스와 디텍터 간의 거리 예시: 1040mm
5	Distance Source to Patient (소스와 환자간의 거리)	O	설명(국문): 소스와 환자간의 거리 예시: 570mm
6	Exposure Time (노출 시간)	O	설명(국문): X-ray 노출 시간 예시: 326ms
7	X-Ray Tube Current (X-ray 튜브 전류)	O	설명(국문): X-ray 튜브 전류 예시: 282mA
8	Revolution Time (회전 시간)	O	설명(국문): 갠트리의 총 회전 시간 예시: 0.3300s
9	Table Speed (테이블 속도)	O	설명(국문): 1초당 이동한 테이블의 거리 예시: 123mm
10	Table Feed per Rotation (회전 당 테이블 이동)	O	설명(국문): 소스의 한 바퀴 회전 당 테이블의 이동 거리 예시: 64,96mm
11	Rescale Intercept (리스케일 절편)	M	설명(국문): 저장된 값과 출력간의 관계에서의 절편 예시: -1024
12	Rescale Slope (리스케일 기울기)	M	설명(국문): 저장된 값과 출력간의 관계에서의 기울기 예시: 1
13	Rescale Type (리스케일 타입)	M	설명(국문): 출력 값의 단위 예시: OD (optical density), HU (Hounsfield Units)
14	Slice Thickness (슬라이스 두께)	M	설명(국문): 슬라이스 두께 예시: 1mm
15	Image Position (이미지 위치)	M	설명(국문): 왼쪽 위 voxel의 x, y, z 좌표 예시: (-156.6510, 9.0380, 497.4700)
16	Pixel Spacing (픽셀 간격)	M	설명(국문): 인접한 픽셀간의 물리적 거리 예시: (0.5918, 0.5918) mm
17	Rows (행)	M	설명(국문): 이미지의 행의 수 예시: 512
18	Columns (열)	M	설명(국문): 이미지의 열의 수 예시: 512
19	Acquisition Type (획득 종류)	M	설명(국문): 획득 방법에 대한 설명 예시: SEQUENCED, SPIRAL

6.3.4	초음파 데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 6-3-4>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Manufacturer (제조사)	M	설명(국문): 초음파기기 제조사 예시: Alpinion
2	Machine model (기기 모델)	M	설명(국문): 초음파기기 모델 예시: E-Cube12R
3	Probe model (프로브 모델)	M	설명(국문): 트랜스듀서 모델 예시: L3-12H
4	Scan wave mode (스캔 모드)	M	설명(국문): 스캐닝 방식 예시: Focus
5	Element number (송/수신기 개수)	M	설명(국문): 센서의 개수 예시: 192
6	Tx element number (송신기 개수)	M	설명(국문): 송신기 개수 예시: 128
7	Rx element number (수신기 개수)	M	설명(국문): 수신기 개수 예시: 64
8	Element pitch (송/수신기 중심 간격)	M	설명(국문): 센서 중심사이 거리 예시: 0.2mm
9	Element height (송/수신기 높이)	O	설명(국문): 센서 높이 예시: 0.3mm
10	Element width (송/수신기 넓이)	M	설명(국문): 센서 넓이 예시: 0.14mm
11	Element kerf (송/수신기 간격)	O	설명(국문): 센서 사이 거리 예시: 0.06mm
12	Transmit event number (송신 횟수)	M	설명(국문): 송신 횟수 예시: 96
13	Speed of sound (사운드 스피드)	M	설명(국문): 사운드의 속도 예시: 1540m/s
14	Center frequency (중심 주파수)	M	설명(국문): 송신 주파수 예시: 8.5MHz
15	Sampling frequency (샘플링 주파수)	M	설명(국문): 샘플링 주파수 예시: 40MHz
16	Axial depth (축 방향 깊이)	M	설명(국문): 스캔 깊이 예시: 45mm
17	Lateral length (측면 길이)	M	설명(국문): 스캔 측면 길이 예시: 38.4mm
18	Focal depth (포커스 깊이)	O	설명(국문): 포커스 부분 위치 예시: 15.0mm
19	Power (파워)	M	설명(국문): 송신 파워 예시: 60V
20	Dynamic range (동적 범위)	O	설명(국문): 이미지 동적 범위 예시: 60dB
21	Other technique (다른 기술)	O	설명(국문): 다른 기술 예시: Spatial Compounding

6.4	의료기기 생체재료 정보

□ (작성자) 서울대학교 황석연, POSTECH 장진아

□ (설명) 본 등록양식은 의료기기의 생체재료 구성 및 구조에 대한 정량적 항목들로 구성됨

□ 작성에 참고한 자료

ㅇ 미국 FDA medical device databases:  https://www.fda.gov/medical-devices/device-advice-comprehensive-regulatory-assistance/medical-device-databases

ㅇ 조직수복용생체재료의 국제표준화기술문서 작성 가이드라인(식약처 의료기기심사부, 2018.8)

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 6-4>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

화학적 구성 요소 (Chemical Composition)

1

Main Ingredients

M

설명(국문): Main Ingredients의 company information, catalog number를 기입

2

Purity of Trace Elements

M

설명(국문): 생체재료 합성후 purity를 나타내는 값으로 ppm(part per million) 단위로 기재

3

Catalysis

M

설명(국문): 생체재료 합성에 사용한 촉매 종류 및 정보를 기입

4

Low MW components

M

설명(국문): Water, solvent 정보를 기입

5

Test method for chemical composition

M

설명(국문): 생체재료 고유의 화학적 구성 요소 측정 방법을 기입

예시:

예시

NMR

GC

HPLC

분자 구조 (Molecular Structure)

6

Polymer bending

M

설명(국문): 생체재료의 ductility 특성을 측정한 값

7

Branched, Linear, or Crosslinked

M

설명(국문): 분자 구조가 linear, branched, 또는 crosslinked 된 것인지에 대한 내용

8

Copolymer branch length

O

설명(국문): 공중합체 특성을 가진 생체재료의 경우 branch의 길이(크기)에 대한 정보를 기입

9

Copolymer conversion

O

설명(국문): FTIR등을 이용하여 획득한 degree of conversion 정보를 기입

10

Mn, MW, Polydispersity

M

설명(국문): 고분자 size를 알기 위한 Mn, Mw, Polydispersity

11

Test method for molecular structure

M

설명(국문): 생체재료의 분자구조 분석 방법을 기입

예시:

예시

NMR

GOC

Solubility

Swelling

Viscosity

NMR

형태 (초분자 구조)(Morphology (Supermolecular Structure))

12

% Crystallinity

M

설명(국문): X-ray diffraction등의 측정 방법을 통해 확보한 값을 % 단위로 기입

13

Types and amount of phases

M

설명(국문): 생체재료의 상(phase) 타입 및 상평형에 대한 정보를 기입

14

Test method for morphology

M

설명(국문): 생체재료의 분자구조 분석 방법을 기입

예시:

예시

NMR

GOC

Solubility

Swelling

Viscosity

NMR

복합구조(Composite Structure)

15

Types of structure

M

설명(국문): 복합구조 생체재료의 종류를 기입

예시

Laminate structure

Reinforcement structure

Coating

16

Laminate structure: Thickness each polymer

M/O

설명(국문): laminate구조의 생체재료의 각 재료의 두께를 기입

17

Laminate structure: Orientation and stacking sequence

M/O

설명(국문): laminate구조의 생체재료의 각 재료의 적층 순서 및 방향 정보를 기입

18

Laminate structure: Number of Plies

M/O

설명(국문): laminate구조의 생체재료의 각 재료의 층수를 기입

19

Reinforcement structure: position- Location

M/O

설명(국문): reinforcement 생체재료의 강화 위치 기입

20

Reinforcement structure: position- Orientation

M/O

설명(국문): reinforcement 생체재료의 삽입된 방향 정보를 기입

21

Reinforcement structure: position- Volume

M/O

설명(국문): reinforcement 생체재료의 삽입된 부피 정보를 기입

22

Reinforcement structure: Cross-sectional shape

M/O

설명(국문): reinforcement 생체재료의 단면정보를 기입

23

Reinforcement structure: Dimensions

M/O

설명(국문): reinforcement 생체재료의 차원을 기입

24

Coating: Total number of coating and thickness

M/O

설명(국문): coating된 수치 및 두께 정보를 기입

Physical Properties (물리적 특성)

25

Water absorption

M

설명(국문): 수분함유량 정보를 기입

26

Density

M

설명(국문): 생체재료내 고분자의 밀도

27

Porosity distribution (size and distribution)

M

설명(국문): 생체재료내 고분자의 밀도에 따른 기공 분포

28

Roughness

M

설명(국문): 생체재료 표면의 roughness depth(Rz) 및 roughness value(Ra)를 기입

29

Swelling property

M

설명(국문): 생체재료의 팽윤현상 평가 지수

30

Stiffness

M

설명(국문): 생체재료내 고분자의 밀도에 따른 강성

Thermal Properties (열적 특성)

31

Crystallization temperature (Tc)

M

설명(국문): 생체재료의 결정화 온도 측정값 및 시험 방법을 작성

32

Glass transition temperature (Tg)

M

설명(국문): 생체재료의 유리전이 온도 측정값 및 시험 방법을 작성

33

Melting temperature (Tm)

M

설명(국문): 생체재료의 용융 온도 측정값 및 시험 방법을 작성

34

Test method for thermal property

M

예시: ASTM

Cyclic Fatigue (순환 피로)

35

Fracture

M

설명(국문): ASTM기준에 따라 측정한 생체재료 시편의 fracture 특성을 기입

36

Deformation

M

설명(국문): ASTM기준에 따라 측정한 생체재료 시편의 deformation 특성을 기입

37

Wear and loosening

M

설명(국문): ASTM기준에 따라 혹은 시뮬레이터 등을 이용하여 측정한 생체재료 시편의 wear and loosening 특성을 기입

Local Stress Risers, Residual Stress (국소적인 물성)

38

Stress analysis

M

설명(국문): tensile test, dynamic mechanical analysis 등을 이용하여 측정한 생체재료의 stress-strain analysis 결과를 기입

39

Mechanical testing

M

설명(국문): tensile, compressive test 등의 방법을 이용하여 측정한 생체재료의 물성값을 기입

Viscoelasticity (점탄성)

40

Creep

M

설명(국문): 동일한 stress하에서의 생체재료의 거동 분석 결과를 기입

41

Stress relaxation

M

설명(국문): 동일한 strain하에서의 생체재료의 거동 분석 결과를 기입

Stability (안정성)

42

Sterilization method

M

설명(국문): 멸균 방법

예시: e-beam, gamma ray, chemical treatment 등

43

MW change after sterilization

M

설명(국문): 멸균 이전 및 이후의 분자량 측정 결과 기입

44

Test method for effect of sterilization

O

설명(국문): 멸균 효과를 검증한 방법 및 결과에 대해 기입

예시: Use sterilized samples for all evaluation or demonstrate no significant effect on all properties

45

Shelf life

O

설명(국문): 생체소재의 장기간 보관전/후 분자량 변화 정보를 기입

Biocompatibility (생체적합성)

46

Cytotoxicity

M

설명(국문): 세포독성 시험평가 결과를 기입

47

Endotoxin level

M

설명(국문): 엔도톡신 레벨 측정 결과를 기입

48

Breakdown by-products

M/O

설명(국문): 생분해성 생체재료의 경우 부산물 정보를 기입

49

Metabolic pathways

M/O

설명(국문): 생분해성 생체재료의 경우 체내 흡수/배출 경로를 기입

기타 정보

50

승인여부

O

설명(국문): 생체재료 기반 FDA 및 kFDA 허가 사례 유무를 기입

51

임상적 발견

O

설명(국문): 임상결과 특이사항 기입

52

Other

O

설명(국문): 기타 정보를 자유롭게 기입

6.5	생체신호 측정장치 정보

□ (작성자) 서울대학교 공현중

□ (설명) 본 등록양식은 다음과 같은 생체신호 의료기기 데이터를 등록할 때 쓰임

ㅇ 다음과 같은 품목 분류의 환자감시장치(Patient monitor)

- A26090.01 환자감시장치 (Patient monitor)

- A26090.02 모듈식환자감시장치 (Patient monitoring system, transportable)

ㅇ 다음과 같은 품목 분류의 심전계(ECG)

- A26010.01 심전계

- A26010.02 다기능심전계

- A26010.03 무선심전계시스템

- A26010.04 실시간해석심전계

- A90100.01 유헬스케어심전계

□ 작성에 참고한 자료

ㅇ 펄스옥시미터 기술문서 작성을 위한 가이드라인 (2015.2, 식품의약품안전평가원)

ㅇ 환자감시장치의 기술문서 작성을 위한 가이드라인 (2018.8, 식품의약품안전평가원)

ㅇ 심전계의 기술문서 작성을 위한 가이드라인 (2018.8, 식품의약품안전평가원)

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 6-5>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
SpO2 (Oxygen saturation)
1	SpO2 Measuring range (SpO2 측정범위 (%))	M	예시: 0-100%
2	SpO2 resolution (SpO2 해상도 (%))	M	예시: 1%
3	SpO2 accuracy (SpO2 정확도)	M	예시: ±3 %
4	SpO2 Numerics-Averaging (초)	M	설명(국문): 평균값을 구하기 위한 time window 예시: 5~20초
5	SpO2 alarm range (SpO2 알람범위)	M	예시: 50~90(최소), 70~99(최대)
6	SpO2 update rate (SpO2 갱신속도)	M	예시: 매초 1회
7	SpO2 Pleth waveform sampling rate (샘플링 속도 (sps))	M	예시: 125sps
8	SpO2 quantization bit (양자화비트수)	M
9	Wavelength range (측정파장범위 (nm))	M	예시: 500~1000nm
맥박수
10	Measuring range (측정범위 (bpm))	M	예시: 00-000bpm
11	Resolution (해상도 (bpm))	M	예시: 1bpm
12	Accuracy (정확도 (%, bpm))	M	설명(국문): ±2% 또는 1 bpm 중 큰 쪽
13	Alarm range (알람범위)	M	예시: 20~200(최소), 80~300(최대)
ECG
14	Sensitivity (감도)	M	예시: ○, ○○, ○○mm/mV ± ○%이내
15	Frequency response (주파수 응답)	M	예시: ○.○ ~ ○○○Hz
16	Input resistance (입력저항)	M	예시: ○○MΩ 이상
17	Input range (입력변화범위)	M	예시: ±○mV 이내
18	Digital resolution (디지털해상도)	M	예시: ○㎶
19	Sampling rate (샘플률(Hz))	M	예시: ○○○○Hz
20	CMRR: Common Mode Rejection Ratio (동상제거비)	M	예시: ○○○ dB 이상
21	Lead number (리드수)	M	예시: ○○ Lead simultaneously
22	Record type (기록 방식)	O	예시: 열 감응 방식
23	Dot density (화점밀도)	O	예시: Voltage axis: ○dots/mm, Time axis: ○○dots/mm
24	Record paper (기록지)	O	설명(국문): 열감응 기록지 예시: Z-fold: ○○mm(W) x ○○mm(L) x ○○○(page) Roll: ○○mm(W) x ○○m(L)
25	Record paper speed (기록지 속도)	O	예시: ○, ○○, ○○, ○○mm/sec ± ○%
26	Record channel number (기록 채널 수)	M	예시: ○, ○ 채널
27	Record ECG resolution (기록지 ECG 해상도)	O	예시: ○○○dpi
28	Communication type (통신 방식)	O	예시: ○○-○○, LAN
29	Notch filter (노치필터)	M	예시: ○○Hz, ○○Hz
30	Low pass filter (저주파 필터)	M	예시: ○○Hz, ○○○Hz, ○○○Hz
31	High pass filter (고주파 필터)	M	예시: ○.○, ○.○, ○.○, ○.○, ○.○Hz
32	Muscle filter (근전도 필터)	O	예시: ○○Hz, ○○Hz
33	AFS: Anti-Floating System (플로팅 처리 필터)	O	예시: 베이스라인의 출렁임 감소
비관혈식혈압(NBP)
34	BP measuring range (혈압측정범위)	M	예시: ○○㎜Hg ∼ ○○㎜Hg
35	BP accuracy (정확도)	M	예시: ±○㎜Hg
36	Ballooning type (송기방식)	M	예시: 자동가압펌프에 의한 가압
37	Ventilation type (배기방식)	M	예시: 미속배기밸브(기계식)에 의해 서서히 감압 및 전자밸브에 의해 급속배기
38	MAP measuring range (평균동맥압력(MAP) 측정범위)	M	예시: ○○ ∼ ○○○㎜Hg
39	MAP accuracy (평균동맥압력(MAP) 측정정확도)	M	예시: ±○㎜Hg
40	급속배기 소요시간	M	예시: (○○○㎜Hg에서 ○○㎜Hg에 급속배기하기 위하여 필요한 시간) : ○○초 이하
41	커프 내 압력표시 안정성	M	예시: 압력차 ±○㎜Hg 이내.
42	측정가능 팔둘레	O	예시: ○○○㎜∼○○○㎜
43	Minimum scale (최소눈금단위)	M	예시: ○㎜Hg
44	Measuring type (측정방법)	M	예시: 오실로메트릭 방식
45	Pressurization type (가압시간)	M	예시: ○○초 이내
46	Measuring time (측정시간)	M	예시: ○○초 이내

7	보건(질병 예방) 연구 분야

7.1	보건 연구 과제 정보

□ (작성자) 김포우리병원 염형선

□ 작성에 참고한 자료

ㅇNCD-RisC (NCD Risk Factor Collaboration)

ㅇWHO-STEPS (STEPwise approach to surveillance)

ㅇKoGES (Korean Genome and Epidemiology Study)

ㅇNational Health Insurance Service-Health Screening Cohort

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 보건 연구 과제 프로젝트 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ <2. BioProject 정보> 등록양식에 항목 두 개 추가

ㅇ Study start(연구시작 연도)

ㅇ Study end(연구종료 연도)

파트 2. 연구대상자 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 7-1-2>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Response rate

M

설명(국문): 응답률

2

Sex

M

설명(국문): 성별

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	남자
2	여자
3	모두

3

Minimum age range

M

설명(국문): 연령대 최소값

4

Maximum age range

M

설명(국문): 연령대 최대값

5

Sampling method

M

설명(국문): 추출방법

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값	추가 작성
1	simple random
2	one stage stratified random
3	multistage stratified random
4	multistage cluster sample
5	multistage stratified cluster sample
6	other	추출방법 서술

6

Study population

M

설명(국문): 연구범위

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값	설명
1	national	전국 대표성 학보
2	subnational	3-5개 이상의 지역을 포함한 경우
3	community	참여지역이 제한적이거나 1 또는 2에 해당되지 않는 경우

7

Population location

M

설명(국문): 연구지역

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	도시지역만 포함
2	농촌지역만 포함
3	도시 및 농촌 모두 포함

파트 3. 측정 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 7-1-3>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Cuff size

M

설명(국문): 혈압 측정 시 사용한 커프의 사이즈

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	참여자 모두 한 사이즈의 커프 사용
2	참여자 팔둘레에 맞는 커프 사용

2

BP measurements

M

설명(국문): 혈압 측정 횟수

3

BP device

M

설명(국문): 혈압계 명

4

Lipid method

M

설명(국문): 혈중 지질 측정 방법

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	혈청(serum)
2	혈장(plasma)
3	간이측정(portable device)
4	대상자마다 다름
5	측정 지질마다 다름

5

TC method

M

설명(국문): 총 클레스테롤 측정 방법

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	enzymatic
2	extraction
3	other

6

HDL method

M

설명(국문): HDL 콜레스테롤 측정 방법

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값	예시
1	separation technique	Heparin-Manganese, Dextran sulphate_Magnesium, Polyethylene glycol, etc
2	quantification method	enzymatic, etc

7

LDL fasting

M

설명(국문): LDL 콜레스테롤 측정 시 공복여부

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	공복
2	비공복

8

LDL method

M

설명(국문): LDL 콜레스테롤 측정 방식

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	직접 측정
2	계산 (Friedewald equation 등)

9

Lipid standardization

M

설명(국문): 혈중 지질 표준화 여부

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	표준화
2	비표준화

10

Lipid standardization method

M

설명(국문): 혈중 지질 표준화 방법

11

Height method

M

설명(국문): 신장 조사 방법

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	측정
2	자가응답

12

Weight method

M

설명(국문): 체중 조사 방법

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	측정
2	자가응답

13

Glucose method

M

설명(국문): 혈당 측정 방식

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	plasma
2	간이측정
3	둘 다 사용

14

Glucose convert

O

설명(국문): 혈당 간이측정 시 혈장수준 변환 여부

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	측정한 전혈 혈당 기준으로 혈장 혈당으로 변환
2	변환 없이 전혈 혈당 수준으로 보고

15

Glucose device

M

설명(국문): 혈당 측정 기기

16

HbA1c device

M

설명(국문): 당화혈색소 측정 기기

17

PPG protocol-fasting

M

설명(국문): 식후 혈당 측정 시 전날 공복 여부

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	공복
2	비공복

18

PPG protocol-OGTT

M

설명(국문): 식후 혈당 측정 시 OGTT 방식 여부

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	75g glucose 섭취 2시간 후 측정
2	기타

19

PPG protocol-other

O

설명(국문): 식후 혈당 측정 시 기타 프로토콜 기술

7.2	보건데이터 정보

□ (작성자) 김포우리병원 염형선

□ 작성에 참고한 자료

ㅇ NCD_RisC, WHO STEPS, 공단 검진 코호트 자료를 비교 분석하여 핵심 등록 항목 작성

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 일반 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 7-2-1>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

ID

M

설명(국문): 데이터 식별 번호

2

연령

M

설명(국문): 만 나이 (세)

3

성별

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	남자
2	여자
3	알 수 없음

4

출생년월일

O

비고: YYYYMMDD

5

출생연도

O

비고: YYYY

6

거주지

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	도시
2	농촌
3	도농복합지역

7

교육정도

O

비고: 국민건강영양조사 참고

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	초졸 이하
2	중졸 이하
3	고졸 이하
4	대졸 이상

8

수입(개인)

O

9

수입(가정)

O

10

가족 구성원

O

설명(국문): 가족 구성원 수

예시: 4인 가정의 경우 --> 4

11

직업

O

비고: 표준직업분류코드 참고

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	관리자
2	전문가
3	기술공 및 준전문가
4	사무 종사자
5	서비스 및 판매 종사자
6	농림어업 숙련 종사자
7	기능원 및 관련 기능 종사자
8	장치·기계조작 및 조립 종사자
9	단순노무종사자
10	군인
11	없음

12

현재 결혼 상태

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	미혼
2	기혼(동거)
3	별거
4	이혼
5	사별
6	기타

파트 2. 과거력

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 7-2-2>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

고혈압 진단  여부

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

2

고혈압 진단받은 나이

O

설명(국문): 고혈압 첫 진단 받은 나이 (세)

3

고혈압 약물치료 여부

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

4

당뇨병 진단 여부

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

5

당뇨병 진단받은 나이

O

설명(국문): 당뇨병 첫 진단 받은 나이 (세)

6

당뇨병 치료(약물복용)  여부

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

7

당뇨병 치료(인슐린) 여부

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

8

고지혈증(이상지질혈증)  진단 여부

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

9

고지혈증(이상지질혈증)  진단받은 나이

O

설명(국문): 고지혈증(이상지질혈증) 첫 진단 받은 나이 (세)

10

이상지질혈중 약물치료 여부

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

11

뇌졸중 유무

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

12

심장병 유무

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

13

폐결핵 유무

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

14

암질환 유무

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

15

기타질환 유무

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

16

임신 여부

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

파트 3. 가족력

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 7-2-3>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

뇌졸중 환자 유무

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

2

심장병 환자 유무

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

3

고혈압 환자 유무

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

4

당뇨병 환자 유무

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

5

기타(암포함) 환자 유무

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

파트 4. 생활습관

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 7-2-4>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

현재 흡연 여부

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	현재 흡연
2	과거 흡연
3	비흡연

2

흡연 기간

O

설명(국문): 총 흡연 기간 (년)

3

평균 흡연량

O

설명(국문): 하루 평균 흡연량 (개비/일)

4

총 흡연량

O

설명(국문): 갑년(일평균 흡연량(갑/일) x 총 흡연기간(년))

5

음주 빈도

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	월 1회
2	월 2-3회
3	주 1회
4	주 2-3회
5	주 4회 이상

6

음주량

O

설명(국문): 한 번 음주 시 마시는 평균 잔 수 (잔)

7

고강도 신체활동

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	있음
2	없음

8

고강도 신체활동 빈도

O

설명(국문): 고강도 신체활동 한 번에 최소 10분 이상 시행한 횟수 (회/주)

9

고강도 신체활동 시간

O

설명(국문): 고강도 신체활동하는 시간 (시간)

10

중강도 신체활동

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	있음
2	없음

11

중강도 신체활동 빈도

O

설명(국문): 중강도 신체활동 한 번에 최소 10분 이상 시행한 횟수 (회/주)

12

중강도 신체활동 시간

O

설명(국문): 중강도 신체활동하는 시간 (시간)

13

걷기 신체활동

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	있음
2	없음

14

걷기 신체활동 빈도

O

설명(국문): 한 번에 10분 이상 걸은 횟수 (회/주)

15

걷기 신체활동 시간

O

설명(국문): 한 번에 걷는 시간 (시간)

파트 5. 임상정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 7-2-5>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

신장

O

비고: cm

2

신장 측정일

O

비고: YYYYMMDD

3

체중

O

비고: kg

4

체중 측정일

O

비고: YYYYMMDD

5

체질량지수

O

비고: kg/m2

6

허리둘레

O

비고: cm

7

허리둘레 측정일

O

비고: YYYYMMDD

8

엉덩이 둘레

O

비고: cm

9

엉덩이 둘레 측정일

O

비고: YYYYMMDD

10

수축기 혈압

O

비고: mmHg

11

수축기 혈압 측정일

O

비고: YYYYMMDD

12

이완기 혈압

O

비고: mmHg

13

이완기 혈압 측정일

O

비고: YYYYMMDD

14

공복혈당

O

비고: mg/dL

15

공복혈당 측정일

O

비고: YYYYMMDD

16

공복 여부

O

설명(국문): 8시간 이상 공복을 유지했는지 여부

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	예
2	아니오

17

당화혈색소(HbA1c)

O

비고: %

18

당화혈색소(HbA1c) 측정일

O

비고: YYYYMMDD

19

총 콜레스테롤

O

비고: mg/dL

20

총 콜레스테롤 측정일

O

비고: YYYYMMDD

21

중성지방

O

비고: mg/dL

22

중성지방 측정일

O

비고: YYYYMMDD

23

HDL 콜레스테롤

O

비고: mg/dL

24

HDL 콜레스테롤 측정일

O

비고: YYYYMMDD

25

LDL 콜레스테롤

O

비고: mg/dL

26

LDL 콜레스테롤 측정일

O

비고: YYYYMMDD

27

(혈청지오티)AST

O

비고: U/L

28

(혈청지오티)AST 측정일

O

비고: YYYYMMDD

29

(혈청지피티)ALT

O

비고: U/L

30

(혈청지피티)ALT 측정일

O

비고: YYYYMMDD

31

감마지티피

O

비고: U/L

32

감마지티피 측정일

O

비고: YYYYMMDD

33

혈청크레아티닌

O

비고: mg/dL

34

혈청크레아티닌 측정일

O

비고: YYYYMMDD

35

요단백

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	음성(-)
2	약양성(±)
3	양성(+1)
4	양성(+2)
5	양성(+3)
6	양성(+4)

36

요단백 측정일

O

비고: YYYYMMDD

8	신약 연구 분야

8.1	독성 시험 데이터

□ (작성자) 안전성평가연구소 강선웅

□ (설명) 독성 시험 데이터란 신약의 안전성 검사를 위한 독성 실험에서 생산되는 데이터로, non-GLP에서의 in vitro 및 in vivo, GLP에서 생산된 독성 데이터로 구분

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 샘플 물질 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-1-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Test item (물질정보)	M	설명(국문): 시험물질 및 대조물질의 조성, 생산 및 기타 특성에 대한 자료
2	Dose formulation (외관 및 성상)	O	비고: 해당 없으면 삭제해도 상관없음
3	Homogeneity (순도)	O	비고: 해당 없으면 삭제해도 상관없음
4	Storage condition (보관조건)	O	설명(국문): 냉동, 냉장, 실온 및 차광, 방습 등
5	Control item (대조물질)

파트 2. 독성 실험 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-1-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Objective (목적)	M	예시: 본 시험은 시험물질을 동물에 4주간 반복 투여 후 발현되는 독성 및 독성동태와 회복성 여부를 조사하기 위해 실시하였음.
2	Test guidelines (시험법)	M	예시: 식품의약품안전처 고시 제 2011-xxx호 의약품등의 독성기준 반복투여 독성 시험
3	Method of analysis (분석법)	M	설명(국문): 시험물질 분석은 어떤 검증된 방법에 따라 실시하였는지 기재
4	Test system (시험계)	M	설명(국문): 어떤 동물 또는 어떤 세포를 사용했는지 기제
5	Justification of test system (시험계 선택이유)	O	예시 1: 현재는 동물 이외의 다른 대체 실험법이 확립되지 않아 xx동물 사용 예시 2: 다양한 종류의 화학물질 독성을 평가하는데 널리 사용되고 있으며 풍부한 시험 기초자료가 존재함
6	Exposure (노출경로)	M	설명(국문): 흡입, 주사, 체외에서 세포내 처리 등등
7	Results (평가 결과)	M	예시: xx농도에서 독성 또는 이상소견 나타남

8.2	항암약물의 임상 효능 데이터

□ (작성자) ㈜지피씨알 신동승

□ (설명) 암환자의 진단, 약물처방 및 이에 따른 약물 반응의 최소한의 데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 환자 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-2-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Patient ID (환자 ID)	M	설명(국문): 환자의 ID
2	Year of birth (출생년도)	M	설명(국문): 환자의 출생년도
3	Gender (성별)	M	설명(국문): 환자의 성별
4	Race (인종)	M	설명(국문): 환자의 인종
5	Ethnicity (민족)	M	설명(국문): 환자의 민족

파트 2. 진단 및 처방 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-2-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Diagnosis (진단정보)	M	설명(국문): 진단된 암의 종류
2	Tissue (조직)	M	설명(국문): 환자의 암 조직의 보관 여부
3	Blood (혈액)	M	설명(국문): 환자의 혈액의 보관 여부
4	(Mutation (변이)	M	설명(국문): 유전자 분석을 통한 돌연변이 유전자 정보
5	Over-expression (과발현)	M	설명(국문): RNA 분석을 통한 과발현 유전자 정보
6	Target (표적)	M	설명(국문): 결정된 항암 치료의 표적
7	Drug (약물)	M	설명(국문): 선택된 처방 약물의 정보
8	Drug response (약물 반응)	M	설명(국문): 약물 투여에 대한 약물 반응 정보
9	PFS	M	설명(국문): 무진행 생존기간
10	OS	O	설명(국문): 전체 생존기간
11	CT	O	설명(국문): 환자의 CT 촬영 사진 정보
12	MRI	O	설명(국문): 환자의 MRI 촬영 사진 정보

8.3	화합물 관련 데이터

8.3.1	화합물 구조 정보 데이터

□ (작성자) 한국화학연구원 이선경

□ (설명) 화합물의 구조 및 특성을 확인할 수 있는 정보

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 화합물 구조 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-3-1-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Structure (구조)	M	설명(국문): 2D 구조, Canonical SMILES, InChI, InCHI Key, IUPAC 명 등 기탁자가 자유로이 기재 SMILES ClC1=CC=C(N=C(N[C@@H](CO)CC)N=C2NCC3=CC=CC=C3)C2=C1 InChIkey JTJAQPYIUUSYJO-OAHLLOKOSA-N IUPAC명 (R)-2-((4-(benzylamino)-6-chloroquinazolin-2-yl)amino)butan-1-ol
2	Molecular formula (화학식)	M	예시: C19H21ClN4O
3	Molecular weight (분자량)	M	예시: 356.85
4	Appearance (외관)	M	예시: 무정형 흰색 고체
5	Melting point/Boiling point (녹는 온도/끊는 온도)	O	비고: 물질이 고체인 경우 녹는 온도를, 액체인 경우는 끓는 온도를 기재
6	Crystal structure (결정 구조)	O	비고: 화합물의 결정구조를 확인한 경우에 제출
7	1HNMR spectra (수소 핵자기 공명스펙트럼)	M	설명(국문): 1Hnmr 분석 데이터(MNOVA등 디지털 양식 선호): 스펙트럼 데이터나 해석 자료 예시: 1H NMR (300 MHz, Methanol-d4) δ 8.00 (d, J = 2.2 Hz, 1H), 7.50 (dd, J = 8.9, 2.2 Hz, 1H), 7.42 – 7.20 (m, 6H), 4.79 (d, J = 11.2 Hz, 2H), 3.99 (dd, J = 7.9, 5.3 Hz, 1H), 3.60 (q, J = 5.3, 4.5 Hz, 2H), 1.76 – 1.42 (m, 2H), 0.93 (t, J = 7.4 Hz, 3H).
8	13CNMR spectra (탄소 핵자기 공명스펙트럼)	O	설명(국문): 13Cnmr 분석 데이터
9	Mass spectra (질량분석 스펙트럼)	O	설명(국문): 질량분석 데이터
10	Solubility (용해도)	O	설명(국문): 용해도(단위:μM)
11	Publication (논문)	O	설명(국문): 물질과 관련하여 출판된 논문
12	Patent (특허)	O	설명(국문): 물질과 관련하여 출원 또는 등록된 특허

파트 2. 화합물 구조 실험 정보

<표 8-3-1-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Exp_date (실험날짜)	M	설명(국문): 화합물 합성이 완료되어 구조가 규명된 날짜
2	NMR (핵자기 공명 스펙트럼 기기)	M	설명(국문): NMR 분석에 사용된 장비명 및 해상도 예시: Bruker AM-300 300 MHz
3	Mass (질량분석 장비)	M	설명(국문): Mass 분석에 사용된 장비명 및 이온화 방법 등 예시: JEOL JMS-DX 303, electron imppact (EI). HRMS, etc
4	Solubility (용해도 측정장비 및 방법)	O	설명(국문): 측정 장비명 및 방법
5	Synthetic procedure (합성방법)	O	설명(국문): 합성 Scheme, 조건(시약, 용매, 반응온도 등) 및 방법
6	Yield (수율)	M	설명(국문): 합성 수율: 단위%
7	Reference (참고문헌)	O	설명(국문): 실험방법과 관련된 참고 문헌

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

8.3.2	화합물 약효 평가 데이터

□ (작성자) 한국화학연구원 이선경

□ (설명) 화합물을 활용하여 실시한 약효 평가 데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 화합물 약효 정보

<표 8-3-2-1>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Assay name

(약효시험 명)

M

설명(국문): 약효시험 내용을 확인할 수 있는 약효시험 명

2

Targeting disease

(적응 질환)

M

설명(국문): 목표로 하는 적응 질환(암, 고혈압, 당뇨 등)

3

Screening system

(스크리닝 시스템)

M

설명(국문): 약효 평가에 활용된 스크리닝 시스템

in vivo	동물 종류 기재(mouse, rat, etc)
ex vivo	적출 장기 등
in vitro	단백질, 세포, 미생물 등

4

Screening type

(스크리닝 타입)

M

설명(국문): 약효 스크리닝을 타깃 기반(Target based) 또는 기능 기반(function based)으로 평가하였는지 기술

5

Target class

(표적 분류)

M

설명(국문): 타깃 기전별 또는 타깃 작용별 분류

타깃 기전 분류	질환별 기전 분류 작성 (예; 항암제는 신호전달 조절, 세포 주기 조절, 세포 사멸, 후생 유전체 조절 등)
타깃 작용 분류	효소(kinase, protease, phosphatase 등) 수용체(GPCR, nuclear receptor 등) 수송체(transporter) 단백질-단백질 상호작용(PPI), 등

6

Single dose experiment

(단일 농도 실험)

O

설명(국문): 단일 농도로 실험한 경우 농도와 활성값을 % inhibition (또는 % increase) 값 기재(단위: %)

7

Multiple dose experiment

(농도-활성 실험)

O

설명(국문): 농도-활성 실험을 한 경우, 활성값을 IC50 또는 EC50로 기재

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 2. 화합물 약효 평가 실험 정보

<표 8-3-2-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Exp_date (실험날짜)	O	설명(국문): 화합물 합성이 완료되어 구조가 규명된 날짜
2	Screening system (약효 스크리닝 시스템)	O	설명(국문): 스크리닝에 사용된 실험동물, 조직, 세포, 단백질, 미생물에 대한 기술
3	Measurement method (약효 측정장비 및 방법 기술)	O	설명(국문): 측정 장비(EM, plate reader, SPR 등) 측정 방법: luminescence. fluorescence, 종양크기, western, PCR, 바이오마커 등
4	Experimental method (약효 실험 방법)	O	설명(국문): 실험에 사용된 재료의 종류 및 양(농도), 온도, 시간 등 실험방법 기술
5	Statistics (데이터 통계 처리 방법)	O	설명(국문): 반복 실험 획수 및 각 실험 당 개체 수, 통계처리 방법 및 통계적 유의성
6	Reference (참고문헌)	O	설명(국문): 실험방법과 관련된 참고 문헌

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

8.3.3	화합물 profiling 데이터

□ (작성자) 한국화학연구원 이선경

□ (설명) Discovery 단계 화합물의 약효/DMPK/독성의 profiling 정보

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 화합물 profiling 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-3-3-1>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Efficacy data

(유효성 데이터)

O

in vitro	생화학 데이터/ 기능 데이터 (IC50, EC50)
ex vivo	적출 장기 데이터 (EC50)
in vivo	약효 데이터 (dose, activity, pharmacodynamic)

2

DMPK data

(약동력학 데이터)

O

in vitro	간 대사(Phase I 대사) 안정성 (liver microsomal stability); 종(mouse, human 등), R50 (분): 간 microsome과 화합물을 함께 배양하여 화합물의 50%가 대사되어 분해되는 시간
	혈장 안정성: R% (30분) 혈장과 화합물을 배양하여 30분 후에 존재하는 화합물의 %
	혈장 단백 결합: %
	CYP; 간 대사효소의 억제효과 IC50
in vivo PK	종(Species): 사용 동물
	T1/2 (min): 반감기
	Clearance (CL): L/Kg, 체내 소실량(노출과 반비례)
	Vd: volume of distribution 체내 분포면적
	Oral bioavailability (%): 경구 흡수율

3

Toxicity data

(독성 데이터)

O

in vitro	세포독성: CC50 (세포주, 측정방법, 배양시간)
	심장독성(hERG): IC50 측정방법(binding, patch clamp etc)
	유전독성
in vivo	급성독성: LD50
	7 day DRF (dose range finding)
	Core battery: 호흡기, 중추신경계, 심순환계 독성

파트 2. 화합물 profiling 실험 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-3-3-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Exp_date (실험날짜)	O	실험 실시 날짜, 또는 데이터 분석일
2	Bio-material (생체시료)	M	실험에 사용된 생체유래 시료(단백질, 세포주, 유전체, 단백체 등)
3	Experimental animal (실험 동물)	M	실험에 사용된 동물 정보
4	Materials (실험 재료)	O	스크리닝에 사용된 재료
5	Experimental method (실험 방법)	O	유효성/안전성/약물성 평가 방법
6	Statistics (데이터 통계 처리 방법)	O	통계 분석 방법
7	Reference (참고문헌)	O	실험방법과 관련된 참고 문헌

8.3.4	Bioassay(화합물 활성) 데이터 양식

□ (작성자) 광주과학기술원 남호정

□ (설명) 본 등록양식은 대상 타겟에 대한 화합물의 활성실험(bioassay) 결과를 화합물 및 대상 타겟의 일반적인 정보와 실험 정보에 대해 등록할 때 쓰이며, 특정 타겟을 대상으로 한 화합물의 활성도 측정 실험 데이터가 어떤 연구 디자인 및 방식에 따라 생성되었는지를 알려주는 기초 정보를 수록함

□ 작성에 참고한 자료

ㅇ NCBI PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/assay/) BioAssay

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 데이터 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-3-4-1>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Result tag

(결과태그명)

M

설명(영문): This header goes in the first row, first column of the spreadsheet. Immediately under it are optional tags to define properties of result definitions, such as RESULT_UNIT. In all data rows below that, this column contains an increasing number starting from one.

2

Substance ID

(물질 ID)

M

설명(영문): pubchem substance id

3

Compound ID

(화합물 ID)

M

설명(영문): pubchem compound id

4

Activity outcome

(활성 여부)

M

설명(영문): This field allows the submitter to make an expert judgment call about the activity of each test result. Using a number, the value is set to 1 (inactive) or 2 (active) based on whatever means appropriate. An explanation of that determination should be provided in the Protocol or Comments section of the Assay Description. In addition to active/inactive, this field can also be set to 3(inconclusive), 4(unspecified) or 5(probe). The 'probe' designation indicates that the activity of the test result has been tested and confirmed though multiple rounds of experimental inquiry.

5

Activity score

(활성 점수)

M

설명(영문): The activity of a test result may be assigned a normalized score between 0 and 100 where the most active result rows have scores closer to 100 and inactive closer to 0, so that one can rank the result based on this data and prioritize hits.

6

Activity URL

(활성 정보 URL)

O

설명(영문): An URL may optionally be provided for Assay Data reported for this Substance in this column. This URL will be provided within PubChem displays to allow a PubChem user to link to your website, where you may choose to provide additional information or interfaces to your Assay Data, for example, dose-response curves, replicate data, etc.

7

Result type

(결과타입)

O

설명(영문): The result type typically is either a Float, Integer, Boolean or String.

Optionally, the type can be used to specify an identifier, such as one coming from another NCBI Entrez database. For example, if PubMed Id is chosen as the type, then all data values in this column will be checked to ensure that they are valid PubMed identifiers.

가능한 값: Select one from the following

No	가능한 값
1	String
2	Float
3	Integer
4	Boolean
5	PubMed ID (PMID)
6	Protein Structure ID (MMDB)
7	URL
8	Protein GI
9	Nucleotide GI
10	Taxonomy Organism ID
11	OMIM ID
12	Gene ID
13	Probe ID
14	PubChem BioAssay ID
15	PubChem Substance ID (SID)
16	PubChem Compound ID (CID)
17	Target Protein GI
18	Target BioSystems ID
19	Target Name
20	Target Description
21	Target Tax-Id
22	Target Gene ID
23	Target DNA GI
24	Target RNA GI

8

Result unit

(결과단위)

O

설명(영문): Various units are available to better define the measurement of a given result column.

가능한 값: Select one from the following

No	가능한 값
1	None
2	Percent
3	Molar
4	milliM
5	microM
6	nanoM
7	picoM
8	femtoM
9	Parts per Thousand
10	Parts per Million
11	Parts per Billion
12	milligrams per mL
13	micrograms per mL
14	nanograms per mL
15	picograms per mL
16	femtograms per mL
17	Ratio
18	Seconds
19	Reciprocal Seconds
20	Minutes
21	Reciprocal Minutes
22	Days
23	Reciprocal Days
24	milliliter/minute/kilogram
25	liter/kilogram
26	hour*nanogram/milliliter
27	centimeter/second
28	milligram/kilogram
29	Unspecified
30	Other

9

Result description

(결과 상세설명)

O

설명(영문): An optional description to explain what is being measured for a given result column.

10

Concentration

(농도)

O

설명(영문): An optional micromolar concentration at which this result was tested. This attribute implies that the result is biological concentration-response data.

11

Concentration response

(농도반응)

O

설명(영문): For confirmatory assays, an optional id starting from 1 to group columns into series for defining dose-response curves. If one series is defined, all columns in that series will have a '1' in this field. A second series would use a '2' and so forth.

12

Active concentration

(활성농도여부)

O

설명(영문): Is Active Concentration : 1

For confirmatory assays, this column allows an optional "1" for the one result column that summarized the active concentration. This is typically reported as an IC50, EC50, AC50, GI50 etc. or by reporting constant parameters such as Ki.

파트 2. 타겟 정보

<표 8-3-4-2>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Target type

(표적종류)

M

설명(영문): The data base type of target identifier supplied.

가능한 값: Select one from the following

No	가능한 값
1	Protein GI
2	DNA (Nucleotide) GI
3	RNA (Nucleotide) GI
4	Gene ID
5	Bio Systems ID (Pathways)

2

Target ID

(표적ID)

M

설명(영문): The required, first table column header for target data. The values in this column are the actual primary identifiers (numbers) from one of the accepted NCBI databases.

3

Target name

(표적명)

O

설명(영문): The optional name of the target. If left blank, a standard name from the sequence database will be used where possible.

4

Target description

(표적 상세설명)

O

설명(영문): Any additional description of the target beyond its name.

5

Target comments

(기타 코멘트)

O

설명(영문): Any additional comments or annotations for the target.

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 3. Xref(cross-reference) 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-3-4-3>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

XRef type

(레퍼런스종류)

O

설명(영문): The database type of XRef identifier supplied. This type column must appear as the first column of the spread sheet.

가능한 값: Select one from the following

No	가능한 값
1	PubChem BioAssay ID (AID)
2	External Assay RegId
3	PubMed ID (PMID)
4	Primary PubMed ID (about this assay)
5	MESH Index Term
6	GenBank General ID
7	Protein Structure ID (MMDB)
8	PubChem Substance ID (SID)
9	PubChem Compound ID (CID)
10	Source Database Homepage
11	Substance Homepage
12	Assay Homepage
13	Protein GI
14	Nucleotide GI
15	Taxonomy Organism ID
16	OMIM ID
17	Gene ID
18	Bio Systems ID (Pathways)
19	Patent ID (USPTO,EPO,WPO,etc.)
20	Substance Registry# (e.g.CAS,EC)

2

XRef ID

(레퍼런스ID)

O

설명(영문): The actual identifier value from the cross-referenced NCBI database.

3

XRef description

(레퍼런스 설명)

O

설명(영문): An explanatory text describing the relevance of this cross-referenced item to the assay.

파트 4. Protocols 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-3-4-4>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Assay name

(어세이명)

M

설명(영문): A short, informative name of the assay for display purposes.

2

External identifier

(외부식별자)

M

설명(영문): The external assay identifier assigned by you, the assay owner. This must be unique amongst all of your PubChem assays.

3

Description tag

(해설 태그)

O

설명(영문): A table column header for general description tags.

4

Description value

(해설 값)

O

설명(영문): A table column header for general description values.

5

Assay comments

(어세이 코멘트)

O

설명(영문): Additional information that might not fit in the Description or Protocol sections.

6

Assay description

(어세이 상세설명)

O

설명(영문): A definition of the assay purpose and parameters.

7

Assay group

(어세이 그룹명)

O

설명(영문): A label to be added to multiple assays for the purpose of logically grouping them

8

Assay protocol

(어세이 프로토콜)

O

설명(영문): The protocol used to generate the assay. This might include an explanation of how the Activity Outcome and Score values in the Assay Data were determined.

9

Assay data comment

(기타 코멘트)

O

설명(영문): Your textual annotation and comments may optionally be provided for Assay Data reported for this Substance in this column.

10

Assay revoke

(어세이 철회)

O

설명(영문): When you submit the data you must leave this blank or put a value '0' in this column. You may optionally suppress Assay Data for this Substance by putting a value of "1" in this column. In this case, leave all other columns blank except for Column 1: PUBCHEM_SID. Suppressing Assay Data does not delete data from PubChem, rather it eliminates all references and links to this information; however, all pre-existing links to this information will still function and a disclaimer will be displayed specifying this data is revoked.

You may un-revoke Assay Data for a Substance by depositing either the same or new data for this Substance. Do not revoke and submit the same substance in the same file.

11

Project category

(프로젝트 분류)

O

설명(영문): Classify your assay if a specialized project was used for its creation.

가능한 값: Select one from the following

No	가능한 값	설명
1	Literature: Extracted	Select if assay data extracted from literature by 3rd party (not by author or publisher).
2	Literature: Author/Publisher	Select if assay data extracted from article by author or publisher.
3	RNAi Global Initiative	Select if work is from a member of the RNAi Global Initiative.
4	Assay Vendor	Select if contributed by an assay service provider.
5	NIH Molecular Libraries	Select if funded by an NIH Molecular Libraries program.
6	Other	Select if no other category is applicable.

12

Activity outcome method

(활성 정의)

O

설명(영문): Classify your assay by how the activity outcome was defined.

가능한 값: Select one from the following

No	가능한 값	설명
1	Screening assay	Single concentration activity observed.
2	Confirmatory assay	Concentration-Response Relationship Observed (EC50,IC50,etc.)
3	Summary assay	Overview of and links to multiple, related assays.
4	Other	Assay does not fall into the above categories.

8.4	기허가약제 repositioning 연구 정보

□ (작성자) 서울성모병원 주지현

□ (설명) 기존에 개발되고 허가된 약제에 대해서 기본자료 및 추가적으로 연구되어 생산되는 데이터

ㅇ (약제의 기본자료) 기존 화합물 구조 데이터는 별도의 입력양식 사용

ㅇ (약제의 추가 입력자료) 타 적응증 연구자료

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-4>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Patient ID (환자 ID)	M	설명(국문): 환자의 ID
2	Year of birth (출생년도)	M	설명(국문): 환자의 출생년도 (여러 명인 경우 평균)
3	Gender (성별)	M	설명(국문): 환자의 성별 (여러 명인 경우 M/F 기술)
4	Race (인종)	M	설명(국문): 환자의 인종 (여러 명인 경우 Caucasian/African/Asian등 기술)
5	Ethnicity (민족)	M	설명(국문): 환자의 민족 (여러 명인 경우 각각 기술)
6	Diagnosis (진단명)	M	설명(국문): 새로 시도되는 적응증 질환정보
7	Exclusion criteria (연구배제대상)	O	설명(국문): 임상연구에 포함이 되지 않아야 하는 질환상태 정보
8	Dose (투여량)	M	설명(국문): 연구에서 투여된 용량
9	Route (투여경로)	M	설명(국문): 연구에서 투여된 경로(경구/정주/피부 등)
10	Interval (투여간격)	M	설명(국문): 연구에서 투여된 간격
11	Duration (투여기간)	M	설명(국문): 연구에서 투여된 기간
12	Efficacy (유효성)	M	설명(국문): 연구에서 관찰된 약제의 효과
13	Toxicity (독성)	M	설명(국문): 연구에서 발견된 약제의 부작용 및 독성
14	Clinical trial stage (임상연구단계)	M	전임상 (preclinical) 연구자주도임상 (IIT) 상업임상 (SIT): Phase 1/2/3
15	Publication (발행논문)	O	설명(국문): 연구결과가 발표된 논문
16	Reference (참고논문)	O	설명(국문): 연구에 참고가 되거나 기반이 된 연구논문
17	Official registration (국제임상연구 등록사이트)	O	설명(국문): 연구가 등록된 공인 site (clinicaltrial.gov 등)

8.5	IND(Investigational New Drug) 데이터

□ (작성자) Connect Clinical Sciences 지동현

□ (설명) IND/CTA/임상시험승인

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-5>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Indication

(적응증)

M

설명(국문): 임상시험 대상 질환 혹은 환자군 기재/ 유방암, TNBC. 기존치료에 저항성이 있는 환자군 등

2

Phase

(임상단계)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	0상
2	1상
3	1b상
4	1/2상
5	2상
6	2/3상
7	3상
8	4상
9	기타(직접 기재)

3

IND type

(임상시험 사용 목적)

M

설명(국문): 임상시험의 목적

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	연구용
2	상업용
3	치료적 사용
4	기타(직접 기재)

4

Study title

(연구제목)

M

설명(국문): 연구계획서(protocol)에 나온 공식적인 제목 기재

5

Study design

(연구디자인)

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	단일군 공개 임상시험
2	무작위배정 이중눈가림 비교시험
3	공개 비교시험
4	교차시험
5	기타(직접 기재)

6

Target sample size

(목표대상자수)

M

설명(국문): 프로토콜에 있는 시험군 및 대조군 각각 목표대상자수 기재 (명)

7

Regulatory approval

(규제기관 승인여부)

M

설명(국문): 국내 및 해외 IND에 대해 다음 중 택일

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	제출 후 검토 중
2	승인
3	해당 없음

8

Regulatory agency

(승인국가 및 규제기관)

M

설명(국문): 위에서, 제출 혹은 승인 된 국가와 규제기관 기재. 복수 기재 가능

예시: 미국 FDA, 유럽 EMA 등

9

Authorization date

(IND 승인일자)

M

설명(국문): IND 별 승인 날짜 기재

비고: 복수기재 가능(양식: YYYY.MM.DD)

10

Participating countries

(임상시험참여 국가)

O

설명(국문): 임상시험에 참여하는 나라 이름 기재. 복수기재 가능

11

Number of sites

(참여 실시기관 수)

O

설명(국문): 임상시험이 실시된(되는) 실시기관의 총 수 기재

12

Clinical Trial registration

(임상시험 레지스트리 및 등록번호)

M

설명(국문): 임상시험이 등록된 일차 레지스트리의 이름과 등록번호 기술. 복수기재 가능

예시: Clinicaltrials.gov, NCT 12345

13

Outsourcing

(IND.용역기관 사용)

O

설명(국문): 국내 및 해외 IND 진행을 위한 용역기관 (CRO 등) 사용여부.  .‘예’ 또는 ‘아니오’ 중 선택

‘예’ 선택 시, 국가 별로 사용 CRO 명 기재

8.6	바이오마커 데이터

□ (작성자) Connect Clinical Sciences 지동현

□ (설명) 바이오마커* 정보 등록

* 바이오마커란 여러 생물학적 상태 또는 질병에 대한 측정 가능한 지표를 말하며, 임상적으로 사용되는 바이오마커는 분자바이오마커, 세포바이오마커, 이미지바이오마커 등으로 분류됨.

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 8-6>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

Biomarker

(바이오마커)

M

설명(국문): 연구 중 사용되거나 개발하고 있는  바이오마커의 이름 기재

2

Development stage

(연구단계)

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	비임상시험
2	중개연구
3	임상 제1상
4	임상 제2상
5	임상 제3상
6	기타(직접 기재)

3

Potential use

(용도)

M

설명(국문): 바이오마커의 용도 직접기재(복수기재 가능)

예시: 타겟 증명, MOA,진단, 효과예측, 독성예측 등

4

Target indication

(목표 적응증)

M

설명(국문): 질병 혹은 유전자 변이 기술. 환자 그룹 등 직접 기재. (복수기재 가능)

예시: 당뇨, 대장암, MSI-H 등

5

Methodology

(관련 기술)

M

설명(국문): 직접기재(복수기재 가능). 이미징, 생화학적 기술, 오믹스 기술 (유전체학, proteomics, metabolomics 및 lipoomics) 및 장기 기능의 생물 생리학적 측정 등 바이오마커 개발과 관련된 기술을 구체적으로 기재.

6

Analytical method

(분석방법)

O

설명(국문): 분석방법 구체적 기재

7

Analytical validity

(분석 검증)

O

설명(국문): 분석의 정확도 및 재현성에 대한 검증의 유무

‘예’ 또는 ‘아니오’중 선택

‘예’인 경우 검증 기관, 검증 결과 기재

8

Clinical validity(Quantification)

(임상적 검증)

O

설명(국문): ‘예’ 또는 ‘아니오’중 선택

‘예’인 경우 임상적 검증 방법과  결과 기술,

임상시험명, 임상시험 registry 번호, US FDA qualification 제출 혹은 등재 날짜 (YYYY.MM.DD), qualification 규제기관명

예시: An Exploratory Study to Investigate the Immunomodulatory Activity of Various Dose Levels of Anti Programmed-Death-1 (PD-1) Antibody (BMS-936558) in Subjects With Metastatic Clear Cell Renal Cell Carcinoma (RCC).NCT01358721, Qualified 2016.09.14., US FDA

Part V. 그린 바이오 분야

9	종자·가축 연구 분야

□ 본 9장에 수록된 모든 양식은 기본적으로  샘플 정보  모듈에 해당됨

□ 또한, 관점에 따라  실험 정보  및   실데이터  모듈에 해당된다고도 볼 수 있는 일부 항목도 존재

ㅇ (실험 정보 모듈에 해당 가능 항목 예시) 운반체 정보/유전자 변형 방법(GMO 작물 특성정보), GE module의 도입 방법(Genome Editing 작물 특성정보) 등

ㅇ (실데이터 모듈에 해당 가능 항목 예시) 도체/생육정보(한우 특성정보), 생산형질(젖소 특성정보), 도체/생육/번식정보(돼지 특성정보) 등

9.1	가축 특성정보

9.1.1	가축(한우) 특성정보

□ (작성자) 충남대학교 이승환

<표 9-1-1>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

기본정보

종명

M

2

품종(계통)명

M

3

이력정보

식별번호

M

4

출생 연월일

M

5

성별

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	수소
2	암소
3	거세

6

사육지

M

7

도축 연월일

M

8

도축 장소

M

9

가계(혈통) 정보

부의 개체(식별번호)

M

10

모의 개체(식별번호)

M

11

도체정보

도체중량(kg)

O

12

등지방두께(mm)

O

13

등심단면적(cm2)

O

14

근내지방도

O

가능한 값: 1-9의 숫자 중 택일

15

그 외 도체정보

O

비고: free text로 자유롭게 서술

16

외모정보

모색

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	황색(갈색)
2	흑색
3	호반무늬
4	그 외(free text)

17

생육정보

성장단계별 체중(kg)

O

설명(국문): 개월, 체중 작성

18

성장단계별 체장(cm)

O

설명(국문): 개월, 체고 작성

19

그 외 생육정보

O

비고: free text로 자유롭게 서술

9.1.2	가축(젖소) 특성정보

<표 9-1-2>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

기본정보

종명

M

2

품종명

M

3

이력정보

식별번호

M

4

출생 연월일

M

5

성별

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	수소
2	암소

6

사육지

M

7

가계(혈통) 정보

부의 개체(식별번호)

M

8

모의 개체(식별번호)

M

9

생산형질

산차

O

10

유량(kg)

O

11

유지량(kg)

O

12

유지율(%)

O

13

단백량(kg)

O

14

단백율(%)

O

15

그 외 생산형질

O

비고: free text로 자유롭게 서술

□ (작성자) 충남대학교 이승환

9.1.3	가축(돼지) 특성정보

□ (작성자) 충남대학교 이승환

<표 9-1-3>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

기본 정보

종명

M

2

품종(계통)명

M

3

이력정보

식별번호

O

4

출생 연월일

M

5

성별

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	수돼지
2	암돼지
3	거세

6

사육지

M

7

도축 연월일

M

8

도축 장소

M

9

가계(혈통) 정보

부의 개체(식별번호)

O

10

모의 개체(식별번호)

O

11

도체(생산) 정보

등지방두께(mm)

O

12

등심단면적(cm2)

O

13

정육률(%)

O

14

그 외 도체(생산) 정보

O

비고: free text로 자유롭게 서술

15

생육/번식 정보

성장단계별 체중(kg)

O

설명(국문): 개월, 체중 작성

16

성장단계별 체장(cm)

O

설명(국문): 개월, 체고 작성

17

90kg 도달 일령

O

18

산자수

O

그 외 생육/번식 정보

O

비고: free text로 자유롭게 서술

9.1.4	가축(닭) 특성정보

□ (작성자) 충남대학교 이승환

<표 9-1-4>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

기본정보

종명

M

2

품종(계통)명

M

3

이력정보

출생 연월일

M

4

사육지(농장명)

M

5

사육목적

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	산란
2	육계
3	종계

6

가계(혈통) 정보

부계품종(계통)

M

7

모계품종(계통)

M

8

집단정보

집단 규모(암, 수)

M

예시: 암 : 00수, 수 : 00수

9

외형정보

(집단 기준)

깃털색

O

10

정강이색

O

11

볏형태

O

12

그 외 외형정보

O

13

산란정보

(집단 평균 기준)

산란수

O

14

평균난중

O

15

그 외 산란정보

O

16

성장단계별 생육정보

(집단 평균 기준)

성장단계별 체중

O

설명(국문): 주령, 체중 작성

17

성장단계별 정강이길이

O

설명(국문): 주령, 정강이길이 작성

18

그 외 생육정보

O

19

기타 분석정보

O

비고: free text로 자유롭게 서술

9.2	수산 분야 특성정보

9.2.1	수산(식물) 특성정보

□ (작성자) 국립수산과학원 황일기

<표 9-2-1>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

기본정보

작물명

M

예시: 김류 (Pyropia spp.)

2

종명

M

예시: 방사무늬김 (P. yezoensis)

3

품종(계통)명

M

예시: 수과원119 (Sugwawon NO. 119)

4

품종의 종류

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	자연산
2	분양
3	원종
4	기타

5

자원의 정보

채집지역 정보

O

설명(국문): 국가, 지역(위·경도)

6

자원의 특성

O

7

육종 방법

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	선발
2	교잡
3	돌연변이
4	기타

8

형질정보

형질특성

M

설명(국문): 품종을 구별할 수 있는 수산식물 특성조사요령 (또는 UPOV)에 따른 조사항목

9

종자생산 방법

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	유주자 채묘
2	육상채묘
3	해상채묘
4	인공교배
5	기타

9.2.2	수산(동물) 특성정보

□ (작성자) 국립수산과학원 황일기, 국립수산과학원 김현철

<표 9-2-2>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

기본정보

종명

M

2

국명

M

3

품종(계통)명

M

4

성별

M

5

품종의 종류

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	자연산
2	분양
3	원종
4	기타

6

자원의 정보

채집 또는 생산지역

O

설명(국문): 국가, 지역(위·경도)

7

채집 또는 생년월일

O

설명(국문): 채집년월일 또는 생년월일

8

육종 방법

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	선발
2	교잡
3	돌연변이
4	기타

9

형질 정보

외형 특성

M

설명(국문): 전장(체장, 각장, 갑장, 외투장), 체중 등 조사항목 기술

10

종자생산 방법

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	자연채집
2	자연산란
3	인공수정
4	성성숙 촉진법
5	기타

9.2.3	수산(유전자가위) 특성정보

□ (작성자) 국립수산과학원 황일기

<표 9-2-3>

No	카테고리	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	기본 정보	종명	M
2		품종(계통)명	M
3		성별	M
4		생년월일	M
5	유전자가위 정보	유전자가위 서열	M
6		유전자가위 대상 유전자	M
7	생물학적 특성	세대명	M
8		유전자 편집 후 염기서열	M	설명(국문): 추가, 삭제 염기서열
9		유전자 편집 후 변형된 특성	M
10	환경유해성 사전 검토		M	비고: 현재 LMO법에서 사전검토를 통해 위해성평가를 받지 않도록 법 개정 검토 중

9.3	작물 분야 특성정보

9.3.1	작물(유전집단) 특성정보

□ (작성자) 서울대학교 강병철

<표 9-3-1>

No	카테고리	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	기본 정보	작물명	M
2		종명	M
3		집단명	M
4	부모계 정보	부계 정보(PI, IT, 품종명 등)	M	설명(국문): PI, IT, 품종명 등의 부계정보를 한 항목 안에 free text로 자유롭게 서술
5		모계 정보(PI, IT, 품종명 등)	M	설명(국문): PI, IT, 품종명 등의 모계정보를 한 항목 안에 free text로 자유롭게 서술
6	부모계 특성	부계 특성	M	설명(국문): 병 저항성 등 모계와 다른 특성
7		모계 특성	M	설명(국문): 병 저항성 등 부계와 다른 특성
8	분리집단 정보	세대 수	M
9		분리 개체 수	M
10	분리집단의 조사 형질	재배지 정보	M
11		형질 조사 시기(년, 월)	M
12		개체별 조사형질 data	M	비고: Excel 형식의 표 data

, 단국대학교 강성택, 경상대 강양제

9.3.2	작물(돌연변이) 특성정보

<표 9-3-2>

No	카테고리	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	기본 정보	작물명	M
2		종명	M
3		돌연변이 식별정보	M
4	원자원 정보	원자원 정보(PI, IT, 품종명 등)	M
5	돌연변이원 정보	EMS, 방사선 등 돌연변이원의 종류 등	M
6	돌연변이 유전정보	돌연변이 유전자의 유전 특성	O
7		돌연변이 유전자 자리	O
8		돌연변이 유전자 이름	O
9		돌연변이 염기서열	O

□ (작성자) 서울대학교 강병철, 단국대학교 강성택, 경상대 강양제

9.3.3	작물(품종) 특성정보

□ (작성자) 서울대학교 강병철, 단국대학교 강성택, 경상대학교 강양제

<표 9-3-3>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

기본 정보

작물명(또는 산림작물명)

M

2

종명

M

3

품종명

M

4

품종의 종류

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	고정종
2	F1
3	합성품종
4	GMO
5	GE 품종
6	기타

5

육종소재 정보

부계 정보(PI, IT, 품종명 등)

M

6

모계 정보(PI, IT, 품종명 등)

M

7

육종방법

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	계통육종법
2	집단육종법
3	SSD
4	기타

8

형질특성

M

설명(국문): 품종을 구별할 수 있는 작물별 UPOV 필수 조사항목(형태적 특성 및 병저항성 등)

9

종자생산 방법

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	자가수정
2	MS
3	SSI
4	인공교배
5	기타(please specify)

10

기타형질 특성

O

설명(국문): 품종을 구별할 수 있는 기타 UPOV 작물별 형태적 특성*, 병저항성*, 재해저항성 및 수량 및 품질 특성

* ”형질 특성“ 항목에서 기술되지 않은 특성

11

증식방법

M/O

설명(국문): 묘목 증식 방법 기술

비고: 산림작물의 경우에만 해당(Mandatory). 다른 작물인 경우에는 기입하지 않음.

12

사용한 대목

M/O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	접목
2	삽목
3	기타(please specify)

비고: 산림작물의 경우에만 해당(Mandatory). 다른 작물인 경우에는 기입하지 않음.

9.3.4	작물(자원) 특성정보

<표 9-3-4>

No	카테고리	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	기본 정보	작물명	M
2		종명	M
3		자원번호	M
4	자원의 수집지 정보	국가	M
5		지역(위도 및 경도)	M
6	자원의 특성 (농업유전자원센터 작물별 특성 조사 기준)	형태적 특성	M
7		재해 저항성	M
8		수량성	M
9		품질 특성	M

□ (작성자) 서울대학교 강병철, 단국대학교 강성택, 경상대 강양제

9.3.5	작물(GMO) 특성정보

<표 9-3-5>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

기본 정보

작물명

M

2

종명

M

3

돌연변이 식별번호

M

4

원자원 정보

원자원 정보(PI, IT, 품종명 등)

M

5

도입유전자 정보

유전자 공여생명체 정보(학명 및 계통명)

M

6

도입형질특성

M

7

도입유전자

M

설명(국문): 유전자의 번호(GenBank accession 등)

8

운반체 정보

벡터 정보

M

9

프로모터

M

10

터미네이터

M

11

선발마커의 종류

M

12

작물의 생물학적 특성

유전자 도입 후 변형된 특성

M

13

세대명

M

14

도입유전자의 copy 수

M

15

도입유전자의 염색체 상 위치

M

16

유전자 변형 방법

유전자 변형 방법

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	아그로박테리움법
2	유전자총
3	PEG
4	유전자 교정
5	기타

17

평가 결과

환경유해성 평가 결과

O

18

식품안전성 평가 결과

O

□ (작성자) 서울대학교 강병철, 경북대학교 박순기

9.3.6	작물(Genome Editing) 특성정보

□ (작성자) 서울대학교 강병철, 경북대학교 박순기

<표 9-3-6>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

기본 정보

작물명

M

2

종명

M

3

돌연변이 식별번호

M

4

원자원 정보

원자원 정보(PI, IT, 품종명 등)

M

5

목표 유전자

정보

목표 유전자

M

설명(국문): 유전자의 번호(GenBank accession 등)

6

목표 유전자 특성

M

7

유전자 내 변이 위치

M

8

GE module의 도입 방법

Genome editing 모듈의 도입 방법

O

No	가능한 값
1	아그로박테리움법
2	유전자총
3	Virus vector
4	직접 도입 (RNP)
5	기타

가능한 값: 다음 중 택일

9

10

11

12

변형유전자의 특성

유전자 도입 후 변형된 특성

M

13

세대명

O

14

변형 유전자의 종류

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	치환
2	삽입 (bp)
3	결실 (bp)

15

9.4	수목(야생식물) 분야 특성정보

9.4.1	야생식물(자원) 특성정보

□ (작성자) 충남대학교 심동환

<표 9-4-1>

No	카테고리	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	기본 정보	야생식물명	M
2		종명	M
3		자원번호	M
4	자원의 수집지 정보	국가	M
5		지역(위도 및 경도)	M
6	자원의 특성 (농업유전자원센터 작물별 특성 조사 기준)	형태적 특성	M
7		재해 저항성	M
8		수량성	M
9		품질 특성	M

9.4.2	야생식물(유전집단) 특성정보

□ (작성자) 충남대학교 심동환

<표 9-4-2>

No	카테고리	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	기본 정보	야생식물명	M
2		종명	M
3		집단명	M
4	부모계 정보	부계 정보(PI, IT 등)	M
5		모계 정보(PI, IT 등)	M
6	부모계 특성	부계 특성	M	설명(국문): 병 저항성 등 모계와 다른 특성
7		모계 특성	M	설명(국문): 병 저항성 등 부계와 다른 특성
8	분리집단 정보	세대 수	M
9		분리 개체 수	M
10		이유 시작 월일	M
11	분리집단의 조사 형질	재배지 정보	M
12		형질 조사 시기(년, 월)	M
13		개체별 조사형질 data	M
14	현지 내 보존	집단 서식 장소	M
15		집단 서식 개체수	M
16	현지 외 보존	세대 수	M
17		분리 개체 수	M
18		재배지 정보	M
19		형질 조사 시기(년, 월)	O
20		개체별 조사형질 data	O

10	수산 연구 분야

10.1	수산양식 데이터

□ (작성자) 목포대학교 임한규, 부경대학교 김도형

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 10-1>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

기본정보

종명

M

2

식별번호

M

3

원종(또는 어미) 정보

출처

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	자연산
2	양식산

4

채집지(국가)

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 자연산인 경우에만 해당

5

채집지(위도 및 경도)

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 자연산인 경우에만 해당

6

채집시기

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 자연산인 경우에만 해당

7

채집방법

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 자연산인 경우에만 해당

8

생산기관(업체) 정보

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 양식산인 경우에만 해당

9

생산시기

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 양식산인 경우에만 해당

10

생산방법

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 양식산인 경우에만 해당

11

종의 형태적 특징

M

비고: 텍스트 입력 혹은 이미지 업로드

12

사육 정보

종자생산방법

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	인공수정
2	자연산란
3	기타(please specify)

13

양성방법

M

비고: 텍스트 입력 혹은 이미지 업로드

14

양성환경

M

비고: 수온, 염분 등의 정보를 free text로 입력

15

사료 섭이율

설명(국문): 일간 투여 횟수, 일간 사료 섭이량, 먹이 반응 등 관련 특이사항

16

누적 폐사율

설명(국문): 기간, 임상증상 등 특이 사항

17

의약품 사용 정보

설명(국문): 의약품명, 투약 기간

18

육종정보

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	선발
2	교잡
3	돌연변이육종
4	기타(please specify)

19

성장정보

전장

O

비고: 텍스트 입력 혹은 이미지 업로드

20

체중

O

비고: 텍스트 입력 혹은 이미지 업로드

21

품종구분 유전자 정보

유전자 마커

O

비고: 염기서열 등

22

염기서열 정보

O

비고: 염기서열 등

23

기타 유전 정보

O

비고: 염기서열 등

24

실험 정보

각종 실험 결과

O

비고: 텍스트 입력 혹은 이미지 업로드

10.2	수산질병 데이터

□ (작성자) 제주대학교 이제희

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 10-2>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

질병명

질병명

M

설명(국문): 국명/영문명

비고: 텍스트 입력

2

질병 특성

내부·외부증상

M

설명(국문): 질병이 발병했을 때 숙주생물의 내·외부에서 나타나는 증상에 대한 설명

비고: 텍스트 입력 또는 이미지 업로드

3

발병 시기 또는 발병 조건

M

설명(국문): 특이적으로 질병이 나타나는 시기(ex: 겨울철), 수온, 염분 등의 정보

비고: 텍스트 입력

4

폐사율 정보

O

설명(국문): 양식현장에서 나타나는 폐사율 정보

비고: 텍스트 입력

5

병리·조직학적 관찰

O

설명(국문): 병리·조직학적 특성에 대한 설명

비고: 텍스트 입력 및 이미지 업로드

6

숙주생물

숙주생물명

M

설명(국문): 국명/영문명/학명

비고: 텍스트 입력

7

질병원인체

종명

M

설명(국문): 영문명/학명

비고: 텍스트 입력

8

원인체의 형태학적 특징

M

설명(국문): 원인체의 형태학적 특징에 대한 설명

비고: 텍스트 입력 및 이미지 업로드

9

병원성

O

설명(국문): 원인체의 인위감염실험 조건 접종량, 수온, 기간 등)과 결과에 대한 설명

비고: 텍스트 입력 또는 표·이미지 업로드

10

원인체 배양방법

M

설명(국문): 원인체 배양에 필요한 배양온도, 배지, 숙주세포, 배양시간 등의 조건 설명

비고: 텍스트 입력

11

원인체 진단방법

M

설명(국문): 진단방법에 대한 설명

비고: 텍스트 입력

12

원인체 유전자 마커 또는 염기서열 정보

O

설명(국문): 유전자 마커 또는 염기서열 정보

비고: 텍스트 입력

13

질병예방법

백신개발여부

O

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	백신 개발됨 (백신 제품명 및 제조사)
2	백신 개발 안 됨

14

백신투여시기

O

설명(국문): 백신품목명, 투여시기, 투여방법 등에 대한 정보

비고: 텍스트 입력

15

질병치료방법

의약품명, 투여시기, 투여방법

M

설명(국문): 의약품명, 투여시기, 투여방법 등에 대한 정보

비고: 텍스트 입력

16

실험정보

실험방법

M

설명(국문): 실험방법에 대한 설명

비고: 텍스트 입력

17

실험결과

M

설명(국문): 실험결과에 대한 설명

비고: 텍스트 입력 또는 표·그림 업로드

10.3	수산먹이생물 특성 정보

□ (작성자) 국립수산과학원 윤석현

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 10-3>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

기본정보

분류군

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	식물플랑크톤
2	동물플랑크톤
3	원생생물
4	기타

2

종명

M

3

국명

O

3

원종 정보

출처

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	자연산
2	배양종

4

채집지(국가)

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 자연산인 경우에만 해당

5

채집지(위도 및 경도)

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 자연산인 경우에만 해당

6

채집시기

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 자연산인 경우에만 해당

7

채집방법

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 자연산인 경우에만 해당

8

기타 자연산 원종 관련 정보

O

비고: 3번 항목(출처)의 값이 자연산인 경우에만 해당

9

배양기관 정보

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 배양종인 경우에만 해당

10

분양시기

M

비고: 3번 항목(출처)의 값이 배양종인 경우에만 해당

11

기타 양식산 원종 관련 정보

O

비고: 3번 항목(출처)의 값이 자연산인 경우에만 해당

12

종의 형태적 특징

M

비고: 텍스트 입력 혹은 이미지 업로드

13

배양 정보

수온

M

비고: 텍스트 입력

염분

M

비고: 텍스트 입력

빛조건

M

비고: 텍스트 입력

광주기

M

비고: 시간:시간 형태의 텍스트 입력

14

사용배지

M

비고: 텍스트 입력

15

먹이생물

M

설명(국문): 타가영양생물의 경우, 제공하는 먹이생물 종명 입력

기타 배양정보

O

비고: 텍스트 입력

16

성장정보

최대 성장률(day-1)

O

비고: 텍스트 입력

17

기타 성장정보

O

비고: 텍스트 입력

18

유전자 정보

염기서열 정보

O

설명(국문): 염기서열 등

19

기타 유전 정보

O

설명(국문): 특이사항 등

10.4	수산사료 특성 정보

□ (작성자) 국립수산과학원 이봉주

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 10-4>

No

카테고리

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

기본정보

원산지

M

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	국산
2	수입(일본)

수입 사료일 경우 수입국가명 입력

2

제조회사명

M

설명(국문): 수입 사료일 경우 영문명 입력

3

제품명

M

예시: 보그락

4

제조 년월일

M

예시: 2020년 10월 17일

5

사료크기

M

예시: 1.0 mm

6

대상어종

M

설명(국문): 사료의 대상어종, 국명/영문명 병기

7

사료의 용도

O

예시: 어체중 10g 이상(육성용)

8

등록성분

함량

조단백질

M

설명(국문): 사료 배합비에서 조단백질이 차지하는 함량(%): % 이상

9

조지방

M

설명(국문): 사료 배합비에서 조지방이 차지하는 함량(%): % 이상

10

조섬유

M

설명(국문): 사료 배합비에서 조섬유가 차지하는 함량(%): % 이하

11

조회분

M

설명(국문): 사료 배합비에서 조회분이 차지하는 함량(%): % 이하

12

칼슘

M

설명(국문): 사료 배합비에서 칼슘이 차지하는 함량(%): % 이상

13

인

M

설명(국문): 사료 배합비에서 인이 차지하는 함량(%): % 이하

14

수분

M

설명(국문): 사료 배합비에서 수분이 차지하는 함량(%): % 이하

15

사용한 원료의 명칭

동물성 단백질류

M

설명(국문): 배합비율 표시 %

예시: 73% 이상

M

설명(국문): 원료 명칭은 배합비율이 높은 순으로 2개 이상 표시

예시: 어분, 수지박, 가금부산물

16

식물성 단백질류

M

설명(국문): 배합비율 표시 %

예시: 5% 이하

M

설명(국문): 원료 명칭은 배합비율이 높은 순으로 2개 이상 표시

예시: 대두박, 밀글루텐

17

곡류

M

설명(국문): 배합비율 표시 %

예시: 20% 이하

M

설명(국문): 원료 명칭은 배합비율이 높은 순으로 2개 이상 표시

예시: 밀1차 가공품

18

유지류

M

설명(국문): 배합비율 표시 %

예시: 3% 이상

M

설명(국문): 원료 명칭은 배합비율이 높은 순으로 2개 이상 표시

예시: 어유

19

보조사료 등

M

설명(국문): 배합비율 표시 %

예시: 1% 이상

M

설명(국문): 원료 명칭은 배합비율이 높은 순으로 2개 이상 표시

예시: 비타민, 미네랄, 인산1칼슘, 염화콜린 ...

11	동식물치료제 연구 분야

11.1	동물줄기세포주 특성정보

□ (작성자) 농림축산검역본부 이윤희

□ (설명) 동물의 치료에 활용될 수 있는 동물줄기세포주의 특성정보 양식

□ (관련 현황) 농림축산검역본부는 KVCC(한국수의유전자원은행)의 일환으로 동물줄기세포은행을 운영 중임

□ (작성에 참고한 자료) 한국세포주은행(서울대학교 암연구소),  한국세포주연구재단, 한국연구재단

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 11-1>

No

항목

도움말

1

Management No.

(데이터 관리기관 고유번호)

2

Possession No.

(보유기관 고유번호)

3

Name

(세포주명)

4

Distributability

(분양가능 여부)

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	비영리(연구 목적)
2	영리(상업적 목적)

5

Species

(축종 등)

예시: 축종:개, 성별:암컷, 품종:푸들, 연령:11세

6

Cellular morphology

(세포 종류)

예시: fibroblast

7

Production

(생산 시 처리방법)

예시: laminin: collagen 4

8

Growth pattern

(성장 패턴)

예시: monolayer, suspension

9

Freezing media

(보존 배지)

10

Original media

(원 배지)

11

KVCC media

(은행 사용 배지)

12

Subculture

(계대 방법)

13

References

(관련 정보)

과제정보: 주관연구책임자, 소속기관, 과제번호, 과제명

논문정보

기타(특허 등)

14

Note

(주의 사항)

확인된 표면 단백질 발현 유무: 예시: CD29, CD44

그간의 연구분야: 예시: 관절염, 아토피

□ 줄기세포 특성정보(일부 예시)

11.2	농약 정보

11.2.1	화학농약 정보

□ (작성자) 국립농업과학원 박상원

□ 작성에 참고한 자료

ㅇ PPDB: Pesticide Properties Database (http://sitem.herts.ac.uk/aeru/ppdb/) 양식 중 일부 항목들 제외

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ 화학농약 정보 양식(예시는 endosulfan의 예임*)

* 상기 PPDB 사이트에서 해당 페이지 링크: http://sitem.herts.ac.uk/aeru/ppdb/en/Reports/264.htm

파트 1. GENERAL INFORMATION (일반 정보)

<표 11-2-1-1>

No	항목명	등록정보 예시(endosulfan의 예)
1	Description (설명)	An isomer mixture of alpha- and beta-endosulfan which is an insecticide and acaricide used to control sucking, chewing and boring insects
2	Example pests controlled (방제되는 해충의 예)	Whiteflies; Aphids; Leafhoppers; Colorado beetle; Cabbage worms; Ticks; Mites; Tstetse flies.
3	Example applications (활용 예)	Vegetable crops; Cotton; Potatoes; Tomatoes; Apples

파트 2. Chemical structure (화학 구조)

<표 11-2-1-2>

No	항목명	등록정보 예시(endosulfan의 예)
1	Isomerism (이성질)	A molecule with 4 chiral centres, endosulfan is is a mixture of the alpha- and beta-forms.
2	Chemical formula (화학식)	C9H6Cl6O3S
3	Canonical SMILES (정규 SMILES 표기법)	C1C2C(COS(=O)O1)C3(C(=C(C2(C3(Cl)Cl)Cl)Cl)Cl)Cl
4	Isomeric SMILES (이성질 SMILES 표기법)	C1[C@@H]2[C@H](COS(=O)O1)[C@@]3(C(=C([C@]2(C3(Cl)Cl)Cl)Cl)Cl)Cl
5	International Chemical Identifier key (InChIKey) (국제 화학 ID 키)	RDYMFSUJUZBWLH-UHFFFAOYSA-N
6	International Chemical Identifier (InChI) (국제 화학 ID)	InChI=1S/C9H6Cl6O3S/c10-5-6(11)8(13)4-2-18-19(16)17-1-3(4)7(5,12)9(8,14)15/h3-4H,1-2H2
7	2D structure diagram/image available? (2차원 구조 다이어그램 및 이미지 유무 여부)	Yes

파트 3. General status (일반 상태)

<표 11-2-1-3>

No	항목명	등록정보 예시(endosulfan의 예)
8	Pesticide type (농약 타입)	Insecticide, Acaricide
9	Substance group (물질 그룹)	Organochlorine
10	Mode of action (작용 기전)	Non-systemic with contact and stomach action, acts as a non-competitive GABA antagonist
11	CAS RN	115-29-7
12	EC number	204-079-4
13	CIPAC number	89
14	US EPA chemical code	079401
15	Molecular mass (분자 질량)	406.93
16	IUPAC name	1,4,5,6,7,7-hexachloro-8,9,10-trinorborn-5-en-2,3-ylenebismethylene sulfite
17	CAS name	6,7,8,9,10,10-hexachloro-1,5,5a,6,9,9a-hexahydro-6,9-methano-2,4,3-benzodioxathiepin 3-oxide
18	Other status information (기타 상태 정보)	POP - regulated by Stockholm Convention; OSPAR pfa/soc; WFD priority substance; Severe Marine Pollutant; Global ban (2011); Chemical subject to PIC regulation
19	Relevant Environmental Water Quality Standards (관련된 환경 수질 표준)	EU Directive 2008/105/EC EQS surface waters: annual average 0.005 µg l⁻¹; max measured 0.01 µg l⁻¹ UK Statutory standard for the protection of aquatic life in inland waters, coastal and territorial waters: 0.003 µg l⁻¹ as annual average
20	Herbicide Resistance Classification (HRAC)	Not applicable
21	Herbicide Resistance Classification (WSSA)	Not applicable
22	Insecticide Resistance Classification (IRAC)	2A
23	Fungicide Resistance Classification (FRAC)	Not applicable
24	Examples of recorded resistance (기록된 저항성의 예)	Many recorded cases, Aphis gossypii, Bemisia tabaci, Dasineura tetensi, Leptinotarsa decemlineata, Myzus persicae, many others
25	Physical state (물리적 상태)	Colourless to brown coloured crystals

파트 4. ENVIRONMENTAL FATE (환경적 거동)

<표 11-2-1-4>

Property	등록정보 예시(endosulfan의 예)	Interpretation
Solubility - In water at 20 °C (mg l⁻¹) (용해성: 섭씨 20도 물에서)	0.32	Low
Solubility - In organic solvents at 20 °C (mg l⁻¹) (용해성: 섭씨 20도 유기 용매에서)	200000(Ethyl acetate), 65000(Ethanol), 24000(Hexane), 200000(Toluene)	-
Melting point (°C) (녹는점)	80	-
Boiling point (°C) (끓점)	-	-
Degradation point (°C) (분해점)	-	-
Flashpoint (°C) (인화점)	-	-
Octanol-water partition coefficient at pH 7, 20 °C	5.62X1004(LogP=4.75)	High
Bulk density (g ml⁻¹) (겉보기 밀도)	1.8	-
Dissociation constant pKa) at 25 °C (섭씨 25도에서 해리 상수)	-	-
Vapour pressure at 20 °C (mPa) (섭씨 20도에서 증기 압력)	0.83	Low volatility
Henry's law constant at 25 °C (Pa m³ mol⁻¹)	1.48	Moderately volatile
GUS leaching potential index	5.28	High leachability
SCI-GROW groundwater index (μg l⁻¹) for a 1 kg ha⁻¹ or 1 l ha⁻¹ application rate	5.86X1000	-

파트 5. Degradation (분해)

<표 11-2-1-5>

Property		등록정보 예시(endosulfan의 예)	Interpretation
General biodegradability (일반적 생분해성)	-	-
Soil degradation (days) (aerobic) (토양 분해 (일)(호기성))	DT₅₀ (typical)	50	Moderately persistent
	DT₅₀ (lab at 20 °C)	39	Moderately persistent
	DT₅₀ (field)	86	Moderately persistent
	DT₉₀ (lab at 20 °C)	-	-
	DT₉₀ (field)	-	-
	DT₅₀ modelling endpoint	-	-
	Note	EU dossier lab studies DT₅₀ range 28-50 days, field studies DT₅₀ range 62-126 days for summer applications, 68-87 days for autumn applications (UK); FAO state DT₅₀ 60-800 days
Dissipation rate RL₅₀ on plant matrix	Value	3.7	-
	Note	Published literature RL₅₀ range 0.1-5.5 days, 19 field crops, various matrices, n=23
Dissipation rate RL₅₀ on and in plant matrix	Value	4.3	-
	Note	Published literature RL₅₀ range 0.4-14.5 days, 19 field & undercover grown crops, various matrices, n=41
Aqueous photolysis DT₅₀ (days) at pH 7	Value	-	-
	Note	-
Aqueous hydrolysis DT₅₀ (days) at 20 °C and pH 7	Value	20	Non-persistent
	Note	-
Water-sediment DT₅₀ (days)	-	-	-
Water phase only DT₅₀ (days)	-	-	-

파트 6. Soil absorption and mobility (토양 흡수 및 이동성)

<표 11-2-1-6>

Property		등록정보 예시(endosulfan의 예)	Interpretation
Linear	Kd	-	Non-mobile
	Koc	11500
	Notes and range	-
Freundlich	Kf	0.28	Mobile
	Kfoc	18.6
	1/n	0.558
	Notes and range	LiteraturedataKf range0.08-0.52mLg⁻¹,Kfoc range5.7-38.5mLg⁻¹, 1/n range0.500-0.648,soils=4
pH sensitivity (pH 민감성)		-

파트 7. Key metabolites (주요 대사 물질)

<표 11-2-1-7>

Metabolite	Formation medium	Estimated maximum occurrence fraction	1107/2009 relevancy
endosulfan sulfate	Soil	-	-

<표 11-2-1-8>

Property		등록정보 예시 (endosulfan의 예)	Interpretation
Bio-concentration factor	BCF (l kg⁻¹)	2755	Threshold for concern
	CT₅₀ (days)	Not available	-
Mammals - Acute oral LD₅₀ (mg kg⁻¹)		38	High
Mammals - Short term dietary NOEL	(mg kg⁻¹)	-	-
	(ppm diet)	15	-
Birds - Acute LD₅₀ (mg kg⁻¹)		> 111	Moderate
Birds - Short term dietary (LC₅₀/LD₅₀)		-	-
Fish - Acute 96 hour LC₅₀ (mg l⁻¹)		0.002	High
Fish - Chronic 21 day NOEC (mg l⁻¹)		0.0000005	High
Aquatic invertebrates - Acute 48 hour EC₅₀ (mg l⁻¹)		0.44	Moderate
Aquatic invertebrates - Chronic 21 day NOEC (mg l⁻¹)		-	-
Aquatic crustaceans - Acute 96 hour LC₅₀ (mg l⁻¹)		0.24	Moderate
Sediment dwelling organisms - Acute 96 hour LC₅₀ (mg l⁻¹)		0.1	Moderate
Sediment dwelling organisms - Chronic 28 day NOEC, static, water (mg l⁻¹)		-	-
Sediment dwelling organisms - Chronic 28 day NOEC, sediment (mg kg⁻¹)		-	-
Aquatic plants - Acute 7 day EC₅₀, biomass (mg l⁻¹)		-	-
Non-target plants		-	-
Algae - Acute 72 hour EC₅₀, growth (mg l⁻¹)		2.15	Moderate
Algae - Chronic 96 hour NOEC, growth (mg l⁻¹)		-	-
Honeybees(Apis spp.)	Contact acute LD₅₀ (worst case from 24, 48 and 72 hour values - μg bee⁻¹)	> 7.81	Moderate
	Oral acute LD₅₀ (worst case from 24, 48 and 72 hour values - μg bee⁻¹)	> 15.6	Moderate
	Unknown mode acute LD₅₀ (worst case from 24, 48 and 72 hour values - μg bee⁻¹)	-	-
Bumblebees(Bombus spp.)	Contact acute LD₅₀ (worst case from 24, 48 and 72 hour values - μg bee⁻¹)	-	-
		-
	Oral acute LD₅₀ (worst case from 24, 48 and 72 hour values - μg bee⁻¹)	> 1.72	Moderate
Masonbees(Osmia spp.)	Contact acute LD₅₀ (worst case from 24, 48 and 72 hour values - μg bee⁻¹)	-	-
	Oral acute LD₅₀ (worst case from 24, 48 and 72 hour values - μg bee⁻¹)	-	-
Other pollinators (1)	Acute LD₅₀ (worst case from 24, 48 and 72 hour values - μg insect⁻¹)	0.21	High
	Mode of exposure	Contact
Other pollinators (2)	Acute LD₅₀ (worst case from 24, 48 and 72 hour values - μg insect⁻¹)	-	-
	Mode of exposure	-
Earthworms - Acute 14 day LC₅₀ (mg kg⁻¹)		> 14	Moderate
Earthworms - Chronic NOEC, reproduction (mg kg⁻¹)		-	-
Other soil macro-organisms	Acute LC₅₀ (mg kg⁻¹)	-	-
	Chronic NOEC (mg kg⁻¹)	-	-
Other arthropod (1)	LR₅₀ g ha⁻¹	-	-
	% Effect	Harmless	-
Other arthropod (2)	LR₅₀ g ha⁻¹	-	-
	% Effect	-	-
Soil micro-organisms		-	-
Mesocosm study data	NOEAEC mg l⁻¹	-	-
	NOEAEC mg l⁻¹	-	-

파트 8. Ecotoxicology (생태독성)

파트 9. HUMAN HEALTH AND PROTECTION (General) (인간 건강 및 보호 (일반))

<표 11-2-1-9>

Property	등록정보 예시 (endosulfan의 예)	Interpretation
Threshold of Toxicological Concern (Cramer Class)	High (class III)	-
Mammals - Acute oral LD₅₀ (mg kg⁻¹)	38	High
Mammals - Dermal LD₅₀ (mg kg⁻¹ body weight)	500	-
Mammals - Inhalation LC₅₀ (mg l⁻¹)	0.013	-
Other Mammal toxicity endpoints	-	-
ADI - Acceptable Daily Intake (mg kg⁻¹ bw day⁻¹) (일일섭취허용량)	0.006	-
ARfD - Acute Reference Dose (mg kg⁻¹ bw day⁻¹) (급성독성참고치)	0.02	-
AAOEL - Acute Acceptable Operator Exposure Level (mg kg⁻¹ bw day⁻¹) (급성농작업자노출허용량)	-	-
AOEL - Acceptable Operator Exposure Level - Systemic (mg kg⁻¹ bw day⁻¹) (농작업자노출허용량)	-	-
Dermal penetration studies (%) (피부 침투)	-	-
Dangerous Substances Directive 76/464	List II	-
Exposure Routes (노출 경로)	-
European MRLs (유럽 최대잔류허용기준)	EU MRL pesticide database
Drinking Water Standards (음용수 표준)	-	-
Drinking Water MAC (μg l⁻¹) (음용수 최대허용농도)	-	-

11.2.2	생물농약 정보

□ (작성자) 전북대학교 김재수

□ (작성에 참고한 자료) BCPC Biopesticide Manual, 2018

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 11-2-2>

항목		데이터 등록 예시
Nomenclature	학명	Beauveria bassiana
	물질명	-
	CAN RN	-
	개발 코드	ERL836
분리	장소	-
	생물체	나비목 곤충(밤나방류)
생산 방법		고체배양
대상 병해충잡초		꽃노랑총채벌레
대상 작물		오이
생물학적 기작		균사의 곤충 큐티클 침입 및 살충성 대사산물 생성을 통한 해충 치사
제형 및 함량		5% GR
상표명		총채싹 입제
적용방법		정식전 토양처리
화학농약과의 혼용성		살균제와 혼용 주의
포유독물 독성		저독성(IV)
환경독성		꿀벌 및 누에에 사용 주의

12	지능형농업 분야

□ (작성자) 농촌진흥청 조용빈, 농촌진흥청 황정환, 국립축산과학원 김종복 등

□ 추진내용

○ 바이오 연구데이터를 통합 수집‧제공을 위한 지능형 농업 분야 R&D 데이터 등록양식

∙ 시설원예 분야

▪환경데이터 등록양식(시설원예 공통)

- 환경정보(24개 항목)

‧ 내부환경 : 온도, 습도(절대/상대), CO2, 광량, 일사량

‧ 외부환경 : 온도, 풍향, 풍속, 강우감지, 일사량

‧ 토경 : 지습, 지온, 관수량, 토양EC, 토양pH

‧ 수경(양액) : 배지온도, 배지습도, 급액량, 급액EC, 급액pH, 배액량, 배액EC, 배액pH, 함수율

- 제어정보(19개 항목)

‧ 시설장비 : 천창, 측창, 보온커튼, 차광커튼, 유동팬, 보광등, 3Way밸브, 배기팬, 환기구, 관수작동상태(토경), 양액기작동상태(수경), 습관리장치, 난방기, 냉방기, 냉난방기, 훈증기, 수막시스템, CO2발생기, CO2발생기+난방기

- 재배시설정보(11개 항목)

‧ 기본정보 : 시설유형, 재배형태, 재배면적, 시설형태, 배지형태, 시설위치

‧ 시설정보 : 통합제어기, 양액/관수기, 냉난방장치, 센서, 구동기

▪작목별 데이터 등록양식(토마토, 파프리카, 딸기 등 3품목)

- 토마토(25개 항목)

‧ 생육정보 : 초장, 생장길이, 화방높이, 경경(줄기굵기), 엽장, 엽폭, 엽수, 개화군, 착과군, 착과수, 과중, 과고, 과폭, 경도, 상품과율, 과실등급, 과실 당도, 과실 산도, 과실 색상

‧ 생산량정보 : 농가명(시설명), 일자, 출하량, 판매금액, 평당수량, 재배면적

- 파프리카(25개 항목)

‧ 생육정보 : 초장, 생장길이, 엽수, 엽장, 엽폭, 줄기굵기, 화방높이, 개화마디(개화화방), 착과마디(착과화방), 수확마디(수확화방), 착과수, 수확수, 과폭, 과고, 무게, 상품과율, 과실등급, 과실 당도, 과실 색상

‧ 생산량정보 : 농가명(시설명), 일자, 출하량, 판매금액, 평당수량, 재배면적

- 딸기(28개 항목)

‧ 생육정보 : 초장, 엽장, 엽폭, 엽병장, 엽수, 관부직경, 출뢰기, 개화기, 수확기, 화방꽃수(소화수), 개화수, 미개화수, 착과수, 액아 발생시기, 과중, 과폭, 과실 당도, 과실 경도, 과실 산도

‧ 수량정보 : 상품과, 비상품과, 상품과율

‧ 생산량정보 : 농가명(시설명), 출하일자, 등급, 출하수량, 출하중량, 단가

∙ 축산 분야

▪돼지(모돈) 등록양식

- 모돈사 환경, 사양, 생산성적 정보(18개 항목)

‧ 환경 : 온도, 습도, 환기량

‧ 사양 : 모돈번호, 급이설정량, 급이섭취량

‧ 생산성적 : 모돈번호, 산차, 교배일, 분만일, 총산, 실산, 이유두수, 이유체중, 발정재귀일, 분만율, 수태율, PSY, MSY

▪젖소 등록양식

- 젖소 생체, 번식정보(6개 항목)

‧ 생체 : 개체번호, 체온, 위내산도, 활동량

‧ 번식 : 개체번호, 발정일, 분만일

12.1	지능형 시설원예 분야

12.1.1	시설원예 환경데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ 환경데이터 등록양식(공통)

분류	항목			단위	수집방식	수집주기	비고
내부환경	내부온도			℃	자동	1분	낮평균, 밤평균 온도 계산
	내부 습도	절대습도		g/m3	자동	1분
		상대습도		%	자동	1분
	내부CO2			ppm	자동	1분
	광량			μmol·m-2·s-1	자동	1분
	일사량			W/m2	자동	1분
외부환경	외부온도			℃	자동	1분	최저, 최고, 평균 온도, 주/야 평균 온도는 수집데이터로 계산
	외부풍향			E/W/S/N	자동	1분
	외부풍속			m/s	자동	1분
	강우감지			Y/N	자동	1분
	일사량			W/m2	자동	1분	누적 일사량(J/cm2)은 수집데이터로 계산
토경정보	지습			%	자동	1분
	지온			도	자동	1분
	관수량			ℓ	자동	1분
	EC			dS/m-1	자동	1분
	pH			ph	자동	1분
수경 (양액)정보	배지온도			℃	자동	1분
	배지습도			%	자동	1분
	급액량			ℓ	자동	1분
	급액EC			dS/m-1	자동	1분
	급액pH			ph	자동	1분
	배액량			ℓ	자동	1분
	배액EC			dS/m-1	자동	1분
	배액pH			ph	자동	1분
	수분함수율			%	자동	1분
제어정보	천창 (일/이/삼중)	작동시간		TIME	자동	1분	CO2 농도, 습도, 풍향, 풍속 조건에 영향받음
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정지원		DATA	자동	1분
		설정온도		℃	자동	1분
		열림값		%	자동	1분
		닫힘값		%	자동	1분
		온도폭		℃	자동	1분
		개도		%	자동	1분
제어정보	측창 (일/이/삼중)	작동시간		TIME	자동	1분	CO2 농도, 습도, 풍향, 풍속 조건에 영향받음
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
		설정온도		℃	자동	1분
		열림값		%	자동	1분
		닫힘값		%	자동	1분
		온도폭		℃	자동	1분
		개도		%	자동	1분
	보온 커튼	작동시간		TIME	자동	1분	습도, 온도, 광량 조건에 영향받음
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
	차광 커튼	작동시간		TIME	자동	1분	습도, 온도, 광량 조건에 영향받음
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
	유동팬	작동시간		TIME	자동	1분	CO2 농도, 습도 조건에 영향 받음
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
		작동온도		℃	자동	1분
		정지온도		℃	자동	1분
		작동습도		℃	자동	1분
		정지습도		℃	자동	1분
	보광등	작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
	3WAY벨브	작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
	배기팬	작동시간		TIME	자동	1분	온도, 습도, 풍향, 풍속 조건에 영향받음
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
	환기구	작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
제어정보	관수 작동 상태 (토경)	작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
	양액기 작동 상태 (수경)	작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
	습관리장치	작동구분		제습/가습	자동	1분
		작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
	난방기	작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
		작동온도		℃	자동	1분
		정지온도		℃	자동	1분
	냉방기	작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
		작동온도		℃	자동	1분
		정지온도		℃	자동	1분
	냉난방기	작동구분		냉방/난방	자동	1분
		작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
		작동온도		℃	자동	1분
		정지온도		℃	자동	1분
	훈증기	작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
	수막 시스템	작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
제어정보	CO2 발생기	작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
	CO2 발생기 +난방기	작동시간		TIME	자동	1분
		작동여부		ON/OFF	자동	1분
		작동상태		Y/N	자동	1분
		설정정보		DATA	자동	1분
재배시설정보	기본정보	재배시설유형			수동	필요시	(예 : 단동, 연동, 유리온실, 기타)
		재배형태			수동	필요시	(예 : 토경재배, 수경재배)
		재배면적			수동	필요시	(예 : 남북100 동서50 높이5)
		시설형태	방향		수동	필요시	(예 : 남북)
			길이		수동	필요시	(예 : 100m)
			폭		수동	필요시	(예 : 50m)
			측고		수동	필요시	(예 : 5m)
		배지형태			수동	필요시	(예 : 사용안함, 펄라이트, 코이어, 암면, 유기재배, 기타)
		재배시설위치 (경위도)			수동	필요시
		자동 수집 센서정보			수동	필요시	(예 : 내부온도 센서 1개, 외부온도 센서 2개)
	시설정보	통합제어기	제조사		수동	필요시	(예 : 우성, 그린CS, 동우 등)
			유형		수동	필요시	(예 : 단순, 복합환경제어, 기타)
			모델		수동	필요시
			설치위치		수동	필요시	(예 : 온실내부, 온실외부, 별도건물 등)
			수량		수동	필요시
		양 액 / 관 수 기	제조사		수동	필요시
			유형		수동	필요시	(예 : 양액기, 관수기)
			모델		수동	필요시
			설치위치		수동	필요시	(예 : 온실내부, 온실외부, 별도건물 등)
			수량		수동	필요시
		냉난방장치	제조사		수동	필요시
			유형		수동	필요시	(예 : 냉방기, 난방기, 냉난방기, 수막시스템, CO2발생기+난방기, 기타)
			모델		수동	필요시
			설치위치		수동	필요시
			수량		수동	필요시
	센서 정보	센서유형			수동	필요시	(예 : 내부온도센서, 내부습도센서, 외부온도센서, 기타)
		센서위치			수동	필요시	(예 : 센터기준 - 북40 / 서20 / 높이3)
		센서정상범위			수동	필요시	정상수치 범위 또는 이상알림 기준
	구동기정보	구동기 유형			수동	필요시	(예 : 통합구동, 개별구동1-측창/천장, 개별구동2-보온커튼/차광커튼, 기타)
		구동기 수량			수동	필요시
		구동기 위치			수동	필요시	(예 : 동측창, 천창, 동측커튼 등)
		구동기 자동유무			수동	필요시	(예 : 자동제어, 타이머, 수동 등)

❍ 환경 및 제어정보 관련 수집항목 및 측정방법

※ 시설(온실)에 설치된 장비 및 상황에 따라 수집정보/항목 등은 달라질 수 있음.

❍ 환경 및 제어데이터 DB 구축 방법

- 시설(온실)에 설치된 센서 및 장비의 상황에 따라 DB에 자동으로 수집

※ [참고1] 지능형 농업 분야 데이터베이스 정의서 예시 참조

- 재배시설정보의 경우 데이터 수집 전 수동 입력을 통해 DB 저장

12.1.2	작목별 데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ 작목별 데이터 등록양식

(1) 완숙토마토

❍ 생육정보 수집항목 및 측정방법

항목	단위	측정주기	측정방법
초 장	cm	1회	지표면에서의 생장점까지의 길이
생장길이	cm	1주	지난주 생장점에서 이번주 생장점까지 길이
화방높이	cm	1주	생장점에서 개화화방까지의 거리
경경(줄기굵기)	cm	1주	개화화방(생장점 첫 화방)에서 아래 2cm의 줄기 굵기
엽 장	cm	1주	개화 화방에서 아래 3번째 잎의 길이
엽 폭	cm	1주	개화 화방에서 아래 3번째 잎의 폭
엽 수	개	1주	1cm 이상 잎의 수
개화군	화방	1주	각 화방에 작은 꽃이 핀 개수를 세어서 결정
착과군	화방	1주	각 화방에 수정되어 착과된 열매수를 세어 결정
수확군	화방	1주	각 화방의 착과수와 수확한 개수를 세어 결정
착과수	개	1주	착과된 과실의 수, 수확된 과실 포함
과 중	g	1주	수확한 열매의 1개당 무게 측정
과 고	cm	1주	수확한 열매의 높이 측정
과 폭	cm	1주	수확한 열매의 너비 측정
경 도	N	1주	수확한 열매의 경도 측정(3반복)
상품과율	%	1주	수확한 열매의 상품과 비율
과실등급(상)	%	1주	과중 120~150g, KAMIS 가격 조사기준
과실등급(중)	%	1주	과중 150~170g, KAMIS 가격 조사기준
과실등급(하)	%	1주	과중 120g 이하, 170g 이상, KAMIS 가격 조사기준
과실 당도	Brix	1주	수확한 과실의 당도
과실 산도	%	1주	수확한 과실의 산도
과실 색상	Hunt	1주	수확한 과실의 색상(Hunt L, A, B)

❍ 생육데이터 DB 구축 방법 : 엑셀 또는 ABMS 시스템을 통해 입력 저장 보관

- 생육조사

농가명	조사일 (년월일)	개체 번호	생장 길이 (cm)	화방높이 (cm)	경경 (mm)	엽장 (cm)	엽폭 (cm)	엽수 (장)	개화군	착과군	수확군

- 과채특성조사

농가명	조사일 (년월일)	개체 번호	화방 번호	수확과 번호	과중 (g)	과고 (cm)	과폭 (cm)	경도 (g)

- 생산량조사

농가명	일자 (년월일)	출하량	판매금액	평당수량	재배면적

(2) 파프리카

❍ 생육정보 수집항목 및 측정방법

항목	단위	측정주기	측정방법
초 장	cm	1주	지표면에서 생장점까지 길이
생장길이	cm	1주	지난주 생장점에서 금주 생장점 길이
엽 수	개/주	1주	1cm 이상 잎의 수
엽 장	cm	1주	착과된 파프리카의 바로 위 엽장 혹은 맨 위에 개화 화방에서 3번째 아래 있는 길이, 폭
엽 폭	cm	1주
줄기굵기	mm	1주	개화화방(생장점 첫 화방) 바로 아래의 줄기 굵기 (낙화된 경우 추정하여 측정)
화방높이	cm	1주	생장점에서 개화화방까지의 거리 (낙화된 경우 추정하여 계산)
개화마디(개화화방)	마디	1주	현재 꽃이 피는 위치(마디) (낙화된 경우 추정하여 계산)
착과마디(착과화방)	마디	1주	과일이 보이고(씨방이 보이면) 착과로 간주
수확마디(수확화방)	마디	1주	파프리카를 수확한 위치
착과수	개	1주	착과된 과실의 수, 수확된 과실 포함
수확수	개	1주	수확한 개수(딴 개수)
과폭	cm	1주	착과된 파프리카의 과폭, 높이
과고	cm	1주
무게	g	1회	수확한 파프리카의 무게
상품과율	%	1주	수확한 열매의 상품과 비율
과실등급(상)	%	1주	과중 120~150g, KAMIS 가격 조사기준
과실등급(중)	%	1주	과중 150~170g, KAMIS 가격 조사기준
과실 당도	Brix	1주	수확한 과실의 당도
과실 색상	Hunt	1주	수확한 과실의 색상(Hunt L, A, B)

❍ 생육데이터 DB 구축 방법 : 엑셀 또는 ABMS 시스템을 통해 입력 저장 보관

- 생육조사

농가명	조사일 (월일)	개체번호	줄기 번호	초장 (생장길이)	엽수	엽길이	엽폭	줄기 굵기	화방 높이

개화마디	착과마디	수확마디	착과수	꽃 수	열매수	수확수	과폭	과고	무게

- 생산량조사

농가명	일자 (년월일)	출하량	판매금액	평당수량	재배면적

(3) 딸기

항목	단위	측정주기	측정방법
초장	cm	1주	관부의 지제부로부터 가장 긴 잎의 선단까지의 길이를 세워서 측정
엽장	cm	1주	완전히 전개된 최근 3번째 잎을 대상으로 하며, 엽육이 시작되는 지점부터 잎 끝부분까지 길이
엽폭	cm	1주	완전히 전개된 최근 3번째 잎을 대상으로 하며, 가장 폭이 넓은 부분 측정(엽장과 수직 방향이 되도록)
엽병장	cm	1주	관부에서 초장을 측정하는 잎의 하단까지의 길이 (초장-엽장)
엽수	매	1주	한 개체의 잎의 수(완전히 전개한 잎만 측정) ※ 잎색이 연하거나 특별한 이상 증상 없이 잎표면이 쭈굴거리면 미전개 잎으로 판단
관부직경	mm	1주	원줄기 관부에서 가장 굵은 부분의 길이
출뢰기	월일	수시	1cm 이상의 화방이 40% 이상 출뢰한 시기 (100개체 이상)
개화기	월일	수시	1화방의 소화가 40% 이상 피었을 시기 (100개체 이상)
수확기	월일	수시	조사개체 중 1번과의 약 40%가 수확 되었을 시기
화방꽃수 (소화수)	개	1주	화방에 달린 꽃의 수
개화수	개	1주	화방에 달린 전개된 작은 꽃 수
미개화수	개	1주	화방에 달린 미전개된 작은 꽃 수
착과수	개	1주	화방에 달린 열매의 수(꽃잎이 떨어진 개수)
액아 발생시기	월일	수시	액아가 40% 이상 출뢰한 시기(액아1, 액아2)
과중	g	1주	성숙과 한 개의 무게
과장	cm	1주	성숙과 한 개의 가장 긴 부분의 길이
과폭	cm	1주	성숙과 한 개의 가장 폭이 넓은 부분의 길이
과실 당도	Brix	1주	90% 착색과를 종단으로 절단 후 중간 부위를 손으로 눌러 5-10방울 내외 착즙(간이 당도계 활용)
과실 경도	N	1주	경도계를 이용하여 90% 이상 착색과의 중간 부위 표면과 수직 방향으로 동일한 압력으로 과실 중앙 부위 값 측정
과실 산도	%	1주	성숙과의 산도(산도계 활용)

❍ 생육정보 수집항목 및 측정방법

❍ 수량정보 수집항목 및 측정방법

항목	단위	측정주기	측정방법
상품과	g/주	1주	과중 12g 이상 특과 25g 이상, 대과 17-25g, 중과 12-17g * 포기당 상품과 수량으로 환산
비상품과	g/주	1주	과중 12g 미만 * 포기당 비상품과 수량으로 환산
상품과율	%	1주	상품수량/주당 수량 비율

❍ 생육데이터 DB 구축 방법 : 엑셀 또는 ABMS 시스템을 통해 입력 저장 보관

- 생육조사

농가명	조사일 (년월일)	개체 (번호)	본주 /액아 (구분)	초장 (cm)	엽수 (개)	엽장 (cm)	엽폭 (cm)	엽병장 (cm)	관부직경 (cm)

화방 번호	화방출뢰기 (년월일)	개화기 (년월일)	소화수 (개)	착과수 (개)	액아 발생시기 (년월일)	이미지 (엽)	이미지 (화방)

- 착과과조사

농가명	조사일 (년월일)	개체번호	수확번호	과중 (g)	과장 (mm)	과폭 (mm)	무게 (g)	당도 (Brix)	산도 (%)	당산비 (%)

- 생산량조사

농가명	출하일자 (년월일)	등급	출하수량 (개)	출하중량 (kg)	단가

12.2	지능형 축산 분야

12.1.1	돼지(모돈) 데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ 돼지(모돈)

❍ 모돈사 환경, 사양, 생산성적 정보 수집항목 및 측정방법

항목	단위	측정주기	측정방법
온도	℃	1시간	온도센서로 돈방별 수집
습도	%	1시간	습도센서로 돈방별 수집
환기량	%	1시간	환기팬 컨트롤러로 최대 환기 대비 비율 수집
모돈번호	ID	1시간	이표, 전자이표로 개체식별 번호 수집
급이설정량	kg	1시간	자동급이기에 설정된 급이량 수집
급이섭취량	kg	1시간	자동급이기로 급이 섭취량 수집
산차	횟수	1개월	분만 총 횟수
교배일	일	1개월	교배한 날짜
분만일	일	1개월	분만한 날짜
총산	두수	1개월	총 산자 수
실산	두수	1개월	총 산자 수 중 포유개시 가능한 생존 두수
이유두수	두수	1개월	이유한 자돈의 수
이유체중	kg	1개월	이유한 자돈의 체중
발정재귀일	일	1개월	이유 후 교배 실시하기까지의 기간
분만율	%	1개월	교배한 모돈 수 대비 실제 분만한 모돈 수
수태율	%	1개월	교배한 모돈 수 대비 교배 후 21일 까지 임신이 유지되고 있는 모돈 수
PSY	두수	1개월	모돈 당 연간 이유 자돈 수
MSY	두수	1개월	모돈 당 연간 출하두수

❍ 모돈사 정보 DB 구축 방법 : 엑셀 또는 ABMS 시스템을 통해 저장 보관

- 환경정보 수집

농장번호 (농장명)	장비번호	수신일시	온도	습도	환기량

- 급이기 정보수집

농장번호 (농장명)	장비번호	수신일시	개체번호	급이설정량	급이섭취량

- 생산성적

농장번호 (농장명)	개체번호	수집일시	산차	교배일	분만일	총산	실산

이유두수	이유체중	발정재귀일	분만율	수태율	PSY	MSY

12.1.2	젖소 데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

□ 젖소

❍ 젖소 생체정보, 번식정보 수집항목 및 측정방법

항목	단위	측정주기	측정방법
개체번호	ID	10분	생체정보 수집장치로 개체번호 수집
체온	℃	10분	생체정보 수집장치로 위내 체온 수집
위내 산도	pH	10분	생체정보 수집장치로 위내 pH 수집
활동량	지수	10분	가속도센서, 실시간위치측위 시스템(RTLS)을 통한 활동량 수집
발정일	일	일	개체별 발정 일자
분만일	일	일	개체별 분만 일자

❍ 젖소 생체정보, 번식정보 DB 구축 방법 : 엑셀 또는 ABMS 시스템을 통해 저장 보관

- 생체정보 수집

농장번호 (농장명)	개체번호	수신일시	체온	위내 산도	활동량

- 번식정보 수집

농장번호 (농장명)	개체번호	발정일	분만일

참고		지능형 농업 분야 데이터베이스 정의서 예시

❍ 지능형 농업 분야 환경 데이터베이스 정의서 예시(시설원예 공통)

엔 티 티 명	환경데이터
테 이 블 명	ENVRN_STUS
테이블 설명	온실 환경데이터
비 고

속 성 명	컬 럼 명	유 형	길이	필수	초기값	키	비고/무결성
시설ID	GH_ID	CHAR	9	Y		PK
저장일시	STRE_DT	CHAR	14	Y		PK
품목코드	PRDLST_CD	CHAR	8	Y		PK
구역	ZONE	INT	-
제어온도	CTRL_TP	DOUBLE	-
내부온도1	INNER_TP1	DOUBLE	-
내부온도2	INNER_TP2	DOUBLE	-
내부온도3	INNER_TP3	DOUBLE	-
제어습도	CTRL_HD	DOUBLE	-
내부습도1	INNER_HD1	DOUBLE	-
내부습도2	INNER_HD2	DOUBLE	-
내부습도3	INNER_HD3	DOUBLE	-
지온	GR_TP	DOUBLE	-
지습	GR_HD	DOUBLE	-
관수량	AI	DOUBLE
토양EC	GR_EC	DOUBLE
토양PH	GR_PH	DOUBLE
공급EC	SS_EC	DOUBLE
공급PH	SS_PH	DOUBLE
총배액	DS_AVG	DOUBLE
배액EC	DS_EC	DOUBLE
배액PH	DS_PH	DOUBLE
순환온도	RT_TP	DOUBLE	-
이슬점	DWPN	DOUBLE	-
CO2농도	CO2_DNSTY	DOUBLE	-
외부온도	EXTRL_TP	DOUBLE	-
풍속	ARVLTY	DOUBLE	-
일사량	SOLRAD_YLD	DOUBLE	-
누적일사량	ACC_SOL_YLD	DOUBLE	-
제어환기온도	CTRL_VENTL_TP	DOUBLE	-
제어난방온도	CTRL_HEAT_TP	DOUBLE	-
상대습도	PARTN_HD	DOUBLE	-
절대습도	ABSLT_HD	DOUBLE	-
Index 정의
번호	Index명	컬럼ID		Order		용도
1	PK_ENVRN_STUS	GH_ID		1
		STRE_DT		2
		PRDLST_CD		3

❍ 지능형 농업 분야 품목별 데이터베이스 정의서 예시(토마토)

엔 티 티 명	생육데이터
테 이 블 명	GRWH_STUS
테이블 설명	토마토 생육데이터
비 고

속 성 명	컬 럼 명	유 형	길이	필수	초기값	키	비고/무결성
시설ID	GH_ID	CHAR	9	Y		PK
저장일시	STRE_DT	CHAR	14	Y		PK
품목코드	PRDLST_CD	CHAR	8	Y		PK
주차	WEEK_ODR	INT
생장길이	GRWH_LT	DOUBLE	-
누적생장길이	ACC_GRWH_LT	DOUBLE	-
옆장(잎길이)	LEF_LT	DOUBLE	-
잎폭	LEF_ARA	DOUBLE	-
잎수	LEF_YLD	DOUBLE	-
경경(줄기굵기)	STEM_THCK	DOUBLE	-
화방높이	FCLU_HG	DOUBLE	-
개화군	FLAN_GRUP	DOUBLE	-
착과군	FRTST_GRUP	DOUBLE	-
수확군	HVST_GRUP	DOUBLE	-
수확일수	HVST_DAYCNT	DOUBLE	-
열매수	FRUT_YLD	DOUBLE	-
열매수(평당㎡)	FRUT_YLD_M2	DOUBLE	-
개화속도	FLAN_VE	DOUBLE	-
개화속도설정	FLAN_VE_SET	DOUBLE	-
엽면적	FLG_AR	DOUBLE	-
열매의팩터	FLG_FTR	DOUBLE	-
투광량	PENTR_LGT	DOUBLE	-
수광량	RCV_LGT	DOUBLE	-
페드(PED)	PED_GRUP	DOUBLE	-
Index 정의
번호	Index명	컬럼ID		Order		용도
1	PK_ENVRN_STUS	GH_ID		1
		STRE_DT		2
		PRDLST_CD		3

13	식품 연구 분야

13.1	식품 샘플 정보

□ (작성자) 국립농업과학원 최용민, 국립수산과학원 윤나영, 한국식품연구원 홍승표, 경희대학교 백무열

□ (설명) 식품 샘플에 대한 정보이며, 성분ㆍ기능성ㆍ가공 연구 데이터 등록에 공통 적용됨

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 13-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	소재명_국문 일반명	M	비고: 동일 식품이어도 연구자에 따라 명칭이 달라 식품원재료 DB(식약처) 연계하거나 직접 입력 예시 1: 히비스커스 예시 2: 쌀
2	소재명_국문 이명	O	예시 1: 부상화
3	소재명_영문	M	비고: 타 분야 정보와 연계를 위해 국문명 이외 keycode가 될 수 있는 식별 명칭(영문, 학명 등) 추가 입력 필요 예시 1: Hibiscus
4	소재명_학명	O	예시 1: Hibiscus Sabdariffa L.
5	소재명_품종	O
6	사용부위	M	비고: 연구자에 따라 동일식품에 대해서 사용 부위 상이하므로 입력 예시 1: 꽃잎 예시 2: 쌀가루
7	전처리(가공)법	M	비고: 기능성/가공/성분 분야에 따라 ‘전처리’에 대한 정의 혹은 의미 차이 가공 조건에 따라 성분 분석하는 연구 존재 가공, 추출, 조리 조건은 직접 입력하거나 참고문헌 입력해도 무방 예시 1: 에탄올 추출, 열수추출 수 동결건조, 찐 것, 분획 등. 참고문헌 입력 예시 : 1저자명, 저널, 연도, 권호, 첫페이지 예시 2: 1) 습식멥쌀가루 300 g을 수분함량이 45%가 되도록 물과 섞어 반죽 2) 반죽을 12-mesh 통과시킨 후, 찜기를 이용하여 20분간 완전히 호화. 3) 증자 처리 후 55℃까지 냉각시켜 준 후에 국내에서 시판중인 중력분 5종을 각각 0.7% (w/w) 첨가. 4) 가정용 녹즙기(MS-30000, Oscarelectronic Co., Gimhae, Korea)를 이용하여 2회 반복압출. 5) NYLON/TIE/PE로 적층된 vacuum bag으로 포장 및 상온저장.
8	최종 가공품	M	설명(국문): 위 소재와 가공법에 의해 제조된 산물 비고: 가공품일때만 해당 예시 2: 가래떡
9	수집정보_지역	O	비고: 수산소재일 경우 필수 예시: 중국산
10	수집정보_연도	O	비고: 수산소재일 경우 구입시기 채집시기 구분 예시: 2020.10.
11	암수	O	비고: 수산소재는 필수 항목
12	레시피(재료량)	O	비고: 혼합 식품일 경우(예 비빔밥)

13.2	식품 성분 데이터

□ (작성자) 국립농업과학원 최용민, 국립수산과학원 윤나영, 한국식품연구원 홍승표

□ (설명) 식품 성분의 정성분석 및 정량분석 결과 데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 실험 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 13-2-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	분석성분_영명	M	비고: 연구자에 따라 성분 명칭을 다르게 표시하므로 혼동을 방지하고자 영명으로 통일하고 CAS No. 입력 예시: quercetin
2	분석항목_CAS No.	O	비고: CAS No. 입력 할 수 없는 상황이 있으므로 선택 항목 처리. 예)총당, 총 폴리페놀 예시: 117-39-5
3	분석법	M	비고: 공인법 및 참고문헌 정보 입력 예시: J. chromatography. 2020. 1. 100p

파트 2. 실데이터

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 13-2-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	분석결과_평균	M	비고: 엑셀파일, csv, txt 파일 등, 단위 표기 예시: 50mg/100g
2	분석결과_표준편차	O	비고: 엑셀파일, csv, txt 파일 등 예시: 5
3	분석결과_성분 프로파일정보	M	비고: 대사체프로파일 엑셀파일, csv, txt 파일 등 성분명, 분자량, 화학식 예시: quercetin-o-glucodside, 302, C15H1O7

13.3	식품 기능성 데이터

□ (작성자) 서울대학교 신동미, 국립농업과학원 장환희, 국립산림과학원 최식원, 한국식품연구원 홍승표

□ (설명) 식품의 기능성을 시험하기 위한 각종 assay 데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 실험 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 13-3-1>

No

항목

필수(M)/

선택(O)

도움말

1

실험 디자인

M

설명(국문): 실험유형, 실험군, 실험모델 설명

2

모델유형

M

설명(국문): 모델의 종류

가능한 값: 다음 중 택일

No	가능한 값
1	인체대상시험
2	동물실험
3	세포실험

3

실험그룹

M

설명(국문): 실험대상이 속하는 집단 (실험군, 대조군 등)

예시: 실험군

4

실험모델

M

설명(국문): 모델에 대한 정보 (인체대상시험, 동물실험, 세포실험)

예시:

인체실험 경우 - 대상자: 노인, 나이: 65세 이상, 성별: male/female/both 등

동물모델 경우 - 종 (strain): SD rat, 주령: 10주령, 성별: male/female/bot

세포실험 경우 - HeLa

5

처치기간

M

설명(국문): 소재를 섭취 혹은 처치하는 시간

예시: 12주 (8주, 24시간 등)

6

처치방법

M

설명(국문): 소재를 처치하는 방법

예시: 캡슐 경구섭취

7

처치량

M

설명(국문): 소재를 처치하는 양

예시: 250mg

8

평가항목

O

비고: 어떤 기능성을 평가할 것인가에 대한 내용도 필요하나, 한 기능성을 처음부터 목표하고 실험하는 경우 큰 문제가 없으나 오믹스 등 스크리닝 실험에는 한 기능성을 특정하지 않으므로 선택 항목 처리함

예시: 항당뇨

파트 2. 실데이터

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 13-3-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	데이터파일	M	설명(국문): Raw data: FASTQ 파일, CEL 파일, csv, txt 파일 등 예시: 혈당 농도 결과 테스트 비고: 유전체, 발현체, 단백체, 대사체 등의 오믹스 데이터 파일은 구축될 데이터 스테이션의 해당 DB에 deposit하고 그 파일의 링크로 대체
2	분석명	M	설명(국문): 분석 방법 이름 예시: SPOT 혈액자동분석기
3	분석방법	M	설명(국문): 분석 방법에 대한 자세한 기술 예시: Assay protocol: Illumina MiSeq, 시료 (혈액, 조직)

13.4	식품 가공 데이터

□ (작성자) 경희대학교 백무열

□ (설명) 가공 식품의 경도 등 평가 항목 시험 데이터

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 실험 정보

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 13-4-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	평가항목	M	예시: 경도
2	평가방법	M	설명(국문): 가공분야 해당 평가 항목에 대한 측정방법 입력. 참고 문헌을 링크도 가능 예시: 1) 실온에서 저장된 가래떡을 지름 1.8 cm, 높이 2 cm로 잘라 분석에 사용. 2) Rheometer (CR-200D & CR-1150, Sun Scientific Co., Tokyo, Japan)를 사용하여 경도 측정하였으며 다음의 분석조건을 사용. ⦁Full scale force: 20 kgf ⦁프로브 크기: 지름 2 cm ⦁Cross head speed: 300 mm/min ⦁Chart speed: 300 mm/min ⦁Deformation level: 60% 3) 결과 차트를 이용하여 경도(N) 계산.

파트 2. 실데이터

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 13-4-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	측정결과	M	설명(국문): 처리조건에 따른 반응 그래프, 세부적인 측정 결과 값, 데이터 해석 정보 입력 예시: - 밀가루를 첨가하지 않고 제조한 가래떡은 저장 초기에 빠른 노화 현상으로 경도가 급격하게 증가 - 밀가루를 첨가한 가래떡의 경도 증가율은 급격히 감소 - 밀가루를 첨가한 일부 가래떡의 경우, 만든 직후의 경도보다 더 낮아지는 현상이 나타나며 이는 밀가루에 포함되어 있는 amylase 계통의 효소에 의한 것으로 사료됨

Part VI. 화이트 바이오 분야

14	환경바이오 연구 분야

14.1	곤충 분포 데이터

□ (작성자) 목포대학교 최세웅

□ (설명) 환경부 전국자연환경조사 및 전국단위 자연자원조사에서 생산되는 생물 종 분포정보 데이터

□ (세부 설명) 본 양식은 다음의 곤충 분포 연구 데이터의 양식임

ㅇ (해당논문) Choi S and Na S (2020) Quantitative data from six years (2013-2018) of light trap sampling of macromoths (Lepidoptera) in Mt. Hallasan National Park, South Korea. Biodiversity Data Journal, 8:e51490

ㅇ (해당 데이터의 Dryad* 링크) https://doi.org/10.5061/dryad.d7wm37pxq

* Dryad는 주로 진화생물학·유전학·생태학 연구 논문의 데이터를 등록 받는 repository임

ㅇ (연구의 요약) 한라산 내 11개 site에서 6년 간 5-10월에 매달 한번 자외선 유아등(light trap)으로 곤충을 채집하여 동정하였음(생물종 및 개체 수 확인)

□ (특이 사항) 이러한 생물다양성 연구 데이터의 구성은 유전체 연구 데이터 기준의 샘플정보―실험정보―실데이터 구성과는 매우 다르므로, 독자적인 데이터 모델을 사용할 것

ㅇ 생물종 정보는 통상적으로 샘플정보 모듈에 해당하나, 생물다양성 연구 데이터에서는 실데이터 모듈에 해당함(관찰된 생물의 종류 자체가 실데이터임)

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

파트 1. 채집 지역·방법 정보 양식 (실험정보)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 14-1-1>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Sample id (샘플명)	M	설명(국문): 야외실험에서 얻어진 샘플번호 예시: 지리산1
2	Sampling date (야외조사일)	M	설명(국문): 야외조사에서 얻어진 샘플링 일자
3	Weather (야외조사 당시 기상)	O	예시: 맑음, 흐림, 비, 눈, 안개, 바람(강,약)
4	Sampling site 1 (조사장소(격자명))	M	설명(국문): 도엽 또는 국립공원 등 특정지명으로 여러 개로 나누어 조사하여 값을 얻은 경우 순차적으로 번호를 매기고 각 번호마다 gps와 해발고도를 따로 표기
5	Sampling site 2 (조사장소 행정구역(시군))	M	설명(국문): 도엽명 또는 국립공원 등 특정지 행정시군
6	Sampling site 3 (조사지 GPS)	M	설명(국문): 조사 장소, WGS84 예시: N. 38.000000, E 125.000000
7	Sampling site 4 (조사지 고도)	M	설명(국문): 야외조사 장소 (해발고도 m)
8	Sampling method (채집방법)	O	설명(국문): 야외조사에 사용된 방법 관찰, 트랩사용(트랩 종류)
9	Sample type (샘플 종류)	M	예시: 성충, 번데기, 유충, 알, 사체, 울음소리, 기타
10	Habitat type (조사지 서식지 유형)	O	설명(국문): 조사지 서식지 유형 - 육상 (산림_ 활엽수림, 침엽수림, 혼효림/경작지_과수원, 밭, 논/초지/나대지, 키가 낮은 초원식생_골프장, 묘지 목장, 키가 큰 초원식생, 도심공원, 주택지/시가지) - 수계 (하천_하중도, 수변부, 해안사구, 자연호소, 염습지, 연못/저수지, 묵논) - 기타(텍스트 입력)

파트 2. 분포데이터 (실데이터/실험에 의한 결과 데이터)

본 파트에 해당되는 모듈:		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 14-1-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	organism (생물명)	M	설명(국문): 확인된 생물의 scientific name 예시: Alcis angulifera
2	Korean name (생물의 국명)	O	설명(국문): 생물의 국명 예시: 털뿔가지나방
3	taxonomic data (family) (분류정보(과명))	M	설명(국문): 확인된 생물의 분류학적 정보, 과명
4	taxonomic data (order) (분류정보(목명))	M	설명(국문): 확인된 생물의 분류학적 정보, 목명
5	taxonomic data (class) (분류정보(강명))	O	설명(국문): 확인된 생물의 분류학적 정보, 강명
6	taxonomic data (phylum) (분류정보(문명))	O	설명(국문): 확인된 생물의 분류학적 정보, 문명
7	Sampling site 1 (조사장소(격자명))	M	설명(국문): 도엽 또는 국립공원 등 특정지명으로 여러 개로 나누어 조사하여 얻어진 경우 순차적으로 번호를 매기고 각 번호마다 gps와 해발고도를 따로 표기
8	Sampling site 2 (조사장소 행정시군명)	M	설명(국문): 조사지 격자, 또는 국립공원 등 행정시군명
9	Abundance (개체수)	O	설명(국문): 채집에서 얻어진 개체수

* (비고) 야생생물의 경우 우리나라 5만여 생물종의 taxonomy 정보를 NCBI가 모두 보유하고 있지는 않기 때문에 자세한 분류정보 필요

* 분포 조사 연구에서 확인된 생물종의 개수만큼 1번-9번 항목이 여러 번 반복되며, 데이터 등록 시에는 위 정보를 Excel 형식의 파일로 받게 됨

14.2	DNA PCR 증폭용 프라이머 염기서열 데이터

□ (작성자) 국립생물자원관 최성호

□ (설명) 본 양식은 국립생물자원관에서 생물종을 동정함에 필요한 DNA PCR 증폭을 위한 primer 염기서열 데이터에 대한 양식임

□ (본 양식에 해당되는 모듈)		프로젝트 정보		샘플 정보		실험 정보		실데이터

<표 14-2>

No	항목	필수(M)/ 선택(O)	도움말
1	Target site (목표 위치)	M	설명(국문): 증폭 위치의 특성. gene name, SSR 등
2	Reference sequence (표준염기서열)	M	설명(국문): target 위치를 포함한 contig, gene, 등 전체 염기서열
3	Expected amplify size (예측 증폭 길이)	M	설명(국문): 증폭할 위치의 염기서열 길이. SNP 및 SSR 정보 표시 예시: SSR: ATGCCT(ATT)nACGT, SNP: ATCGGT[T/C]ACCTG
4	Targeted DNA sequence (증폭 부위의 염기서열)	M	설명(국문): PCR 증폭할 위치의 DNA 염기서열
5	Forward primer location and length (포워드 프라이머 염기서열)	M	설명(국문): Forward primer의 위치 및 길이
6	Reverse primer location and length (리버스 프라이머 염기서열)	M	설명(국문): Reverse primer의 위치 및 길이
7	Description (마커설명)		설명(국문): 바이오 마커의 활용 등 설명

끝 -