농림축산식품 미생물 균주 및 유전자원 정보 분석 추천 공고

농림축산식품 미생물유전체전략연구사업단에서는 학술적·산업적으로 활용 가치가 큰 농식품 유용 미생물의 정보를 자원화하고 활용성을 제고하기 위하여 농식품 미생물의 균주, 유전자원, 분석시료를 선정하여 ⅰ) 유전체 및 메타유전체 정보 분석, ⅱ) 전사체 네트워크 분석, ⅲ) 단백질 구조 및 단백체 분석 등의 연구를 지원하고 있습니다.

분석 결과는 농림축산식품 미생물유전체정보자원관리시스템(iGEM), 국립농업생명공학정보센터(NABIC), 국가생명연구자원정보센터(KOBIC)에 공개되며 이후 논문, 특허 등 지식재산권 등록 시 공동연구 형태로 진행되는 것이 원칙임을 알려드립니다.

농식품 유용 미생물 균주, 유전자원, 분석시료를 보유하고 계신 산·학·연 연구자들께서는 분석 대상을 추천하여 주시기 바랍니다.

2020년 10월 22일

농림축산식품 미생물유전체전략연구사업단장  김지현

1		추진 목적

□ 학술적·산업적 활용 가치가 큰 농식품 유용 미생물의 생명정보를 자원화하고 그 생명정보의 활용성을 증대를 통한 실용화 촉진 토대 마련

유전체 분석·해독 정보를 이용한 기능유전체 연구 및 유용 소재의 확보

분석된 전사체 데이터를 이용하여 기능유전체 조절네트워크를 구축함으로써 고도의 유용 데이터 확보

유용 단백질의 구조 분석 및 단백체 분석을 통해 고도의 단백질 관련 유용 데이터 확보

농축산식품 환경 시료를 대상으로 메타유전체 분석을 진행하여 해당 환경의 미생물 군집과 유전 정보를 파악하고, 그 대사체 정보를 분석하여 유용 물질 및 유용 미생물을 확보

2		지원 내용

□ 표준(참조)유전체 확보를 위한 농식품 미생물의 유전정보 분석과 해독

라이브러리 제작 및 염기서열 해독

유전자 동정 및 유전정보 분석

□ 농식품 미생물의 유전정보 및 전사체 데이터를 이용한 유전자 조절 네트워크 구축

전사체 데이터 기반 유전자 조절 네트워크(gene regulatory network) 분석

□ 농식품 미생물 유래 유용 단백질 구조 분석 및 단백체 분석

단백질 구조 분석 및 상동성(homology) 기반 리모델링

단백체 데이터 분석

□ 농축산식품 환경시료의 메타유전체 분석을 통한 미생물 군집 분석

유전체 추출 및 16S rRNA gene/ITS region 등 마커유전자 PCR

차세대 DNA 시퀀싱 및 대용량 염기서열 분석

□ 대사체 분석을 이용한 시료의 미생물 군집 대사체 프로파일링

대사체 분석을 위한 시료의 전처리

GC-TOF-MS, UPLC-Q-TOF-MS, LTQ-ESI-IT-MS/MS 등을 이용한 대사산물 비교 분석

3		선정 방법

□ 공고를 통해 추천받은 유용균주후보를 농림축산식품 미생물유전체전략연구사업단(iMAF) “균주·유전자원선정위원회”에서 심의하여 분석 대상 우선순위 선정

농·식품 미생물 균주·유전자원, 시료 추천서 접수

iMAF “균주·유전자원선정위원회” 심의

분석대상 선정 통보(전화 및 이메일을 통한 개별통보)

4		추천 방법

□ 첨부양식(해당양식+공통양식)에 작성하여 이메일, 팩스, 우편으로 제출

(유전체 분석) 첨부양식 1

(전사체 네트워크 분석) 첨부양식 2

(단백질 구조 분석) 첨부양식 3

(단백체 데이터 분석) 첨부양식 4

(메타유전체 또는 대사체 분석) 첨부양식 5

□ 제출처

이메일 : imaf@yonsei.ac.kr

팩  스 : 02)2123-8124

우  편 : (우)03722 서울 서대문구 연세로 50 연세대학교 첨단과학기술연구관 310호 농림축산식품 미생물유전체전략연구사업단 사무국

□ 접수기간 : 2020년 10월 22일 ~ 12월 3일

□ 문의 : 02)2123-8126

※ 접수기간 종료 후에도 차년도 분석대상 선정을 위한 추천은 수시로 접수

<첨부양식 1>

유전체 서열 분석 대상 농림축산식품 미생물 추천서

추천인	성 명 (영 문)			연구/개발 분야 (전공)			미생물 탐색 및 분류 ( ) 다중오믹스·분자생물학 ( ) 미생물 및 유용산물 활용 ( )
	소속기관 및 부서						직 위
	전화번호				팩스
	휴대전화				이메일
추천 미생물 정보	학명					균주명
	분류체계
	추 천 내 용
위 미생물을 귀 사업단의 유전체 서열 분석 대상으로 추천합니다. 2020년 월 일 추천인 : ( 인 ) 농림축산식품 미생물유전체전략연구사업단장 귀하

※ 추천인이 복수일 경우, 위 양식에는 대표자만 기입하고 별지 <추천인 명단>에 대표자 및 추가 추천인을 기입함.

※ 분류체계의 예 (E. coli) : Bacteria / Proteobacteria / γ-Proteobacteria / Enterobacteriaceae

□ 세부 정보

1. 추천 미생물 균주의 유용성 (복수선택 가능)

(1) 농림축산식품 유용 미생물(미생물제제, 프로바이오틱스 포함)

(2) 농림축산식품 병원성 또는 유해 미생물

(3) 기능성 효소 또는 단백질, 유용 대사산물 등을 생산하는 균주

(4) 기타 산업적 파급효과가 큰 균주 [구체적 설명 :                        ]

2. 추천 미생물 균주의 성격 (복수선택 가능)

(1) 경제작물 관련 미생물

(2) 경제동물 관련 미생물

(3) 식품 관련 미생물

(4) 토양 등 농업환경 미생물

3. 균주에 대한 기본정보 발표 (논문 제시; 학술회의 발표의 경우, 초록 첨부 요망)

4. 균주에 대한 기본권리 현황 (특허 출원 또는 등록 번호 기입 요망)

5. 추천 균주를 연구하는 국내 과학기술자 수 (전임 기준) :     명

6. 추천 균주에 대한 유전체 기능 분석에 관심 있는 (전임)연구자 수 :     명

7. 추천 균주의 산업적 활용 여부 : 예, 아니오

* 업체명 :

8. 인간, 동․식물에 대한 병원성 여부 : 예, 아니오

9. 해당 분류군(종)의 표준 균주 여부 : 예, 아니오

10. 해당 분류군(종)에 유전체 염기서열이 완전 해독된 균주 존재 여부 : 예, 아니오

* 유전체가 완전 해독된 미생물 중 유연관계가 가장 가까운 종 :

11. 추천 균주의 유전체 크기 :     Mb

* 실험적 근거 :

12. 추천 균주의 G+C 함량 :     %

* 실험적 근거 :

13. 추천 균주의 희망하는 유전체 분석 수준 : (1) 초안 해독     (2) 완전 해독

<첨부양식 2>

유전자 조절 네트워크 분석 대상 농림축산식품 미생물 추천서

추천인	성 명 (영 문)		연구/개발 분야 (전공)		미생물 탐색 및 분류 ( ) 다중오믹스·분자생물학 ( ) 미생물 및 유용산물 활용 ( )
	소속기관 및 부서				직 위
	전화번호			팩스
	휴대전화			이메일
추천 전사체 정보 (실험조건 등)	균주명			전사체 데이터 개수
	균주분류	Bacteria ( ) Archaea ( )		데이터 생성방법		DNA microarray ( ) RNA-seq ( ) 기타 ( )
	추 천 내 용
위 미생물을 귀 사업단의 유전자 조절 네트워크 분석 대상으로 추천합니다. 2020년 월 일 추천인 : ( 인 ) 농림축산식품 미생물유전체전략연구사업단장 귀하

※ 추천인이 복수일 경우, 위 양식에는 대표자만 기입하고 별지 <추천인 명단>에 대표자 및 추가 추천인을 기입함.

□ 세부 정보

1. 추천 미생물 균주의 유용성 (복수선택 가능)

(1) 농림축산식품 유용 미생물(미생물제제, 프로바이오틱스 포함)

(2) 농림축산식품 병원성 또는 유해 미생물

(3) 기능성 효소 또는 단백질, 유용 대사산물 등을 생산하는 균주

(4) 기타 산업적 파급효과가 큰 균주 [구체적 설명 :                        ]

2. 추천 미생물 균주의 성격 (복수선택 가능)

(1) 경제작물 관련 미생물

(2) 경제동물 관련 미생물

(3) 식품 관련 미생물

(4) 토양 등 농업환경 미생물

3. 해당 균주의 전사체 및 유전자 조절 네트워크에 대한 기본정보 발표 (논문 제시, 없다면 근연균주의 주요논문제시)

4. 해당 균주에 대한 기본권리 현황 (특허 출원 또는 등록 번호 기입 요망)

5. 해당 균주를 연구하는 국내 과학기술자 수 (전임 기준) :     명

6. 해당 균주에 대한 유전체 기능 분석에 관심 있는 (전임)연구자 수 :     명

7. 추천 전사체 데이터의 산업적 활용 여부 : 예, 아니오

* 업체명 :

8. 인간, 동․식물에 대한 병원성 여부 : 예, 아니오

9. 시계열(time-series) 전사체 데이터 포함 여부 : 예, 아니오

10. GenBank annotation 파일 (gbk) 제공 여부 : 예, 아니오

11. 전사조절인자(transcription factor) 리스트 제공 여부 : 예, 아니오

12. 추천 데이터의 희망하는 유전자 조절 네트워크 분석 수준 : (1) 관심 유전자 대상     (2) 전체 유전자 대상

<첨부양식 3>

단백질 구조 분석 대상 농림축산식품 미생물 추천서

추천인	성 명 (영 문)			연구/개발 분야 (전공)			미생물 탐색 및 분류 ( ) 유전/유전체·분자생물학 ( ) 미생물 및 유용산물 활용 ( )
	소속기관 및 부서						직 위
	전화번호				팩스
	휴대전화				이메일
추천 단백질 정보	학명					균주명
	분류체계
	추 천 내 용
위 미생물을 귀 사업단의 유전체 서열 분석 대상으로 추천합니다. 2020년 월 일 추천인 : ( 인 ) 농림축산식품 미생물유전체전략연구사업단장 귀하

※ 추천인이 복수일 경우, 위 양식에는 대표자만 기입하고 별지 <추천인 명단>에 대표자 및 추가 추천인을 기입함.

※ 분류체계의 예 (E. coli) : Bacteria / Proteobacteria / γ-Proteobacteria / Enterobacteriaceae

□ 세부 정보

1. 추천 단백질의 기능적 분류 (복수선택 가능)

(1) Structural proteins

(2) Enzymes

(3) Hormones

(4) Respiratory proteins

(5) Transport proteins

(6) Contact proteins

(7) Storage proteins

(8) Toxins

(9) Antibody

(10) 기타:

2. 구조 규명 유무 (방법은 아래 참조): (유/무)

(1) https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Proteins 접속

(2) 아미노산 서열을 FASTA 형식으로 입력

(3) ‘Choose Search Set’ - ‘Database’를 ‘Protein Data Bank proteins (pdb)’로 선택

(4) 도출된 결과에서 유사도 기반 90% 정도까지 이미 규명된 것으로 판단

3. 규명된 구조 중 추천 단백질과 서열이 가장 비슷한 단백질의 PDB code 명:

(1) https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Proteins 접속

(2) 아미노산 서열을 FASTA 형식으로 입력

(3) ‘Choose Search Set’ - ‘Database’를 ‘Protein Data Bank proteins (pdb)’로 선택

(4) 도출된 결과 중 막대그래프를 누르면 Accssion:####_alphabet 형식으로 결과 도출.

(5) 위의 #### 코드번호를 기입

4. 추천 단백질의 기능에 대해 대한 기본 정보 (논문 및 개인의 데이터 첨부)

5. 추천 단백질의 유래 종 (e.g. Escherichia coli, Homo sapiens)

6. 추천 단백질의 아미노산 서열 (유전자 서열) 정보 :

7. 추천 단백질의 post-translational modification 유무 및 정보 : 예, 아니오

8. 재조합 단백질의 과발현 및 정제 경험 유무 : 예, 아니오

(1) 사용한 cell line 정보 (e.g. BL21(DE3), SF9, HEK293T ...)

(2) 사용한 vector 정보 (e.g. pET28a, pFastBac ...)

(3) 정제 시도 결과 (Western blot 데이터 보다 SDS-PAGE 데이터 첨부 요망)

(4) 정제 후 획득한 단백질의 양 :      mg

9. 단백질 구조를 기반으로 얻고 싶은 정보

<첨부양식 4>

단백체 데이터 분석 대상 농림축산식품 미생물 추천서

추천인	성 명 (영 문)		연구/개발 분야 (전공)		미생물 탐색 및 분류 ( ) 다중오믹스·분자생물학 ( ) 미생물 및 유용산물 활용 ( )
	소속기관 및 부서				직 위
	전화번호			팩스
	휴대전화			이메일
추천 단백체 데이터 정보	분석시료 학명			근연종 학명
	단백체 시료 질량분석 장비명 (회사명)			분석방법	단백체 동정 ( ) 단백체 상대정량 ( ) 인산화 단백체 동정 ( ) 인산화 단백체 상대정량 ( )
	추 천 내 용
위 미생물을 귀 사업단의 단백체 데이터 분석 대상으로 추천합니다. 2020년 월 일 추천인 : ( 인 ) 농림축산식품 미생물유전체전략연구사업단장 귀하

※ 추천인이 복수일 경우, 위 양식에는 대표자만 기입하고 별지 <추천인 명단>에 대표자 및 추가 추천인을 기입함.

※ 근연종 학명 : 단백체 데이터베이스 구축이 완료된 분석시료의 근연종 학명을 기입함.

※ 질량분석 장비명 : 단백체 시료 분석에 이용된 질량분석 장비명을 기입함.

□ 세부 정보

1. 추천 시료의 유용성 (복수선택 가능)

(1) 유용 물질 및 유용 미생물을 포함하는 농림축산식품 미생물 시료

(2) 농림축산식품 병원성 또는 유해 미생물 시료

(3) 기능성 효소 또는 단백질, 유용 대사산물 등을 생산하는 미생물 시료

(4) 기타 시료 [구체적 설명 :                                                      ]

2. 추천 시료의 성격 (복수선택 가능)

(1) 경제작물 관련 미생물

(2) 경제동물 관련 미생물

(3) 식품 관련 미생물

(4) 토양 등 농업환경 미생물

3. 추천 시료에 대한 기본정보 발표 (논문 제시; 학술회의 발표의 경우, 초록 첨부 요망)

4. 추천 시료에 대한 기본권리 현황 (특허 출원 또는 등록 번호 기입 요망)

5. 추천 시료를 연구하는 국내 과학기술자 수 (전임 기준) :     명

6. 추천 시료에 대한 단백체 분석에 관심 있는 (전임)연구자 수 :     명

7. 추천 시료의 산업적 활용 여부 : 예, 아니오

* 업체명 :

8. 추천 시료의 인간, 동․식물에 대한 병원성 여부 : 예, 아니오

9. 추천 시료의 단백체 데이터베이스 구축 여부 (www.uniprot.org 기준) : 예, 아니오

* www.uniprot.org 외의 사이트에 DB가 구축된 경우 웹사이트 주소 기입:

10. 추천 시료의 단백체 데이터베이스가 없을 경우 데이터베이스가 구축된 근연종 학명 :

* www.uniprot.org 외의 사이트에 DB가 구축된 경우 웹사이트 주소:

11. 단백체 원자료(raw data) 파일 제공 여부 및 파일 갯수 : 예 (      개), 아니오

* Raw data 파일을 제공하지 않을 경우 데이터 분석 불가

12. 단백체 시료 분석 질량분석 장비명:

* ThermoFisher Scientific 제품의 질량분석장비에서 획득된 원자료 단백체 데이터 분석 가능

<첨부양식 5>

메타유전체/대사체 분석 대상 농림축산식품 미생물 추천서

추천인	성 명 (영 문)		연구/개발 분야(전공)			미생물 탐색 및 분류 ( ) 다중오믹스·분자생물학 ( ) 미생물 및 유용산물 활용 ( )
	소속기관 및 부서					직 위
	전화번호			팩스
	휴대전화			이메일
추천 대상 시료 정보	분석시료			시료상태 (pH/salinity)
	분석방법	메타유전체 ( ), 메타볼롬 ( )			대상미생물		세균 ( ), 진균 ( )
	추 천 내 용
위 시료를 귀 사업단의 메타유전체/메타볼롬 분석 대상으로 추천합니다. 2020년 월 일 추천인 : ( 인 ) 농림축산식품 미생물유전체전략연구사업단장 귀하

※ 추천인이 복수일 경우, 위 양식에는 대표자만 기입하고 별지 <추천인 명단>에 대표자 및 추가 추천인을 기입함.

□ 세부 정보

1. 추천 시료의 유용성 (복수선택 가능)

(1) 유용 물질 및 유용 미생물을 포함하는 농림축산식품 시료

(2) 농림축산식품 병원성 또는 유해 환경 시료

(3) 학술적, 산업적 유용 정보를 제공하는 시료

(4) 기타 시료 [구체적 설명 :                                                     ]

2. 추천 시료의 성격 (복수선택 가능)

(1) 경제작물 관련 시료

(2) 경제동물 관련 시료

(3) 식품 관련 시료

(4) 토양 등 농업환경 시료

3. 해당 시료에 대한 기본 정보 발표 (논문 제시, 없다면 reference sample의 논문제시)

4. 시료에 대한 기본권리 현황 (특허 출원 또는 등록 번호 기입 요망)

5. 추천 시료를 연구하는 국내 과학기술자 수 (전임 기준) :     명

6. 추천 시료에 대한 메타유전체/메타볼롬 분석에 관심 있는 (전임)연구자 수 :     명

7. 추천 시료의 산업적 활용 여부 : 예, 아니오

* 업체명 :

8. 인간, 동․식물에 대한 병원성 가능 여부 : 예, 아니오

9. 추천 시료의 희망하는 메타유전체 량 :     reads/시료

* 실험적 근거 :

10. 추천 시료의 희망하는 메타유전체 분석 수준 : (1) 미생물군집분석(α-diversity) (2) 미생물군집분석(β-diversity)

11. 추천 시료 중 희망하는 종류의 메타볼롬 프로파일 : (1) 아미노산  (2) 유기산  (3) 지질  (4) 당류  (5) 알코올  (6) 핵산  (7) 이차 대사 산물 포함 기타 대사체 [기입:                                                                          ]

<공통양식>

추천인 명단

성 명 (영 문)			연구/개발 분야 (전공)		미생물 탐색 및 분류 ( ) 다중오믹스·분자생물학 ( ) 미생물 및 유용산물 활용 ( )
소속 및 부서명					직 위
전화번호		팩스
휴대전화		이메일

성 명 (영 문)			연구/개발 분야 (전공)		미생물 탐색 및 분류 ( ) 다중오믹스·분자생물학 ( ) 미생물 및 유용산물 활용 ( )
소속 및 부서명					직 위
전화번호		팩스
휴대전화		이메일

성 명 (영 문)			연구/개발 분야 (전공)		미생물 탐색 및 분류 ( ) 다중오믹스·분자생물학 ( ) 미생물 및 유용산물 활용 ( )
소속 및 부서명					직 위
전화번호		팩스
휴대전화		이메일

성 명 (영 문)			연구/개발 분야 (전공)		미생물 탐색 및 분류 ( ) 다중오믹스·분자생물학 ( ) 미생물 및 유용산물 활용 ( )
소속 및 부서명					직 위
전화번호		팩스
휴대전화		이메일